范文一:汉王pdf ocr怎么用图文教程
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1.双击桌面快捷方式,运行汉王PDF OCR。
2.在主界面任务栏左上角“文件”选项中选择打开图像,快捷键:ctrl+o
3.查找您需要转换的pdf文件,注意:不需要点打开,你只需要选中即可!然后点击"pdf转换为txt文件"。
4.最后一步,选择你需要转换的页面,也就是你pdf文件里边的内容你需要转换的部分,默认是全部转换。然后你再选择转换后txt文本的保存地址,点击浏览选择文件夹!最后,确认!
5.转换完成,转换的时间根据你内容的多少而定,一般转换了几十秒就ok了!
范文二:汉王用八成收入拉拢内容商
随着中国移动高调宣布进入国内电子书市场,电子书市场的竞争已趋于白热化。而国内老大汉王科技(002363.SZ)此时却将竞争的焦点锁定在了内容上,着力打造其内容平台——汉王书城。尤其值得注意的是,对内容提供商,汉王提出“二八分成”,自己仅拿二成。这一政策,相比中国移动此前提出的六四分成,得到了内容商的极力追捧。
汉王意在薄利多销
我们现在已经是国内销量第一,全球销量第二。”汉王科技董事长刘迎 “
建5月10日对《华夏时报》在内的媒体透露。
当天,该公司与中国文字著作权协会共同主办了“书?报刊数字化发展高峰论坛”,在这个论坛上,刘迎建进一步称:“从已经公开的数据上看,我们
。而今年第一季度已经公布的数据显示,我去年的全球品牌市场占有率为8.4%
们已占了16.8%,份额大幅度提高,已经排到全球第二。”
不过虽则如此,但目前电子书市场的竞争却日渐白热化。
当天新闻出版总署科技司司长张毅君介绍:“目前全球大约有80多家企业正在生产或计划开发具有自主知识产权的电子阅读器,其中我国大陆地区有41家,港台地区3家,国外有36家。国内41家企业中除汉王、翰林、易博士、纽曼等硬件制造商外,作为传统出版单位的中国出版集团和上海世纪出版集团也推出了富有自身特色的产品,目前电纸书市场正呈现着风烟四起的态势。”
张毅君同时透露,为了引导这一新兴产业健康快速发展,新闻出版总署将实施准入制度,尽快制定预装数字内容的电子阅读器生产和提供数字内容下载服务平台的准入机制,依法对数字内容的传播出版实施有效管理。
“电纸书是终端,内容是重点!”对于当前的竞争,刘迎建如此断言。也正是基于此,汉王在继续扩张其电子书阅读终端的生产、销售时,将竞争焦点放在了其“汉王书城”的打造上。
2008年9月,汉王电纸书的问世,其书城也随之上线,其最初的目标相当于一个“网上新华书店”,为其电纸书终端提供内容服务。有汉王内部员工透露,汉王书城目前的图书品种已经超过了2万种,并且还在以每月5000种的速度递增。而刘迎建透露:“我们的目标是9月份争取把网上的图书品种增加到10万册,今年年底争取量更大,目标是20万册。”
刘迎建表示:“书城上下载的内容按照汉王收到的钱进行二八分账,汉王只拿二,而版权所有者拿八。”他同时明确,汉王内容不做,就是做终端,以及为终端提供内容的平台。“这样的话大家就能和平共处,不存在竞争关系了,就是合作关系,这是我们的商业模式。”
刘迎建还透露,为了充实汉王书城内容,该公司还将书城扩张至报、刊等领域。“当前汉王电纸书已经有25家全国性报纸签约,地方报纸30家、杂志125种。”
中移动受挑战
市场普遍观点认为,“汉王书城”直接对中国移动此前刚刚推出的“手机阅读基地”构成了直接挑战。
就在5月5日,中国移动高调宣布大举进军电子书市场,同时介绍其在浙江建立的内容平台——“手机阅读基地”。中国移动当时称,其浙江的平台已经有6万册的图书入库了,二级分类16种,三级分类34种,同时还有杂志、漫画及其他的内容,覆盖行业综合榜单的前200名的40%。值得注意的是,中国移动数据部总经理高念书表示,中国移动将与内容提供商六四分成,即中国移动收取收入的六成,内容提供商为四成。
中信出版社新媒体事业部总经理黄锫坚5月10日表示:“我们觉得汉王对于传统出版社和内容供应商其实有更好的待遇,因为我们的定价可以更灵活,汉王书城上我们出版商可以在汉王的建议范围内自主定价。另外分成是二八,我们能够拿到八,在中国移动手机阅读基地,内容提供商获得的份额其实很少,只有四。我们现在已经在汉王发布的电纸书里面内置我们四本书,而且已经签订了数百本的合作协议,还会陆续上传更多新书。”
万榕书业总经理路金波也在同天表达对中国移动的不满:“在和中移动的合作中,中移动要拿到所得的60%,这是非常不合理的,这是垄断产生的结果。”
“事实上最后我们只能拿到20%,因为我们还要和作者再分。甚至一个用户两块钱就可以包月随意阅读,最后折算下来一本书就几毛钱,作者再拿20%,就几分钱,这是对于知识的尊重吗?所以我非常支持汉王的二八分成模式,自己拿的少。再有一个是出版商自己定价。如果是在这样的分配模式和这样的定价机制上的时候,整个行业我们就会进入良性循环,因为卖一本电纸书和纸书的所得是一样的。”路金波进一步称。
显然,内容上的政策差异,让汉王与中国移动成为竞争关系。不过刘迎建在谈及与中国移动的关系时也指出:“中国移动这个体系当中汉王是提供终端,我们的终端是和中国移动一块合作的,叫3G阅读器。”
“在目前已经发布的内容中主要由他们做,我们没有参加分成,只是做硬件终端。他们和版权提供方的合作是六四分成,但是用户下载的时候不收流量费,所以他们业务模式也是很清晰的。我们合作得非常好,克服了很多困难。”刘迎建称,“运营商提供下载通路,当前比较成功的是移动、电信、联通三大运营商,未来还会有卫星,还会有通过电视、调频广播频道进行书报刊的广播,也会有新的通道。汉王科技自己是一套体系,这个体系当中汉王主要
提供终端和自己的网络平台,借助几个运营商的下载通道,像通过互联网,连着电脑,通过USB到终端,另外还可以通过WIFI。”
“这两套体系当中双方都有收益,第一个体系我们是终端,第二个是运营商收流量费。”刘迎建表示。 (本文来源:华夏时报 作者:罗小卫) 最新品牌新闻整理发布来源于:品牌生活平台http://www.pinpai-life.com 转载请保留
范文三:汉王A10词典笔试用体验
汉王A10词典笔试用体验
2011年10月26日08:47
慧聪影音网2011年10月26日讯:前两天,我们慧聪影音编辑部策划了一个关于影音产业变迁的图资讯(详情请看《视听娱乐方式大变迁 谁动了我们的影音产业》),在回顾历史的过程中我们忽然感慨,随着时间的推移,改变的又岂止影音行业,不管是吃穿住行还是学玩用度,各个方面都发生着天翻地覆的变化。而表现在数码电子产品上的就是功能越来越多,块头越来越小,便携性越来越强。就拿学习来说,小时候曾经抱着厚厚的新华字典查释义,等到长大了又开始天天抱着厚厚的英汉字典学英语。而工作了,由于工作原因词典也一直是手边的必备之物。但是随着汉王新一代电子词典笔A10的上市,在学习、工作、阅读的过程中都为我们开辟了一个全新的模式。
8月中旬,汉王科技推出了新一代电子词典——汉王词典笔A10,以极速扫描查词取代传统电子词典的按键输入查词方式,生词查询、解释、朗读一扫OK,查词效率大大提高,同时还具备中英文摘抄功能,理论上来说,如果愿意的话,甚至可以摘抄一本书进去。本期的评测,我们就为大家详细介绍下这款产品的使用感受。
汉王电子词典笔试用体验
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汉王(HW)A10
基本参数
显示屏分辨率 256×64点阵
存储容量 4GB
功能参数
辞典功能
内置朗文等十余部权威大词典,附赠400多部专业英语词典 其他功能
汉王词典笔是新一代电子词典,它采用汉王先进的OCR技术和独创的嵌入式翻译系统,以极速扫描查词取代传统电子词典的按键输入查词方式,生词查询、解释、朗读一扫OK,查词效率大大提高,英文书籍阅读不再有障碍,有效帮助学生、政务、商务等人群扫清生词拦路虎~ 其他参数
接口类型 USB2.0 High speed / Micro USB 电池类型 1200mAh
范文四:最开头的 用汉王的
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1 42(唇形科 Labiatae 草本、亚灌木或灌木;茎通常四棱形。单叶或复叶,对生或轮生,稀互生。花两性,稀 单性,左右对称,很少近辐射对称,单生、成对或丛生于叶腋,或组成轮伞花序或聚伞花 序,再排成穗状、总状、头状或圆锥花序式,花萼下位,宿存,钟状或管状,果时常不同程 度的增大,5(4)基数, 唇形或裂片近相等,或 2 片盾形,其咔 t 至少 1 片脱落;花冠合, 瓣,通常有颜色,伸出萼外或内藏冠檐 5( 4)裂, 唇形、假单唇或单唇形,稀裂片近相 , 等; ,雄蕊在花冠上着生,与花冠裂片互生,通常 4 枚, ,有时退化为 2 牧,伸出或内藏,花 丝 分离或两两成对,极稀基部连合成鞘 s(花药 2 室, (纵裂,稀 1 室;花盘发达,心皮 2 枚, 4 裂;子房上位,假 4 室,花柱顶端相等藏不相等 2 浅裂。果通常为 4 枚小坚果,稀核果状 I 每小坚果有种子 1 个。 , , ( 约 220 属 j 35UO 余种:广布子全球,主要分布于地枣海及中亚 d 我国有 99 属,8dO 余 种。摄 建有 39 属;舶种, :+p 变种, 变型。( :1 。 ( ?j( ( ( 0( (落
1(10 (己 、 :_ . 。亨 ,了 f _ : (、i 分捆(检、索表 、?( , r (7。鼍 j( (.: t(_,+。。 。 皇(j , : 1*, ,零育雄薅;雄, (其余退化或不明显 p( ( _ , .2( :花冠为不明显的;唇形,4 裂:前对雄蕊能育, (后对雄蕊退化呈棍棒状?。?(1(地 笋属 Lycopus (2?(莓冠 唇形或近 唇形。 ( ( ( , 、 3(花冠 5 裂,近 唇形(上唇 2 裂,下唇 3 裂) ,后对雄蕊能育, (花药 2 室,前对雄 蕊退化为线形?? ?? ??? :(?j???:??,( : ( ???。??:??? 2(石荠苎属 Mosla + 3.1 花赶 t 裂, 唇形(上唇不裂,下唇 3 裂) ,前对摧蕊 2 枚,花丝短,药隔延长, 横架子花丝顶端, 药隔上端 l 室发育,F 端 i 室退化或缺如??(???(。?。 , (3(鼠尾草属 Sal 丫 ia 17 发育雄蕊 4;t5C。 ( i ( ( (4(花簿 4 裂, , (( ( 5(花冠辐射对称或近辐射对称。 j (r 。 。 ( 6(花轮排成假穗状或总扶花序, (~tj 药 1 室,花丝有毛。 7(f 卜 310 片轮生,线形至倒披针形, (无柄; ,揉之无香味?,4(水蜡烛属 Dysophylla 7 叶对生,卵形或狭卵形,具柄;揉之有香味???( , .. 5(刺蕊草属 Pogostemon ( (6(花轮腋生,花药 2 室,花丝无毛(??(??(j+??n:(?( ( ?6(薄 荷属 Mentha
5(花冠=辱形。 ( ( (7(j_8( (花冠上唇 3 裂,下唇不裂,花丝长长地伸出,为花冠筒长的 2 倍???? ???(7(肾茶属 Clerodend?anthus 。是: ,誓冠上唇不裂或仅顶端微凹,下唇 3 裂,中裂片较大。( L 、 t( 、u:j (( ( 9(小坚果核果状,有肉质多浆的外果皮及壳状的内果皮。 ( 、 ( = ,( : 10(植株被匡状毛;花序着生于茎的基部;药室平行,横生???? l —V?:j???1 ???????? 8(锥花属 Gomphostemma ? ??:: ::?: :? 10(植株不被星状毛 t 聚伞花序腋生,具梗,向下俯垂;药室近球形,背部贴着若囊状, ( : 顶端贯通开裂,密被毛束????:? ?t??9(毛药花属 Bostrychanthera ( 9(小坚果干燥,有干而薄的外果皮;其余特征各异。 11(花葛在果时闭合;花丝具 2 齿,下齿具花药,上齿不胄?jlo(夏枯草屑 Prunella 11(花萼在果时张开;花丝不具 2 齿,有毛或无毛。 12(前对雄蕊和后对雄蕊的药室不同。 13(花冠筒基部曲膝呈囊状突起;前对雄蕊花药 1 室,后对雄蕊花药 2 室,药室亵 口处具髯毛;花萼 唇形,上唇盾片状突起??11(蔌芩属 Scutellaria 13(花冠简基部不曲膝;前对雄蕊花药 2 室,后对雄蕊花药 1 室;花萼 5 齿,等大 ?._ ?(12.广防风属 Epimeredl 12(前对雄蕊和后对雄蕊药室相同。 ( (花萼基部向侧膨大。 ( 15(轮伞花序组成偏向(侧的总状花序:花萼具 10 脉;冠简内有毛 3:雄蕊 4 枚,全育; (小坚果近球形,具网纹???( (13(蒙苏属 Perillzi 15(轮伞花序腋生:花萼具 13 脉,冠筒内无毛环;小坚果光滑( ( 16(雄蕊有时 2 枚退化;果薯不俯倾: ,叶下面常浅绿色?( ?? ???????.????v14(风轮菜属 Clio:opodium 16(雄蕊 t 枚拿育;
暴萼俯埙:叶下面常带絮红色??? ?????_?????:?????(15(蜜蜂花属 Mol{sl i4(花萼基部不向侧膨大( , ( i
(樯 4 福建植物志第四卷 ——————— —— _( (( (_(( 17(轮伞花序腋生,冠筒内具毛环。 18(花萼 5 齿,具 5 脉,星 唇形或不明显的 唇形。 19(轮伞花序乡花,花长 11.5 厘米;茎叶 35 裂,上部叶绞形, 不分裂?? l6(益母草属 Leonuru3 19(轮伞花序 28 花,花长约 2 厘米;茎叶不分裂,边缘具圆齿状锯 齿???? ??17(小野芝麻属 Galeabdolon 18(花萼具 51C 岗,等大或近等大。
20(花萼具 8lO 齿,花长(1J(5 厘米;花药 2 室,后贯通成 1 室, 无毛;柱头极不相等的 2 裂?????18(绣球防,膨 Leucas 20(花萼 5 齿,近相等。 21(萼凼披针形,具 510 脉,有时具闭锁花,花药被毛?( ??19(野芝麻厨 Lamium 21(萼卤三角形至狭三角形,等大,具 5 脉,无闭锁花,花药无 毛??( ???20(假糙苏属 Paraphlomis 17(轮伞花序组成假穗状花序。 22(花萼 5 齿,具 15 脉,具腺毛和黄腺体;花冠筒内无毛环????, ??? .21(蟹香属 Agastache ~ 22(花萼 5 齿,具 10 脉,具腺微柔毛;花冠简内具毛环??。 ??22(水苏属 Stachys (花冠 5 裂。 23(花异型(具正常花及闭锁花) ;茎具翅?? ??? 23(四棱草属 Sch:aabelia 23(花同型 i 茎不具翅。 24(花冠单唇或假单唇。 25( 花冠单唇: 轮伞花序通常 2 花组成假穗状花序; 苞片与茎叶异型? ?。 , ???? 24( ,香科科属 Teucriurn ( ( : 25(花冠假单唇:轮伞花序由多花组成假穗状花序;苞片与茎叶同型或 向上部渐小而呈小 苞片状??? ..25(筋骨草屑 Ajuga ( 24(花冠 唇形。 26(花冠上唇 2 裂,下唇 o 裂。 27( 茎生叶 35 指状分裂; 后对花丝较长, 花药蓝色, 花长 4—5 毫米??? ?( ( ^ ??(26(~ln 十荆芥属 Schizanepeta 27(茎生叶叶缘具卤,但不分裂。 、 28(雌花、两性花同株或异株。 29(轮伞花序 2 花,腋生;萼壹卵状三角形,顶端具芒状尖???,(???? ( ??27(活血丹属 Glechoma 29(花序为多花组成假小秣状花序,再形成圆锥花序;萼齿三角形,不具芒状 t 尖????????( (???( ?28(牛至/B Origanrtm 28(全是两性花。 +30(花序假穗状,偏向侧;花萼不为 唇形,讨对雄蕊较长;小坚果具瘤? ????_?? ???29(香蘅屈 E1sholtzia ( (( :(ff 80(花序总状或圆锥状。 ?: 81(花冠长 2.s—3(S 厘米;淡红色、絮红色至紫蓝色。 、 (: , j:j 82(花萼具 is 脉,花成对着生于茎螭的叶腋????。 .、 1 ( ?( (?, (?((rn?30(宠头~毛窿 Meeh4414 n。 ( 、 ^
32( (花萼其 810 脉,藐不成封着生书茎端奁髀}黔呼懿州 r: ( 1:, 。 ,(。_( ( :( (. (????( ?母:_!竹 r 辛 1~( ,粤整蓬嘘旺 an:c eola 31(花冠长 0:51.3 厘米,_白色或蓝色 i( :?。i 33(花冠长 11.3 厘米 f(白色 j({?(ji 量 032( 、妥蔷垫瓮每醛毒 9 矗( 33(花冠长 oi5,o8 厘米,蓝色??,吁??: :33(毒茸安}文鑫 J I ,r ( 26(花冠上唇 4 裂,下唇不裂。 _Ij , : :1:, :.i. , ; J 34(后对花丝基部具齿状附属物,花药 1 室,柱头不等 2 裂。H( 35(花葛上唇 3 裂,中齿宽下延到萼筒,边缘呈遗秧,下吾 2 齿较狭(((o?; 。( ????jo(j??0(;(式。l 唱 4(罗勒属 Ocimum, (, 35(花尊上唇 4 裂,下唇彳裂,花冠上唇具 4 齿,下唇舟彩(,.( : (?0j7(囊(, ( ???? 35(凉粉草属 Meson& 34(花丝基部不具附属物 To ( , 、 j 0( ( 36(花丝分离。 37(轮伞花序组成假穗状花序或总状花序( ;花冠筒基部不呈囊状戡粤} r38(轮伞花庠组成卵状长圆形或圆筒形的假穗状花序;花萼 唇形,上唇 大而下折,下唇截形,花冠筒细长,中部下弯;花粪?壁,后贯通为 ( ( 1 室???? ??ii?????36(排香草属 Ariisocilus 38(轮伞花序具 2 花,组成顶生总状花序;花尊 5 齿; ,等大,果期墙大, ( 呈 唇形;花冠筒长而直;花药 2 室??0??:j(j((。 :::?(i 。??( ?:??(3Z(筒冠琶属.Siphocj;ruiiorf 37(聚伞花序组
成总状或圆锥花序;花冠筒基部成囊状或短距,冠檐 唇形, ( 下唇常呈舟形??????? r38(番茶菜餍 Rabtlosia 36(花丝在中部以下合生成鞘状,花序具有色苞片; (常为肉质草本? ??(39(鞘蕊花属 ColeU_s
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范文五:怎么用NCBI
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST
序列比对等
最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用
BLAST 进行序列比对……,这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自
己使用 NCBI的一些经历(经验)跟大家交流一下 BCBI 的使用。希望大家都能发表自己的使
用心得,让我们共同进步!
我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用:
Part one 如何查找基因序列、mRNA、Promoter
Part two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列
Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列
Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性
特别感谢本版版主,将这个帖子置顶!
从发帖到现在,很多战友对该帖给与了积极的关注,在此向给我投票的(以及想给我 投票却暂时不能投票的)各位战友表示真诚的感谢,谢谢各位战友!
请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高 的战友给予补充
First of all,还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分 利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、
启动子(Promoter)
下面以人的 IL6(白细胞介素 6)为例讲述一下具体的操作步骤
1. 打开Map viewer 页面, 网址为: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种,for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示:
2.点击“GO”出现如下页面:
3. 在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框, 在Gene 前面的小方框里打勾,然后点击Filter. 出现下图:
说明一下:1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了 三个,是不同的部门做出来的,经我验证,序列有微小的差异,但总体来说基本相同。尽管 你分别点击后,序列代码、序列代码等有所差异,但碱基基本一致,不影响大家研究分析序 列。现在普遍采用的是最上面的那个序列,这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的 一个序列。我也推荐大家使用这个序列。
4.点击上述三条序列第一条序列(即 reference)对应的"Genes seq",出现新的页面, 页面下方为:
5.点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”,即下载查看序列等功能, 结果如图所示:
先对上面这张图做点简要的说明,在 Sequence Format(序列输出格式)后面是一个下 拉式选择菜单,默认的为 FASTA 格式,还有一个是 GenBank 格式。我推荐大家选择 GenBnak
格式,因为这个格式提供了很多该基因的信息,而 FASTA格式只有基因序列。
6.在 Sequence Format 后选择 GenBank,然后点击下面的 Display,目的基因的相关 信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示(网页较大,只抓取一小部分以作示范) :
在上述打开的网页中,你可以看到基因长度,基因序列,以及这个基因是如何被报道出 来的等各种信息。
你会看到: mRNA join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 这代表了从基因的 3598位开始就是转录区了, 即我们常说的 mRNA 片断, 由于内含子的存在,
所以 mRNA 在DNA 序列上分成了几段。
CDS join(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..7970)
CDS 代表编码序列,即蛋白编码区是从 3660 开始的(ATG) ,由于剪接作用所以 CDS 区 也是不连续的。
说到这里,可能很多朋友都已经明白了 promoter 即启动子区域在哪里了。但我还是再 唠叨几句:转录起始位点前面是基因的调控区,启动子区没有明显的位置定义,大家也只是 猜测它的大体位置,如果你要研究 promoter 区的话,建议你选择转录起始位点前的 2000 个碱基进行研究,一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话,也可以只研 究-1000 到0这一千个碱基,因为一般情况下,启动子区的变异都在这个区域内。
在上述打开的网页中,你可以看到基因长度,基因序列,以及这个基因是如何被报道出 来的等各种信息。
你会看到: mRNA join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 这代表了从基因的 3598位开始就是转录区了, 即我们常说的 mRNA 片断, 由于内含子的存在,
所以 mRNA 在DNA 序列上分成了几段。
CDS join(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..7970)
CDS 代表编码序列,即蛋白编码区是从 3660 开始的(ATG) ,由于剪接作用所以 CDS 区 也是不连续的。
说到这里,可能很多朋友都已经明白了 promoter 即启动子区域在哪里了。但我还是再 唠叨几句:转录起始位点前面是基因的调控区,启动子区没有明显的位置定义,大家也只是 猜测它的大体位置,如果你要研究 promoter 区的话,建议你选择转录起始位点前的 2000 个碱基进行研究,一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话,也可以只研 究-1000 到0这一千个碱基,因为一般情况下,启动子区的变异都在这个区域内。
这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了,这种方法可能使用的人不是很
多,但我个人比较喜欢,因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。希望大 家可以发帖交流,让我们把 NCBI 用的更好!
6
第二部分 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列(依
然以人类的 IL6 为例)
1.进入NCBI 主页:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
在 search 后面选择 Gene,在 for 后面填写需要查找的基因的名字。如图所示:
出现了很多基因序列,在每个序列的右边还有“Order cDNA clone” 的链接,这些序
列中有些序列是跟你的目的基因同名的,有些是别名(Other Aliases)与你的目的基因一 致,根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。上图中我需要的 IL6 是标号为2的序列。
2.1 查找 cDNA 序列
2.1.1 点击Order cDNA clone, 出现目的页面如图所示:
2.1.2 点击Clone Sequence 后面的链接即可得到cDNA 序列。点击后如图所示(只抓 取其中一部分)
2.2 查找 mRNA、蛋白序列
回到步骤 1 点击“Go”之后出现的页面,点击目的基因的名字,出现以下页面 (只抓取相关部分):
页面的下半部分,即可以获取 mRNA和蛋白序列的部分:
找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”,它分为几个板块,第一个“mRNA and
Protein ”区可以让我们找到连续的编码 mRNA 序列和蛋白序列。在 mRNA and Protein下面有两个序列代码(中间划有一个箭头) ,这代表了 mRNA序列和蛋白序列。分别点击就可
以得到相应的序列页面。点击后如图所示,mRNA 序列:
NCBI Reference Sequences (RefSeq)的第二个板块是 Reference assembly,它下面显示的是 Genomic ,点击 Genomic 下面Reference assembly 对应的 Genbank 或 FASTA 即可出现编码的 DNA 序列(注意:只是编码序列,其中包括内含子,但一般没有 5?非编码区) 。 一步就不做贴图演示了吧,
呵呵。 这样我们就可以找到基因的 cDNA 序列、连续的编码 mRNA 序列、蛋白序列以及含有内
含子的编码DNA 序列了。相信这些操作对很多战友还是有用的。
如果大家有更好的方法,欢迎发帖交流!
友情提示:在 NCBI 里打开的每一个页面都会给我们提供大量的信息,大家不妨好好看 看,可能会有令我们惊喜的收获!
最后唠叨一句: 最近我实验比较忙, 只能在深夜发帖, 可能要过几天再发第三部分[Part three 运用STS 查找已经公布的引物序列],希望“期待下集”的朋友可以理解。
第三部分 运用STS 查找已经公布的引物序列
STS,序列标签位点(Sequence Tagged Site):一段短的DNA 序列(200-500 个碱基
对),这种序列在染色体上只出现一次,其位置和碱基顺序都是已知的。在PCR 反应中可以
检测处STS 来,STS 适宜于作为人类基因组的一种地标,据此可以判定DNA 的方向和特定序
列的相对位置。
以上内容基本是STS 的定义,我主张活学活用,下面就介绍一下我个人用STS 数据库查 找引物的一点经验。
还是使用人的IL6 基因为例,呵呵
1. 打开 NCBI 主页,在 Search 后面的下拉菜单选择 UniSTS,在 FOR 后面填写目的基
因。
操作完毕如图所示
这是你会发现 NCBI 又提供了很多序列,下面我们还是要初步筛选我们需要的序列。
2.根据物种、目的引物所在染色体的位置等选择相应序列(可能不只一个) ,点击。 下面以点击第一个进入的画面为例。
你会发现这个页面直接就给出了引物序列,PCR之后的片段长度也是给了的(247bp) 。 下面还有很多相关的信息……
3.点击GeneBank Accession 后面的代码,进入下一个页面。
啊!前后引物都呈现在眼前了,还有反应体系和反应条件!其中 Primer A 是前引物序 列,Primer B 则是后引物序列,并且给出了他们在 DNA 序列中的位置。有兴趣的朋友可以
在序列中找一下,是可以找到的, 不过要注意,PCR 是双链扩增,在序列中可以直接找到
的是 Primer A 的原序列 和 Primer B的互补序列。
在步骤二里面我只点开了一个序列,继续打开其他的可能还会有对自己有用的引物,不 过这要你自己慢慢发掘了。
这种寻找引物的方法有点投机取巧的味道,实用程度不是很高,但如果这里面恰好有你 想 P 的片段的话,恭喜你,这些引物都是很成熟的引物,可以直接拿过来使用了。
如果想寻找引物,大家可以查阅相关论文,已经报道的引物我们为什么不用呢?!既省 时间,可靠性又强。
如果这两种方法都不能找到你需要的引物的话, 那就自己设计吧, 建议使用 Primer 5 和
Oligo。引物设计的详细内容我在这里就不多说了,推荐两个帖子给大家看一下,第一个是 本版版主 liuzeyi2002 发起的,内容很丰富,很值得学习,另一个则是我发的。
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=64&id=9517792&sty=1&tpg=1&age
=0
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=9523263&sty=1&tpg=1&age=0
第四部分 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性
提到序列比对,绝大多数战友都会想到 BLAST,但 BLAST 的使用确实又是一个很大的难
题, 因为他的功能比较强悍, 里面涉及到的知识比较多, 而且比对结束后输出的结果参数 (指
标)又很多。如果把 BLAST 的使用详细的都讲出来,我想我发帖发到明天也发不完,更何况
我自己也不是完全懂得 BLAST 的使用。 所以我在这里也就“画龙点睛”——以比对核酸序列
为例来给大家介绍一下 BLAST 的使用, 也算是 BLAST 的入门课程吧。 请看帖的战友好好体会, 如果你用心看,在看帖完毕之后 BLAST 的基本使用(包括其他序列的比对)应该没有问题
了。
1.打开BLAST 页面,
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 打开后如图所示:
对上面这个页面进行一下必要的介绍:
BLAST 的这个页面主体部分(左面)包括了三部分:BLAST Assembled Genomes、Basic
BLAST、Specialized BLAST。相信大家可以看懂这三个短语的意思,我就不多说了;我要说
的是,可以认为这是三种序列比对的方法,或者说是
BLAST 的三条途径。
第一部分 BLAST Assembled Genomes 就是让你选择你要比对的物种,点击相应物种之后即可进入比对页面。
第二部分 Basic BLAST 包含了 5 个常用的 BLAST,每一个都附有简短的介绍。
第三部分 Specialized BLAST 是一些特殊目的的 BLAST,如 IgBLAST、SNP 等等,这个
时候你就需要在 Specialized BLAST部分做出适当的选择了。
总之, 这是一个导航页面, 它的目的是让你根据自己的比对目的选择相应的 BLAST 途径。
下面以最基本的核酸序列比对来谈一下 BLAST的使用, 期间我也会含沙射影的说一下其
他序列比对的方法。
2. 点击Basic BLAST部分的nucleotide blast 链接到一个新的页面。打开后如图所
示:
介绍一下上述页面:
Enter Query Sequence 部分是让我们输入序列的,你可以直接把序列粘贴进去,也可
以上传序列,还可以选择你要比对的序列的范围(留
空就代表要比对你要输入的整个序列) 。
Job Title 部分还可以为本次工作命一个名字。
Choose Search Set 部分是让我们选择要与目的序列比对的物种或序列种类(genome
DNA、mRNA 等等) 。如果是人或老鼠的话,就可以直接选择了如果是其他物种就要选择
“others”了,这时候网页会主动跳出一个下拉对话框和一个输入式对话框,你可以分别选择和输入要跟你的序列比对的序列种类和物种。下面的 Entrez Query 可以对比对结果进行
适当的限制。
Program Selection 部分其实是让我们选择本次比对的精确度,种内种间等等。
在 BLAST 按钮下面有一个“Algorithm
parameters” ,这是参数设置选项,一般用户
使用不到此项,所以它比较隐蔽,点击,原网页下方即可增加了 Algorithm parameters 的
内容。大部分战友都用不到更改这里面的选项,我也
不多说了,有兴趣的朋友可以自己研究
一下。
3.依次填写上述网页必须部分,点击 BLAST 按钮后,出现如下界面(只截取其中一部
分) :
出现的这个结果页面信息含量非常大,如果我们用心观察,还是可以发现其中的一些主
要指标的。列举上图也是为了给大家展示一下这些评价标准。其中 Description 部分推荐大
家详细看一下,另外说一下“E value” 这个指标与其他指标不同,它的数值越小相似程度
越高,其他几个(如 Totle score)都是数值越高相似度越高。
在这个图示的表格下方就是具体的相似性的核酸序列了,还配合着各种参数的得分。
好了,各位亲爱的战友,我的 BLAST 就发到这里为止了,更具体的东西有待大家一起去
努力研究。伴随着 BLAST 的终结,我的“一步一步教你使用 NCBI”也要暂时告一段落了,
很高兴自己发第一个帖子时说的话今天终于做到了。 以后如果我有新的 NCBI 使用方法的话,
我还会添加到这里来,但我想这一阵子是不会接着发了,呵呵。
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