对不合格党员进行组织处理一般应遵循以下程序：
1、对在民主评议中初定的不合格党员的主要问题进行核实，并整理成综合性写实材料。材料内容一般包括：党员简况，主要问题，评议意见，本人态度等。
2、支部委员会依照处置不合格党员的政策界限，提出初步处理意见，并听取被处置对象的意见。
3、召开党员大会，讨论支部委员会提出的初步处理意见。
4、党支部将党员大会通过的处置决定、核实的材料一并报送上级党委审批。上级党委要认真审查党支部上报的材料，经过充分讨论后作出决定。
5、党支部收到党委批复文件后，要及时找 被处置对象谈话，转告上级党委的审批意见，做好思想工作。之后，召开党员大会，宣布党委决定。
不合格党员的认定
对民主评议中被评为“差”的党员，支委会（不设支委会的召开支部大会，下同）要结合平时掌握的党员现实表现，对照以下情形，客观准确地认定不合格党员：
一是理想信念缺失，对马克思主义缺乏信仰，对中国特色社会主义缺乏信心，推崇西方价值观念和社会制度，热衷于组织、参加宗教活动和封建迷信活动。
二是政治立场动摇，在思想上政治上行动上不能自觉与党中央保持一致，不能严格遵守党的政治纪律和国家法律法规，传播政治谣言及有损党和国家形象的言论。
三是宗旨观念淡薄，服务群众意识差，利己主义严重，与民争利甚至损害群众利益，在人民群众生命财产安全受到威胁时临危退缩。
四是工作消极懈怠，不思进取、不负责任、不敢担当，在生产、工作、学习和社会生活中不起先锋模范作用，落后于普通群众。
五是组织纪律散漫，不按规定参加党的组织生活，不按时交纳党费，不完成党组织分配的任务，不按党的组织原则办事，甚至参加非组织活动。
六是道德行为不端，违反社会公德、职业道德、家庭美德，贪图享受，奢侈浪费，沉迷低级趣味，生活作风不检点。
不合格党员处置程序
对评定为不合格的党员，党组织要根据其表现和态度进行组织处置。组织处置方式分为限期改正、劝退、除名。对有继续留在党内的愿望、愿意接受教育并决心改正的不合格党员，党组织应要求其限期改正，时间一般为1年；限期改正期间，党员权利不受影响。对拒不改正或限期改正期满仍无转变的，应当劝其退党，劝而不退的予以除名。党员如果没有正当理由，连续6个月不参加党的组织生活，或不交纳党费，或不做党所分配的工作，按自行脱党予以除名。
处置不合格党员程序：1、党支部在民主评议党员工作中，根据个人自评、党员互评、民主测评结果，由支委会对有不合格表现的党员作出初步认定。2、党支部对党员不合格表现进行调查，形成调查核实材料，支委会提出初步处置意见。基层党委（具有审批预备党员权限的党委，下同）可派人参加。3、党支部将初步处置意见、调查核实材料报基层党委预审。对拟作出劝退、除名处置的，由基层党委报上一级党委组织部门预审。4、经预审同意后，党支部召开支部大会，通报对拟处置党员调查核实和预审情况，讨论处置意见并进行表决。5、对作出限期改正处置的，由基层党委集体研究审批；对作出劝退、除名处置的，由基层党委集体研究提出审批意见，报上一级党委组织部门审查批准。党支部接到审批意见后，及时通知被处置党员，并以适当方式宣布。
对受到限期改正处置的党员，党支部要通过谈心谈话、教育培训、结对帮扶等措施促其改正。限期改正期满，党支部对其进行评议，根据改正情况作出相应决议，按程序上报审批。对被劝退、除名的，基层党组织要认真做好思想政治工作。被处置党员对处置结果有不同意见的，按《中国共产党党员权利保障条例》规定提出申诉。党组织要按照规定进行复议、复查，并对本人作出回复。
处置不合格党员政策界限
处置不合格党员要注意区分主观原因和客观原因、个人原因和组织原因、一时表现和一贯表现，做到事实清楚、理由充分，处置恰当、手续完备，确保处置结果经得起历史检验。
对党员所在单位或居住地党组织不健全、组织生活不正常，以及党员年老体弱、长期患病、行动不便，造成无法正常参加组织活动、不能履行党员义务的，不能简单认定为不合格党员予以处置。
对超过6个月未与党组织联系的党员，党组织要采取多种方式与他们联系；对经多方努力确实无法取得联系的，应当经支部大会讨论决定，由基层党委审查后，报县级或相当县级以上党委组织部门批准，按自行脱党予以除名。对党员出国（境）定居，以及出国留学、劳务人员中的党员，按有关规定办理。
对按照《中国共产党纪律处分条例》规定应当给予党纪处分的党员，不能用组织处置代替党纪处分。对受警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看处分的党员，一般不因同一问题再进行组织处置；但有其他不合格表现的，应当按程序作出相应处置，对被劝退、除名的及时通报纪检机关。

摘自《中央党的群众路线教育实践活动领导小组关于做好处置不合格党员工作通知》（中组发〔2014〕21号）

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　　党组织要指派有一定政策水平和工作能力的党支部委员，对不合格和基本不合格的党员存在的问题，进行深入的调查核实，认真广泛地听取党内外群众的意见，该取证的一定要及时取证。并尽可能做到一事多证，然后依据事实写出综合材料。
（2）让材料与本人见面。
支部委员会首先要对不合格或基本不合格党员的材料进行研究和认定，然后，支部书记或委员把组织上认定的情况，逐一同党员本人见面，如本人认为材料与事实有出入，要进一步核实，直到把事实搞清楚后，再提交支委会讨论。
（3）召开支委会。
根据不合格党员存在的主要问题，对照党员标准，依据党章和上级党组织关于处置不合格党员的有关规定，支部委员要逐人进行认真讨论，提出初步处置意见，及时向上级党委汇报。
（4）同被处置党员谈话。
见同本人见面，并对其进行教育帮助，使其端正态度，正确对待组织处理。
（5）召开党支部大会。
组织党员学习党章和文件及处置不合格党员的有关规定；支部书记代表支委会将被处置党员的主要问题、表现态度及初步处理意见向全体党员说明；被处置的党员做自我批评或说明、申辩；党员大会进行充分讨论并对其进行必要的批评；按照少数服从多数的原则，对处理意见进行表决；支部大会通过关于对被处置党员的处理决定。
（6）让处理决定与本人见面，由本人签署意见。
对个别不承认错误，拒不签署意见的，只要事实清楚，证据确凿，按支部大会决议执行。
（7）党支部将处理决定连同本人签署的意见，及时报上级党委批准。
（8）将处理结果正式通知本人。
党支部接到党委批复后，党支部书记要及时找被处置党员谈话，将上级党委的批复正式通知本人，并进一步做好思想转化工作，对限期改正和受党纪处分的党员，帮助其制定和落实限期改正的措施。对出党的同志鼓励他努力做个好公民。
对受到组织处理的党员的有关材料，都要单独立卷归档。案卷包括：党员处理呈报表、说明材料。支委会及支部大会会议记录、民主评议记录、调查材料、本人检查或退党申请、各种证明材料及其他有关材料。案卷一般应交上级党委组织部门保存。