范文一:实验常见问题
流式、WB 、RT -PCR 等实验所需细胞数问题 编辑词条 发表评论(0)
1、流式所需细胞数
问:我目前准备做流式,要做10 个标本,但是细胞总数不多了,我能不能把原来在100ml 培养瓶培养的细胞转移到25ml 里培养,这样把细胞重悬后,1个100ml 的可以分到4个25ml 里。请问这样可以嘛?细胞数够嘛?据说做流式至少要105次方个细胞以上才行。
丁香网友漂泊认为:细胞数是够的,请问你用流式测什么指标,用不用其他药物处理,说得详细点方可知你的方法妥不妥
问:我要用流式测细胞周期,要加抑制细胞增殖的药物,然后自加药的不同时间取样测细胞周期。这样可行不?
丁香网友漂泊认为:抑制率大概多少?那就建议您至少用50ML 的培养瓶
问:请教大家一个问题:因为我做流式需要做很多次,就想到用六孔板做,六孔板的一个孔内的细胞数够不够做一次流式用?有没有人用过这个方法?请大家给个建议。
丁香网友venchao 认为:足够了, 流式标准一个指标需要1X105。我做过,无有问题
问:因为我做流式需要做很多次,就想到用六孔板做,六孔板的一个孔内的细胞数够不够做一次流式用?有没有人用过这个方法?请大家给个建议。
丁香网友zhaoyihenglk 认为:足够了!流式检测所需的细胞的数量级105,而六孔板长满能达106。 问:请问用96孔板作的转染可以做流式细胞仪分析么?做流式细胞仪分析要用多少微升的悬液?谢谢! 丁香网友zhaoyihenglk 认为:一般我们使用500微升的悬液上机检测!!!
问:请问流式检测的最小的细胞数量是多少,如果小于一个细胞的话是否就不能采用流式检测了。流式要求的细胞的最小体积是多少,我最近收集了少量细胞团,30-50 微米,因为将细胞团中的各个细胞分离开较难,是否可以用于流式的检测?
丁香网友XTYang 认为:如果不能将细胞分散成单个细胞悬液的话是无法用流式细胞法分析的。 丁香网友swarm 认为:检测时最少要有2000个细胞,但最初准备样品时,如果只做外标,样品比最少细胞数大一个数量级即可;但要是需要作内标的话,固定液和穿膜液粘度大,细胞损失也多,而且,穿膜液一般对细胞还有损伤,故样品细胞数要比最少细胞数大2个数量级!做流式,细胞必须是单细胞悬液,成团细胞可用胰酶处理,或是在细胞样品中加2mM 的EDTA ,防螯合。
问:请问流式检测的最小细胞数是多少?如分离出两种细胞,一种细胞数很少,但体积很大,另一种细胞是其数量的10-20倍,是否可以用流式同时检测呢?
丁香网友XTYang 认为:记得有人研究用针头取样后进行流式分析的文章,所以细胞数应该是可以很少的. 在大量细胞中检测低频率事件(即你例子中的第一种细胞)正是流式的优点. 关键是你的第一种细胞在大小,密度或荧光标记上和其他大量细胞有区别,并且细胞团能用酶解或机械方法处理成单细胞悬液. 问:流式能检测含多种细胞的标本吗? 细胞碎片影响流式检测效果吗? 怎样在检测前去除细胞碎片? 丁香网友swarm 认为:能检测含多种细胞的标本因为流式本身能根据细胞的大小及细胞内容物颗粒大小(即所谓的流式仪所用的前向光和侧向光)来区别不同的细胞群而通常做研究时是荧光标记你感兴趣的亚群进行分析含有碎片会有一点点影响,但用空白样品(未作任何荧光标记的样本)选定你想研究的
细胞群体时,即可排除细胞碎片,因为碎片所反映的前向光和侧向光和完整的细胞基本不相同 。
2、Western 和RT-PCR 所需细胞数
问:我是实验新手,拟在细胞上行WB 和RT-PCR ,由于实验基础太差,不知道细胞水平行WB 和RT-PCR 所需多少细胞,一般用多大的板子培养才能提足所需蛋白和RNA ,请论坛里的朋友们不吝指教,多谢! 丁香网友zhangyuelin1999认为:我做过WB 的,细胞数目要达到10*6个,这样提出的蛋白就可以了!因此一般的六孔板就可以了!24孔板,96孔的感觉有点小了,空间太小细胞长就不好了!先前要计个数的,然后进行蛋白定量的!悬浮的就直接离心得沉淀,裂解得蛋白的就可以了,贴壁的要用到细胞刮子。RT-PCR 就不太清楚了,祝实验顺利!
丁香网友everever 认为:看你要养的细胞是哪种了,有的细胞的体积就很小,而有的细胞则铺得很开。做RT -PCR 用两步法即先抽RNA 经反转录再做PCR 一般要用到1ug 的总RNA 。(1ug 经反转录成20ul 体系后一般可做至少50次20ul 体系的PCR )常规做WB 一个孔道上样要10*5个细胞。但也和你的目的蛋白及提取的方式有关。如果是膜蛋白或是某细胞器内分布的蛋白细胞数得增多。你最好和你们实验室做过相关实验的人讨论一下。
问:我初次作RT-PCR 和Western ,请教要使用多少转染后的细胞呢?转染效率是多少?瞬时转染是否可以传代呢?对检测有多大的影响?
丁香网友lym569认为:一般转染效率达到50%的话,一个24孔班板的细胞足够做RT-PCR 和Western 了,你可以做一个6孔板转染或2个24孔细胞转染. 瞬时转染可以传代,但传代后所转染的细胞会越来越少. 你传代的目的是什么? 如果想稳定表达的话,你应该作稳定转染。
问:你的“一般转染效率达到50%的话,一个24孔班板的细胞足够做RT-PCR 和Western 了”是不是可以这样理解:转染效率50%,24孔板上每个孔均长满细胞。一半细胞用作RT-PCR ,另一半用作Western 。再弱弱的问:是刚好够吗?您的建议:你可以做一个6孔板转染或2个24孔细胞转染。24孔板2个是为了保险。那6孔板是??
丁香网友lym569认为:转染效率50%,24孔板上每个孔均长满细胞。一半细胞用作RT-PCR ,另一半用作Western 足够用了. 做2孔是其中一孔做RT-PCR ,另一孔做Western ,这样操作起来比较方便,一个24孔板上的细胞够你做几次Western 了. 如果用6孔板,你只转染一个孔就可以,看你喜欢哪种了。
3、MTT 细胞数问题
问:本人准备做SKOV3和SMMC-7721的MTT 实验,请问MTT 实验中96孔板中的合适细胞数或者浓度。
丁香网友rfei8510认为:调整细胞浓度至1×105/ml,分别加入96孔板,每孔加200μL使每孔细胞数目是2×104个。
请教:各位在做MTT 时,如何尽量保证各孔细胞数基本一致?混匀细胞所用容器是培养皿还是储液器?储液器用的是一次性的还是可重复使用的,哪家公司的,价格?
丁香网友clearair00认为:MTT 检测时各孔细胞数的均一可比是关键。首先要保证收集细胞的分散混匀,贴壁细胞要消化完全,悬浮集落细胞团块要吹散充分,最好显微镜下观察确定。其次微量取液操作要规范、稳定,建议选用精密度较高的微量移液器和质地优良的Tip 头。至于混匀细胞的场所是选择培养皿还是储液器,抑或其它容器,应该没有很大的影响,只要方便操作且不影响细胞活力即可灵活选用。额外补充一句,MTT 检测结果的影响因素除上面提及的方面外,每孔接种细胞的密度也是保证获取有意
义和正确结果的重要一环,具体的接种细胞密度要根据不同的实验目的和观察效应的差异进行调整、确定。
请问做MTT 时,96孔板中每孔的细胞数是多少啊? 为了照相每次我都在加MTT 前将扳子的培养液甩掉,照完相后加70微升的无血清培养液(为了节省)和20微升的MTT ,不知道这样对结果有没有影响? 丁香网友偷懒的猪认为:不同的细胞,不同的药物作用时间或是影响因素,要求接种的细胞数会不同。一般是1000-10000个,看你的细胞的生长速度,体积大小,都会有影响的。我做的几个不同的肿瘤细胞系,多数种3000-5000个,药物作用48-72小时是可以的,细胞数太少,读数太低,误差会增大。细胞数太多,细胞长满了以后脱落,OD 值和活细胞之间就不再是线性关系了,也会使结果失真。我们这里也有人种1000/孔,但我试过2500/孔,作用48小时,OD 值就特别小了。MTT 的影响因素太多了,还要自己好好摸索,愿你好运!
我在用MTT 法作细胞的生长曲线,现在遇到了几个问题,希望有人能帮我解决。
(1)OD 值转换成细胞数的方法?
(2)我得出的OD 值都是在2-3之间,准确吗?
(3)我不知道选择哪个波长490和570的,就选了两个?570的值比490的高,我该用哪个值 ? 丁香网友ryochan 认为:
(1)OD 值转换为细胞数似乎不太好操作,就像楼上战友说的那样,影响因素比较多,单个细胞活性与MTT 转化量是有关系的,所以需要有一个标准细胞活性的参照才能计算细胞数。
(2)OD 应该在0.2~1之间线性度最好,2-3就不太好了,有时候<>
(3)标准的MTT ,DMSO 溶的话,吸光度峰值应该在570nm ,线性度最高,但是多数实验室酶标仪的滤光片配置都没有这个数值,所以似乎大家就用490nm 来替代了,理论上说线性度不如570nm ,但是因为相差不算太多,也可以代用。
丁香网友忆歆人认为:可以先通过配制梯度浓度的细胞数,利用MTT 法测OD 值,将细胞数同OD 值之间建立线性关系,即一标准曲线。再根据标准曲线,通过OD 查找对应的细胞数!
请教一下细胞数目是怎么调的,我的方法如下:先需7-8X104/ml的细胞浓度,把培养瓶中的细胞消化后,离心,弃去上清液,沉淀中加入少量培养基,制成细胞悬液,另取一预先消毒的大口瓶,加入培养基,所加培养基的量以超过自己所设计的96孔板上所需的接种量少许为宜,然后,用吸管吸取少量悬液,滴入大口瓶中,用玻璃计数板计数,四个大格平均数为7-8个,如果不够,继续滴加初始悬液,最终制成7-8X104/ml的细胞悬液。刚开始做MTT ,还不太熟,请大家指教。不知道这种方法对不对? 丁香网友hualey 认为方法太复杂了,他的方法:正常消化,观察细胞明显收缩后,倒掉胰酶,用少许培养基轻轻荡洗细胞,弃去培养液,加入少许培养液吹打细胞,使之从壁上掉下,转移至离心管中用直头滴管吹打成单细胞,细胞计数,测得的密度除以所要求的密度,得到要稀释的倍数,稀释。主要不同在于如果先稀释,可能会浪费培养基,至于其它操作,也可能是个人习惯问题,希望对你有帮助。 丁香网友jjw703 认为:调细胞浓度我们做的很多,方法和战友hualey 的基本相同。不同的是我们实验室在消毒细胞培养瓶的同时,还消毒一批小的瓶子,从10ml 到20ml ,这可以用来调细胞浓度。具体方法是消化收集细胞,转入消毒好的小瓶子,然后细胞计数,得到一个原始浓度。根据你所要的浓度的细胞悬液的量来稀释。比如你调的原始细胞浓度是2.4×10 5/ml,需要最终细胞浓度8×10 4/ml 一共10ml ,那么你就可以取原始细胞悬液3.3ml 于另一个消毒好的小瓶子中,再补加6.7ml 培养液。我
们的方法,一是可以节省离心管,而是可以节省培养基。另外说个体外话,做MTT 一定要细胞悬液浓度均匀,所以接种空板时,每加一排孔,都要混匀,把人为操作的误差减少到最低限度。
问:是否初始浓度的细胞,不用知道具体的体积?
丁香网友wolfskin 认为:
(1)贴壁细胞胰酶消化,7-8ml 培养基吹打呈单个细胞悬液;
(2)取1.5ml 离心管,PBS 450ul,细胞悬液50ul ,即稀释10倍后计数;
(3)计算密度,换算所需稀释倍数。
目前在养细胞,加不同刺激因素作用于细胞,通过MTT 测OD 值,观察刺激因素对细胞活力的影响。但作了很多次,除第一次结果OD 值均在1以下,其他都有1点几,2点几,有时甚至高达6.0(此时细胞加了MTT20UL/孔后,上清液就变成混浊紫色),而老板说数值太大,一般OD 值应小于1。我每次接种细胞密度大概有3-5x105个/ml,是否密度太大?不知各位战友作MTT 数值一般多少?此外,为什么有很多次在我刚加了MTT 后有些孔上清就变灰紫色,,抚育4h 后更多孔上清变色,都看不清孔底的结晶了,是细胞活力太差还是MTT 出现问题?
丁香网友essie2003认为:
(1)密度有点大了,你得OD 值偏大应该和细胞数量关系很大,小于等于105左右比较合适。
(2)据国外资料OD570在0.7-1.2之间比较可信,但我们这里做的大多在0.3-1.0之间,很少做到1.0以上。
丁香网友song111jun 认为:96孔板接种时密度最好在104-105之间,因为96板每一孔长满时消化下来就105左右,你的接种密度肯定高了,我用5x104/ml接种SW480测的结果还可以。你同时考虑一下你的细胞生长速度,最好在细胞处于对数生长期时检测。
问:用MTT 法测细胞生长周期,计算倍增时间时还是需要用到细胞数,那怎样把OD 值换算成细胞数呢? 丁香网友martin20032758认为:设对照组的OD 值为X ,实验组OD 值为Y 。计数对照组的细胞,取均值Z 后,则实验组的细胞数为YZ/X
丁香网友zsc78认为:我用MTT 法测过细胞生长周期,在细胞密度低的时候还可以,但当细胞增殖到一定数量时,OD 值跟细胞数不成比例。建议细胞不要接种太密,在细胞长满之前结束实验。
4、免疫组化细胞数问题
问:我培养的原代细胞,做细胞组化,可发现,做好后,细胞数目比培养时少了很多(大约只剩下不到一半了)。是什么原因呀? 过程如下:
(1)原代培养的成年大鼠神经细胞(神经元),培养3-4周。
(2)吸去培养液,37度0.01MPBS 清洗3次 各5 分钟。
(3)1%多聚甲醛固定30分钟。
(4)封闭液封闭(0.5%Triton X-100、4%羊血清、1%BSA 、 PBS 配制 ) 室温孵育60 分钟。
(5)加1:500稀释的一抗,4℃湿盒过夜,PBS 清洗标本 3次各5分钟。
(6)3%H2O2孵育 10分钟,以消除内源性过氧化物酶,PBS 清洗标本 3次 各 5 分钟。
(7)加二抗,室温孵育60分钟,PBS 清洗标本3次各 5分钟,
(8)加ABC ,室温孵育60分钟,PBS 清洗标本3次各 5分钟。
(9)加DAB 显色液,显色8分钟,加PBS 终止反应。
说明:
(1)我在吸去培养液前,观察了一下细胞,数目很多。等我做的第8步完成时,即在DAB 显色前,在观察,发现细胞已经丢失了近2/3了。我每次清洗都是很轻的。基本就固定在一点吸液加液。
(2)我培养细胞时,没有在培养板的孔内放载波片,所以上述操作均在培养板上进行。
(3)我在细胞原代培养过程中,细胞数量没有丢失现象。尽管我仅用5ug/ml的多聚赖氨酸铺板。 丁香网友dongwp 认为:31%多聚甲醛固定30分钟应用4%多聚甲醛固定,如果固定不充分,细胞就不能很好的黏附于培养板上,所以在染色的过程中被逐渐洗去?。
问:我们有个技术员告诉我(这个技术员可是在美国NIH 做过的)他曾经加过4%的多聚甲醛,但结果细胞全部卷起来了。所以告诉我,多聚甲醛的浓度一定要低!我才加1%的 。
丁香网友dongwp 认为:那是因为直接加入冷的固定液,细胞受冷收缩的缘故,并非是因为多聚甲醛的浓度。细胞吸去培养液,37度0.01MPBS 清洗3次。加入的多聚甲醛也必须是预温的,然后可以室温或4度固定。
范文二:PCR实验常见问题
【实验】 PCR 常见问题总结
作者 : gene121(站内联系 TA) 发布 : 2005-07-04
PCR 产物的 电泳 检测时间一般为 48h 以内,有些最好于当日电泳检测,大于 48h 后带型不规则甚致消失。
一 . 假阴性,不出现扩增条带
PCR 反应的关键环节有①模板核酸的制备,②引物的质量与特异性,③酶的 质量及活性 ④PCR 循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。 模板:①模板中含有杂蛋白质, ②模板中含有 Taq 酶抑制剂, ③模板中蛋白 质没有消化除净, 特别是染色体中的组蛋白, ④在提取制备模板时丢失过多, 或 吸入酚。⑤模板核酸变性不彻底。在酶和引物质量好时,不出现扩增带,极有可 能是标本的消化处理, 模板核酸提取过程出了毛病, 因而要配制有效而稳定的消 化处理液,其程序亦应固定不宜随意更改。
酶失活:需更换新酶, 或新旧两种酶同时使用, 以分析是否因酶的活性丧失 或不够而导致假阴性。需注意的是有时忘加 Taq 酶或溴乙锭。
引物:引物质量、引物的浓度、两条引物的浓度是否对称,是 PCR 失败或扩 增条带不理想、 容易弥散的常见原因。 有些批号的引物合成质量有问题, 两条引 物一条浓度高,一条浓度低,造成低效率的不对称扩增,对策为:①选定一个好 的引物合成单位。②引物的浓度不仅要看 OD 值,更要注重引物原液做琼脂糖凝 胶 电泳 ,一定要有引物条带出现,而且两引物带的亮度应大体一致,如一条引物 有条带, 一条引物无条带, 此时做 PCR 有可能失败, 应和引物合成单位协商解决。 如一条引物亮度高, 一条亮度低, 在稀释引物时要平衡其浓度。 ③引物应高浓度 小量分装保存,防止多次冻融或长期放 冰箱 冷藏部分,导致引物变质降解失效。 ④引物设计不合理,如引物长度不 够,引物之间形成二聚体等。
Mg2+浓度:Mg2+离子浓度对 PCR 扩增效率影响很大,浓度过高可降低 PCR 扩增的特异性, 浓度过低则影响 PCR 扩增产量甚至使 PCR 扩增失败而不出扩增条 带。
反应体积的改变:通常进行 PCR 扩增采用的体积为 20ul 、 30ul 、 50ul 。或 100ul ,应用多大体积进行 PCR 扩增,是根据科研和临床检测不同目的而设定, 在做小体积如 20ul 后,再做大体积时,一定要模索条件,否则容易失败。 物理原因:变性对 PCR 扩增来说相当重要,如变性温度低,变性时间短,极 有可能出现假阴性 ; 退火温度过低,可致非特异性扩增而降低特异性扩增效率退 火温度过高影响引物与模板的结合而降低 PCR 扩增效率。 有时还有必要用标准的 温度计, 检测 一下扩增仪或水溶锅内的变性、退火和延伸温度,这也是 PCR 失败 的原因之一。
靶序列变异:如靶序列发生突变或缺失, 影响引物与模板特异性结合, 或因 靶序列某段缺失使引物与模板失去互补序列,其 PCR 扩增是不会成功的。
1假阳性
出现的 PCR 扩增条带与目的靶序列条带一致, 有时其条带更整齐, 亮度更高。 引物设计不合适:选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性, 因而在进行 PCR 扩增时,扩增出的 PCR 产物为非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容 易出现假阳性。需重新设计引物。
靶序列或扩增产物的交叉污染:这种污染有两种原因:一是整个基因组或大
片段的交叉污染, 导致假阳性。 这种假阳性可用以下方法解决:①操作时应小心 轻柔,防止将靶序列吸入加样枪内或溅出 离心管 外。②除酶及不能耐高温的物质 外, 所有 试剂 或 器材均应高压消毒。 所用离心管及样进枪头等均应一次性使用。 ③必要时,在加标本前,反应管和试剂用紫外线照射,以破坏存在的 核酸 。二是 空气中的小片段核酸污染, 这些小片段比靶序列短, 但有一定的同源性。 可互相 拼接,与引物互补后,可扩增出 PCR 产物,而导致假阳性的产生,可用巢式 PCR 方法来减轻或消除。
2出现非特异性扩增带
PCR 扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异 性扩增带与非特异性扩增带。 非特异性条带的出现, 其原因:一是引物与靶序列 不完全互补、 或引物聚合形成二聚体。 二是 Mg2+离子浓度过高、 退火温度过低, 及 PCR 循环次数过多有关。 其次是酶的质和量, 往往一些来源的酶易出现非特异 条带而另一来源的酶则不出现, 酶量过多有时也会出现非特异性扩增。 其对策有:①必要时重新设计引物。 ②减低酶量或调换另一来源的酶。 ③降低引物量, 适当 增加模板量, 减少循环次数。 ④适当提高退火温度或采用二温度点法(93℃变性, 65℃左右退火与延伸 ) 。
3出现片状拖带或涂抹带
PCR 扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。 其原因往往由于酶量过多或 酶的质量差, dNTP 浓度过高, Mg2+浓度过高,退火温度过低,循环次数过多引 起。其对策有:①减少酶量,或调换另一来源的酶。②减少 dNTP 的浓度。③适 当降低 Mg2+浓度。④增加模板量,减少循环次数。
二 .PCR 污染与对策
PCR 反应的最大特点是具有较大扩增能力与极高的灵敏性, 但令人头痛的问题是 易污染,极其微量的污染即可造成假阳性的产生。
污染原因
(一 ) 标本间交叉污染 :标本污染主要有收集标本的容器被污染, 或标本放置时, 由于密封不严溢于容器外,或容器外粘有标本而造成相互间交叉污染 ; 标本 核酸 模板在提取过程中,由于吸样枪污染导致标本间污染 ; 有些微生物标本尤其是病 毒可随气溶胶或形成气溶胶而扩散,导致彼此间的污染。
(二 )PCR 试剂的污染 :主要是由于在 PCR 试剂配制过程中, 由于加样枪、 容器、 双蒸水及其它溶液被 PCR 核酸 模板 污染 .
(三 )PCR 扩增产物污染 :这是 PCR 反应中最主要最常见的污染问题,因为 PCR 产物拷贝量 大 (一般为 1013拷贝 /ml),远远高于 PCR 检测数个拷贝的极限,所 以极微量的 PCR 产物 污染,就可造成假阳就可形成假阳性。
还有一种容易忽视,最可能造成 PCR 产物污染的形式是 气溶胶 污染 ; 在空气与 液体面摩擦时就可形成气溶胶, 在操作时比较剧烈地摇动反应管, 开盖时、 吸样 时及污染进样枪的反复吸样都可形成气溶胶而污染 . 据计算一个气溶胶颗粒可含 48000拷贝,因而由 其造成的污染是一个值得特别重视的问题 .
(四 ) 实验室中克隆质粒的污染 :在分子生物学实验室及某些用克隆质粒做阳性 对照的检验室,这个问题也比较常见。因为克隆质粒在单位容积内含量相当高, 另外在纯化过程中需用较多的用具及 试剂 ,而且在活细胞内的质粒,由于活细胞 的生长繁殖的简便性及具有很强的生命力,其污染可能性也很大。污染的监测 一个好的 实验室 ,要时刻注意污染的监测,考虑有无污染是什么原因造成的污 染,以便采取措施,防止和消除污染。
对照试验
1. 阳性对照 :在建立 PCR 反应实验室及一般的检验单位都应设有 PCR 阳性对照, 它是 PCR 反应是否成功、 产物条带位置及大小是否合乎理论要求的一个重要的参 考标志。阳性对照要选择扩增度中等、重复性好,经各种鉴定是该产物的标本, 如以重组质粒为阳性对照,其含量宜低不宜高 (100个拷贝以下 ) ,但阳性对照尤 其是重组质粒及高浓度阳性标本,其对 检测 或扩增样品污染的可能性很大。因而 当某一 PCR 试剂经自己使用稳定, 检验人员心中有数时, 在以后的实验中可免设 阳性对照。
2. 阴性对照 :每次 PCR 实验务必做阴性对照。 它包括①标本对照 :被检的标本是 血清就用鉴定后的正常血清作对照 ; 被检的标本是组织细胞就用相应的组织细胞 作对照。② 试剂 对照 :在 PCR 试剂中不加 模板 DNA 或 RNA ,进行 PCR 扩增,以监测 试剂是否污染。
3. 重复性试验
4. 选择不同区域的引物进行 PCR 扩增
防止污染的方法
(一 ) 合理分隔 实验室 :将样品的处理、 配制 PCR 反应液、 PCR 循环扩增及 PCR 产物 的鉴定等步骤分区或分室进行, 特别注意样本处理及 PCR 产物的鉴定应与其它步 骤严格分开。最好能划分①标本处理区;②PCR 反应液制备区;③PCR 循环扩增 区;④PCR 产物鉴定区。其实验用品及吸样枪应专用,实验前应将实验室用紫外 线消毒以破坏残留的 DNA 或 RNA 。
(二 ) 吸样枪 :吸样枪污染是一个值得注意的问题。由于操作时不慎将样品或模板 核酸吸入枪内或粘上枪头是一个严重的污染源, 因而加样或吸取模板核酸时要十 分小心,吸样要慢,吸样时尽量一次性完成,忌多次抽吸,以免交叉污染或产生 气溶胶 污染。
(三 ) 预混和分装 PCR 试剂 :所有的 PCR 试剂都应小量分装,如有可能, PCR 反应 液应预先配制好,然后小量分装, -20℃保存。以减少重复加样次数,避免污染 机会。另外, PCR 试剂, PCR 反应液应与样品及 PCR 产物分开保存,不应放于同 一冰盒或同一 冰箱 。
(四 ) 防止操作人员污染,使用一次性手套、吸头、小离心管应一次性使用。
(五 ) 设立适当的阳性对照和阴性对照, 阳性对照以能出现扩增条带的最低量的标 准病原体核酸为宜,并注意交叉污染的可能性,每次反应都应有一管不加 模板 的 试剂 对照及相应不含有被扩增核酸的样品作阴性对照。
(六 ) 减少 PCR 循环次数,只要 PCR 产物达到 检测 水平就适可而止。
(七 ) 选择质量好的 Eppendorf 管,以避免样本外溢及外来 核酸 的进入,打开 离心 管 前应先离心,将管壁及管盖上的液体甩至管底部。开管动作要 轻,以防管内液体 溅出。
范文三:CNAS—实验室常见问题
实验室常见问题
一、关于认可规则
1.某实验室工作人员以CNAS-RL01第10.1.1条“变更通知”中“c )认可范围内的检测/校准依据??工作范围??发生重大改变;”为依据,认为校准能力的扩大属于变更,而不是扩项。为种说法是否正确?应如何解释?
答:这种说法不正确。CNAS-RL01第10.1.1条所述变更,是指认可范围内的变化,校准能力扩大,扩大部分不在认可范围内,所以不能按变更处理,应按扩大认可范围(简称扩项)处理。
二、关于CL10
1.CL10中规定的技术管理者不具备,是否此领域不予认可?
答:是,化学领域不予认可。
2.CNAS-CL10中的“注”与正文是否有等同作用?
答:CL10中的“注”是对正文的解释,或举例。
3.CL10在定期使用中间点的校准标样检查校准曲线会造成误导实验室以为制作一条校准曲线只要满足上述要求可长期使用,不正确使用方法!不符合分析化学基本要求!如何处理? 答:CNAS 认可的实验室,有境内实验室,也有境外实验室,CL10规定的是最低要求,也是采用国际上的通用规则。如果相应国家标准中有明确规定的,实验室应执行国家标准。
4.申请的化学领域的授权签字人如都达不到CL10要求怎么办?是否可以推荐了其化学技术能力,但没有推荐化学领域的授权签字人?
答:如果实验室某个领域没有符合要求的授权签字人,则该领域的能力不予认可。
5.CNAS-CL10:2012 5.2.1条款要求实验室从事化学检测的人员具有化学或相关专业专科以上的学历,或者具有10年以上化学检测工作经历, 该条款在某些实验室的化学检测人员的工作年限会达不到,能否有个比例,使没有相关专业专科以上学历而从事化学检测的人员,通过学习、培训取得上岗证,在工作中学习积累工作经验和工作年限。如评审中出现该不符合项,实验室除招有资质的人员难于整改。如招不到符合条件的人员,该不符合项关闭不了,评审组难于限制化学检测能力。
答:此条款是强制性要求,比例是100%。对于人员不能满足要求,或相关不符合项不能在规定时间内完成整改的,则相应项目不予认可。此类不符合项的整改验收,应安排现场跟踪验证,包括安排现场试验。
6.CNAS-CL10:2012 于2012年6月11日发布,2013年1月1日实施。在2013年1月1日前,评审时发现实验室未按照CNAS 要求进行自查,和实验室的做法不符合新的应用说明要求,应如何处理。
答:①现场发现实验室没有进行自查的,评审组应提醒实验室进行自查。②如果评审依据是旧版文件,即使实验室没有按照新版文件操作,评审组也不能开不符合项,只能是提醒实验室。
7.化学实验室的标准物质按CL10要求是要按计划进行核查。但在CL01中只要技术和经济条件允许,应进行?, 按哪个要求进行评定。
答:应执行CL10文件,因为应用说明文件是对通用认可准则(CL01)要求的明确和细化,允许其要求高于通用认可准则。
8.CL10对技术负责人的要求,在司法鉴定机构中,如公安司法鉴定机构中其角色是要求理化室技术负责人,还是机构的技术负责人之一?
答:是认可实验室的技术管理层中的1人,如果理化室只是司法鉴定机构中的1个部门,则应是机构的技术负责人之一。
三、关于检测经历
1.认可说明中关于检测经历,如何理解?对于同类产品,其中没经历产品的检测项目能被有经历的产品检测项目覆盖,可不可以视其为有经历?
答:①如果实验室从没做过该产品的检测,即使能被其他产品覆盖,也不能认可。CNAS-EL-01中明确规定认可的是实验室经常开展的检测活动。②如果实验室以前做过该产品的检测,只是由于客观原因,近两年没有检测经历,而且实验室也能提供通过试验证明其他有检测经历的产品的检测能够覆盖此产品的证据,可视其为有经历。
2.关于认可周期内很少从事检测的认可项目如何认定?指的是检测参数、检测方法,还是包括产品标准?我国的标准体系现状是产品标准很多,一系列的产品标准检测参数和方法基本相同。在这种情况下,是否具有某些产品的检测经历,也可认为是其他同系列产品均具备相应检测经历?
答:很少从事检测的认可项目,既指参数、方法,也包括产品。成系列的产品即使检测参数、方法相同,还要看产品基质、样品前处理等是否一样,只有完全相同的情况下,才能用某个或某些产品的检测经历代替其他产品的检测经历
3.对于原已认可的产品或参数,在三年认可有效期内均无检测经历也未参加能力验证的,是否在复评审时不再维持相关项目的认可资格?
答:①如果不能满足CNAS-RL02的要求,则不能维持认可。②如果没有可获得的能力验证,则根据CNAS-EL-01判断其是否进行了相应的质控,没有做质控的,不再维持认可。
4.关于检测经历,不同基质的检测对象,若检测方法、检测程序、检测设备、检测条件大致相同,只是样品的前处理过程有所不同,是否要求不同基质的产品均要有检测经历才能予以认可?
答:不同基质的产品均要有检测经历才能认可,因为没有检测经历,则方法验证就存在缺陷。样品前处理直接关系到检测结果,如果没有检测经历,也不能证明实验室已很好地掌握了前处理的方法。
5.有些单位某个项目可能3年来都没有检测过,该项目根据要求必须保留,而且该单位完全有能力做这个项目,在监督评审和复评审应如何评审该项目。
答:①实验室应提供证据证明其有能力做。②按照CNAS-EL-01中对RL01的解释评审。③1个认可周期内,现场评审至少要见证1次现场试验。
四、关于量值溯源
1.实验室对溯源结论为“合格”的检定证书,是否需要确认?
答:需要确认。因为仪器设备检定合格,但不一定能够满足检测/校准的需要。
2.经过CNAS 认可的检测实验室出具的“测试/检测”报告、校准实验室出具的“测量”证书,均不可用于仪器溯源吗?
答:不可以用于仪器溯源。因为检测和校准不同,检测是使用仪器设备按照相关检测标准进行,校准是使用能够溯源至国家基准的工作标准,依据相关校准规范进行。校准对环境设施、设备等的要求往往要比检测严格。校准实验室一般在没有校准规范的情况下才会出具“测量”证书,这种情况不在CNAS 的认可范围内,所以不能满足量值溯源的要求。
3.法定机构依据校准规范出具的校准证书可否承认。
答:如果该实验室未获得认可,则不承认其量值溯源性。
4.按照JJF1069考核取得的法定计量检定机构(如各省计量院)校准能力授权出具校准证书,如何处理?(注:上述能力尚未获得CNAS 认可)
答:不承认其量值溯源性。
5.按照JJF1033计量标准考核规范要求,部分JJF 校准规范只允许出具校准证书,承认吗?(注:上述能力尚未获得CNAS 认可)
答:不承认其量值溯源性。
6.监督评审中发现检测实验室新添置的进口设备使用供应商提供的标准物质进行溯源,而供应商和实验室不能提供标物溯源至“CNAS 承认BIPM (国际计量局)框架下,签署MRA (互认协议)并能证明可溯源至SI 国际单位制的国家计量基(标)准或经济体的参考标准”(CNAS-CL06:2011 4.1.3), 实验室强调类似情况在国内其他认可实验室普遍存在,如何处理?
答:如果是行业内公认的标准物质,是可以承认的。
7.在信息安全、软件测试实验室中,使用进口测试仪器比例较高,且更新换代十分快,特别是网络性能测试(从10兆、百兆、千兆到10万兆,如思博伦公司的SmartBit6000B 、)、软件效率测试(并发数量,如惠普公司的LoadRunner )等,这些进口设备(软件)没有可以校准的机构,通常所能做的只能是实验室间的比对,行业内也没有要求不确定度。请问,在实验室评审中该如何评价其量值溯源和不确定度?
答:此种情况允许实验室仅做功能核查。关于不确定度的要求具体参见相关应用说明。 在评审中对于难以溯源的项目如何掌握?
五、关于内部校准
1. 如对小容量玻璃量器的校准:检测实验室派出相应人员经省(直辖市)技术监督局组织的培训、考核、授权;技术监督局对内部校准使用的标准器进行了计量检定,对环境条件进行了考查,后对该实验室依据JJG***标准进行小容量玻璃量器内部校准进行了建标授权。象这种情况能否认可其对小容量玻璃量器的内部校准能力。
答:对内部校准能力的确认,要按CNAS-CL31《内部校准要求》的规定,由相应校准评审员进行现场确认。未经校准评审员确认的内部校准,不能确认其相应的检测能力。建标不能作为内部校准能力的确认,因为CNAS 认可的校准实验室,也都通过了建标考核,同样要通过现场评审才能认可其校准能力。
2.实验室内部校准问题:实验室建了标,如何处理,组长处理方式不一。
答:①实验室即使建标,在现场评审时仍应评审其内部校准的能力。②CNAS 项目主管、评审组都应严格执行CNAS-CL31《内部校准要求》,现场评审时派相应校准评审员评审内部校准能力。
3.目前,开展内部校准的实验室一是由于没有找到合适的供应商,二是出于节约经费的考虑。现场评审中,还未见到实验室申请内部校准能力,往往是到现场才发现开展内部校准,但一般评审组里没有校准评审员,实验室也未能按照内部校准的要求开展工作,实验室仅仅是使用有证标准物质,以检测有证标准物质的结果在允许误差范围内来判定仪器设备正常可用。现场评审是不知如何把握?
答:CNAS-CL31《内部校准要求》中已明确,实验室有内部校准但未提前申报,现场评审时发现,评审组中没有相应校准人员时,使用依靠内部校准实现量值溯源的仪器设备检测的相应参数不予认可。
4.监督评审中发现检测实验室有内部校准活动,依据国家发布的校准规范或检定规程,校准人员经实验室自行培训考核合格,参考标准及辅助设备送法定计量机构检定合格,实验室有校准记录(有不确定度信息)或检定记录(有合格结果),记录格式内容符合规范或规程要求,涉及到内部校准项目,能否予以维持认可?
答:按照CNAS-CL31《内部校准要求》,监督评审时应覆盖内部校准,如果项目主管没有派相应校准评审员,具体情况可与项目主管沟通、处理。
六、关于不确定度
1.CNAS-CL07:2011版发布后,对检测实验室不确定度评定的要求如何掌握,是否严格执行“检测实验室应有能力对每一项有数值要求的测量结果进行测量不确定度评估”? 答:CL07是要求类文件,必须严格执行。
2.在指示类仪器CMC 数值比其分辨率还小,合理吗?如游标卡尺分辨率为0.02mm ,CMC 表示为U=12μm (k=2),行吗?
答:这个例子是可以的,校准分度值0.02mm 的游标卡尺,读数与刻线不重合时,可以估读至0.01mm ,校准结果的CMC 可以是12μm 。
3.检测报告的内容通常不给出测量不确定度,可否。
答:检测报告是否给出不确定度,要根据情况而定,CNAS-CL07《不确定度要求》中规定了检测实验室在何种情况下需要给出不确定度。尽管实验室不需要在所有检测报告上报告不确定度,但实验室应具备对每个出具数值的检测结果进行不确定度评估的能力。
4.部分实验室,特别是第一方的实验室,对来自客户关于“检测结果的不确定度描述”无要求,由于此类评价相对复杂,现场如何掌握?
答:按照准则要求,实验室要有人员要具备评估测量不确定度的能力,现场评审时要进行考核。即使客户没有此类要求,实验室也应有评估测量不确定度的能力,这是标准的要求,不
可缺省。
七、关于认可标识
1.未加盖CNAS 认可标识的报告中出现了未认可的标准,且未加以说明,或报告未经过CNAS 认可的授权签字人签字而签发,是否构成不符合项?
答:分情况而定。如果报告中声称获得了CNAS 认可,而未获认可项目未注明或签发报告的人员未获认可,则构成不符合。如果报告中出没有声称获得认可,则不构成不符合。
八、关于资质认定及视频检验机构资质认定
1.有被评审方为取得食品检验机构资质认定资格, 仅申请1-2个商品, 而又涉及的次要、简单的理化项目,接受对其评审是否恰当?
答:按照CNAS-EL-01中对CNAS-RL01中对检测/校准经历要求的解释,如果实验室仅申请次要项目,是不予以认可的。
2.在食品检验机构资质认定里申请认可产品为水,现场了解是生产用水或养殖用水,能否纳入食品范畴来给予推荐认可。
答:食品检验机构资质认定的受理权限是认监委实验室部,评审组现场评审时仅对经认监委受理的申请书中申请的能力是否具备进行确认。相关情况应在评审报告中说明。
九、检测标准及标准变更
1.建议对标准变更申报定个时间规定,如有一新标准于2011年11月1日实施,有的实验室(包括检查机构) 在实施之日后的三个月内进行了标准变更申报,但有的实验室却在半年或一年后(或更长时间) 才进行标准变更申报。(目的是在开具不符合项或不予确认时有个可操作的依据。笼统规定“及时申报”有时不符实际情况)
答:CNAS-RL01《实验室认可规则》“认可变更的要求”中规定获准认可的实验室发生包括标准变更在内的一系列变更,应立即通知CNAS 。“立即”的含义是应在一个月内申报。在目前正在修订的RL01中已明确具体时限。
2.标准变更申请已提交CNAS 后,如检测方法无实质性变化,可否在检测报告中注明后继续使用CNAS 标识?
答:不可以。必须经CNAS 认可后,才可在检测报告上使用认可标识。
3.等同采用国外标准的需要中外标准分别认可吗?
答:必须按照中外标准分别认可。
4.某实验室申请的酒精中纯度和杂质检测项目,所用的标准为GB***,该国标中杂质测试引用了某行业标准SY***,该行标是否需要单独拿出认可?
答:需要单独拿出认可。
5.超出预定范围使用的标准方法,在能力表述时,何种情况表述为标准方法,何种情况表述为自编方法(标准作业程序SOP )?
答:①通过方法确认,能够按照标准方法标准检测/校准时,可以表述为标准方法。②通过确认,需要修改采用标准方法时,应编制作业指导书进行认可。
6.被认可的标准或规范中,其内容较为简单,其引用或执行其他标准(按项目执行),这个执行标准是否要申请认可。
答:要申请认可。
7.关于标准的表述 申报的一种参数,是否可以列入不同检测方法的标准?例如:申报“氨基甲酸酯类农药残留量”参数,在检测标准(方法)中列入了气相色谱-质谱法,快速检测,高效液相等多种方法。①植物性食品中氨基甲酸酯类农药残留量的测定GB/T 5009.104-2003,②动物性食品中氨基甲酸酯类农药多组分残留高效液相的测定GB/T 5009.163-2003,③植物性食品中有机磷和氨基甲酸酯类农药多种残留的测定GB/T 5009.145-2003,④蔬菜中有机磷和氨基甲酸酯类农药残留量的快速检测GB/T 5009.199-2003,⑤水果和蔬菜中500种农药及相关化学品残留量的测定 气相色谱-质谱法GB/T 19648-2006。
答:一个参数可以申报多种方法标准,但检测对象应准确界定。
8.在评审中,常遇到通用准则作为认可项目,但无具体标准/方法,无具体作业指导书。 答:原则上仅申请通用方法准则的项目,不予认可。因为所有的检测活动,大都不能直接将样品放在仪器上检测,而是要先经过样品处理、样品制备等过程,这些过程直接影响到检测结果。
9.如果以产品标准申请认可,那么现场评审时,除了确认产品标准中申请的参数外,对产品标准中其他内容如何评审能力,还需确认吗?
答:认可评审的是检测/校准能力,对于产品标准需要确认的也是实验室申请的产品标准中涉及的检测能力的内容,对于产品标准中不涉及检测能力的内容不在认可评审范围内。
10.以下超范围使用标准的是否可以认可?超范围使用标准的是否可以作为偏离?是否应该作为非标方法?认可参数在标准规定的参数之外;检测对象在标准规定的范围之外;用其他仪器代替的,如用ICP 代替原子吸收。
答:以上都属超范围使用标准,此种情况实验室应按非标方法进行确认 ,评审组应核查非标方法确认数据的准确性,并对非标方法的技术可靠性进行全面分析。
11.很多国外的法规被认可,这些法规与检测方法无关联,实验室将法规与自选的检测方法捆绑认可,暗示CNAS 承认被捆绑的检测方法检测结果符合所列法规的要求,而那些检测方法中并没有规定可以检测那些物质。
答:目前法规可与检测方法标准一同认可,但没有检测方法,不能单独认可法规。有些法规出台时,一些限定物质还没有具体的检测方法,因此实验室需要选择合适的方法,并按非标方法进行确认。
12.如何解决认可申请中使用其他领域的标准方法(如,使用环境有害物质化学检测中的美国EPA 标准广泛地在纺织、玩具等领域中的能力申请)在本领域中申请的问题。
答:①实验室要按非标方法进行确认。②如果是参考使用其他领域的标准,则实验室应编制作业指导书,并同时进行认可。
十、文件评审和现场评审中的问题
1.WI14-01作业指导书是否可作为不符合项/观察项的判定依据?
答:不可以,因为SOP 是评审员在评审时遵照执行的文件,是对评审提出的要求,不是实验室建立管理体系的依据,也不是评审依据。
2.对于理化检测实验室,没有试样制备能力的试验室如何掌控?是否需要限制或说明?对于申请含有焊接等前期样品制备的实验项目,当实验室没有焊接能力的时候如何处理?因为焊接工艺会影响后期试验的结果。
答:需要在限制范围栏说明不做样品制备。
3.对于没有样品加工的实验室需要特别关注,尽管仪器设备很准,但是样品加工出现错误将会是颠覆性的问题,是否可以作为分包处理?
答:如果样品加工直接影响到检测结果,而实验室又不具备样品加工能力时,应按如下处理:①若检测标准中包含样品加工的要求,则在限制范围栏加以限制。②若检测标准中不包含样品加工的要求,则在说明栏加以说明。
4.对于力学性能的拉伸、布洛维硬度、冲击等的参数和能力限制问题:例如冲击试验有冲击能量、冲击试样类型、冲击试验温度等;对于布氏硬度试验标准有多达21个标尺(试验力和压头直径的组合),有的试验室值能做其中一个标尺,有的实验室可以做很多标尺,但是好多评审过的试验室没有限制,拉伸试验也是一样的,是否需要限制?
答:需要限制。应准确界定实验室的能力,对于不具备的能力要加以限制。
5.在评审中,常遇到已获认可的项目(如等级保护、风险评估),但实验室没有作业指导书,且认可项目没有限制(一般限制第五级) ;
答:评审员在现场评审时,应对其不具备的能力进行限制。例如IP 等级,对于没有相应设备的等级不能认可,应在限制范围中加以限制。评审组有权对已认可的项目根据现场评审结果予以相应限制。
6.对于主要租用企业的设备和场地开展检测的,或与其他机构以业务收入分成方式进行检测项目合作(如完全利用他人的设备、场地甚至人员)的,相应项目是否不能被认可? 答:不能认可此种情况
7.新版实验室认可评审工作指导书4.4.12条款规定:“评审组长须在现场评审前将评审组进行现场评审策划的情况向项目主管汇报”。具体的汇报内容和方式应该如何?如:是否需报书面或电子版的材料?评审员及组长是否还需上报《现场评审策划方案表》?目前各评审组做法也一不同。等,希望明确一下,统一起来。
答:可以是纸质版,也可以是电子邮件。报评审材料时不再要求报“评审策划方案表”,CNAS-WI14-01中已删除了此表。
8.现场评审时发现缺少仪器设备,是开具不符合项还是取消相应参数(非整个项目)?现场评审缺少检测设备,开不符合,关闭材料提供新买设备照片和发票复印件是否可以?有的实验室造假。
答:视具体情况而定。如果缺少的是主要设备,则不予推荐认可。如果缺少的是辅助设备,且在整改期内实验室能够采购到仪器设备,并且完成相应工作,可以开不符合项,但要现场跟踪验证。如果在整改期内不能完成上述工作,或整改验收不合格,则对相应参数不予认可。 缺少设备的不符合,不能仅靠照片和发票完成整改验收,现场跟踪验证,需要时,还要考虑安排现场试验。
9.持有国外无损检测机构资格证书与依据国内检测方法标准从事非特种行业无损检测的确认?反之,持有国内无损检测机构资格证书与依据国外检测方法标准从事非特种行业无损检测的确认?
答:持什么证书做什么标准!即便是国内证书也有很多种,做特种设备就要有特种设备监督管理部门发的证,做钢结构就要有特设或机械学会发的证,航空海洋都是一样!水利电力石油等没有特殊要求时都已并入特种设备或者叫质检总局的发证范围。此条款在CL14中有明确规定。
10.实验室设置了一个以上的技术负责人或者质量负责人,在体系文件中又未明确其职责,是否可以开不符合?
答:可以开不符合。因为每个技术负责人其负责的领域、职责都会有不同,实验室应明确其职责。但职责在哪一层次的文件中规定,由实验室自己决定。
11.被评审单位《质量手册》及程序没有提及应用说明,可开不符合项吗?
答:如果仅是没有提及应用说明,没有问题,关键是审查应用说明的要求是否在体系文件中(无论哪个层次)落实。
12.组长文审20天不够,还需要被审机构有修改补充的时间,建议在文审基本合格后在实施现场评审。
答:20天是指组长审查文件,给出审查意见的时间,不包括被评审机构整改的时间。如组长审查文件发现,存在影响现场评审的问题,需实验室整改合格后才能进入现场评审的,可选择“暂缓实施现场评审”。如果存在的问题不影响现场评审,可与项目主管沟通后,将问题反馈给被评审机构整改,待现场评审时跟踪整改情况。
13.现场发现实验室主要管理人员或场地或内部结构发生变更,未向CNAS 办理变更手续。 答:①管理人员等变更未申请,开不符合项。②场地或环境设施变化未申请,则要暂停认可资格。
14.在评审中会出现已经修订变更的标准,而实验室申请书中未提出更新,如何处理? 答:首先要了解实验室为什么没有申请变更,是实验室标准跟踪方面出现了问题,还是由于特殊原因实验室需要使用作废标准。如果是前者,由应开相应不符合项,实验室如果现场提出变更要求,则按WI14-01的相关规定处理(6.5.1)。
15.实验室直读光谱等操作指导书“省略”关键环节,操作人员不能从指导书中得到全部指导内容。
答:①当时评审组与实验室有争议。②此为不符合,按CNAS-CL01第5.4.1的要求编制的作业指导书,不应“省略”技术要求。
16.现场发现存在过期技术标准。
答:①查是由于有合理规定但执行出现问题,还是规定不合理,或是查新路径有问题,或是没有规定,开不符合项。②如果实验室现场提出变更要求,如评审组具备能力,则进行确认,否则不予确认,要求实验室向CNAS 提交变更申请。
17.实验室提出的申请能力范围内含“外资企业”的企业标准,如何确认?是否加注限定范围后确认?
答:企业标准按非标方法要求予以确认。
18.申请的项目,现场核查时没有相应的对照品(标准溶液、标准菌种、标准气)。 答:现场评审时,没有标准物质或试剂等情况,不予认可。
19.现场试验安排有比例要求吗?扩项的现场试验比例要比维持认可的多吗?
答:现场试验没有比例要求,但WI14-01作业指导书中规定了选择现场试验的要求。现场试验应覆盖所有关键检测技术。
20.现场发现实验人员操作或从记录上反映未按技术标准的规定操作。
答:①如属对方法掌握不正确,则不推荐该项目。②如属依据经验对方法的偏离,开不符合项,要求实验室核查文件规定并办理必要的手续,制定内部作业指导书。
21.对新申请扩项的产品标准,现场试验安排:每个产品都要安排现场试验见证还是同类产品(主要检测参数相同)安排一种?
答:主要参数相同的同类产品,可以选择难度系数最大的产品做实验,用难度大的覆盖难度小的,同时必须关注不同产品之间,相同参数操作的差异和特殊参数的能力是否具备。
22.已获认可的标准中,如ASTM F963-11中引用的ASTM D3421:1975已作废,上述两个标准能否维持认可?
答:可以维持认可,但推荐认可作废标准时,应在“说明”栏注明理由。
23.一些实验室整改工作不到位,体现在:①尽管不符合项报告已明确,但实验室理解不足,造成整改不到位;②整改就是纠正,无措施;是否在进行整改后一段时间内未再发现同类问题,也无法体现跟踪验证;③整改就是补记录,并且补得很完善,几乎可将评审的不符合项给推翻。等等。以上情况继而可导致整改时间已过期。
答:①充分沟通,并在评审报告中说明。②查看实验室的原因分析是否到位,要求实验室制定纠正措施。③整改不允许补记录、改记录,应在今后的工作中改正。④如果由于实验室的原因不能按期完成整改,评审组可建议暂停认可资格,如实上报。在末次会上应将此种情况明确告知实验室。
24.组长进行申请资料审核时,因专业限制,不能对所有专业的技术内容进行评审,如设备配置表、经历报告、不确定度评估等,会给现场评审带来一些问题。
答:评审组长可以向项目主管提出需求,由项目主管确定技术评审员后,由技术评审员进行审查。
25.实验室扩项,现场评审时如实验室提供不出“开展新项目的模拟实验记录报告,及本单位审核批准材料,如何处理?
答:对于扩项项目如果实验室没有进行过验证,则现场评审时不予确认,不推荐认可。
十一、关于授权签字人
1.检测报告签字部分只有批准是授权签字人手签体,审核和检验人是用人员代码表示(打印件),实验室说是为了人员保密。
答:只要实验室对人员代码有明确规定,不会造成混淆,且能够追溯,是可以的。
2.多场所实验室的授权签字人问题:总部实验室外的异地实验室仅做试验,提供测试原始记录,传送给总部,由总部实验室出报告,却申请了几名总部实验室的授权签字人作为异地实验室的授权签字人。是否可以这样以为该异地实验室只是试验场所,未包括检测的全部过程,不具备出具报告的能力,授权签字人不应认可。
答:证书附件中,认可的授权签字人的地址是指其签发报告的地址,而不是试验地址。
3.如果1个授权签字人涉及多个领域(化学、物理、无损等)如何掌握其相关专业与年限;如果无专科学历时就工作年限10年满足,此时对多领域如何把握?如两个领域要求20年?还是10年只能考虑1个领域?,10年工作经验两个领域都不满足?
答:如果学历不满足,则10年的工作经历应是1个领域,而不是多领域的组合。授权签字人必须在授权领域有相应的经历。
4.如果实验室只有一名授权签字人,也没有代理人,是否可以说实验室人员不足够? 答:如果实验室能够证明1名授权签字人足够,则不能说实验室人员不够。
5.应用说明要求实验室授权签字人应具有化学专业本科以上学历,并具有三年以上相关技术工作经历。如果不具备上述条件,应具有足够的化学相关领域检测工作经历(至少十年)——有些规模小的检测室人员硬件不满足要求,但具备能力,且只仅此一个人是授权签字人,如果不推荐将无法出具报告,这点如何掌控?
答:实验室没有符合要求的授权签字人时,不予认可。因为对实验室技术能力的认可是由检测/校准能力和授权签字人两部分组成。
十二、关于评审报告
1.评审报告附件3.2(现场试验记录)序号最好与附表3或附表2一致,如果用申请书序号,现场评审易出错! 操作也不方便。
答:不能与附表2或附表3对应,因为:①从逻辑上说,先完成附件3.2(新版报告的附件3),后完成附表2或附表3。②如果附件3.2不予确认的,将不会出现在附表2或附表3中,无法对应。③附件3.2是对申请能力的确认,所以应对应申请书。监督评审时,可对应到证书附件的序号。
2.有时评审报告已由评审员签字,但在整改过程中,评审报告的有些内容已经变化,比如有的能力需在附表2中删除(不予推荐),评审组长是否可以“划改”(按准则要求)予以修正?
答:可以,但要在整改验收情况中说明。
3.评审报告中增加的“质量监控方式”描述不包括“能力验证计划”?是否应合二为一? 答:能力验证只是质控方式中的一种,一个实验室的质控不可能仅靠能力验证。如果此栏与“能力验证”栏合并,其结果很可能是只填写能力验证的相关内容。
4.新评审报告正文和附表2中都要评审员确认的序号吗?是否重复?
答:都要评审员确认的序号,含义不同。正文是从分工角度对整个评审情况(评审报告)的确认,附表是对推荐认可的能力的确认。
5.在一个自来水公司检测中心的复评+扩项评审时,实验室在已经认可的部分水质检测项目中新增了检测方法,但同时,实验室又减少了原认可的食品及食品添加剂的检测领域,请问:此种情况授权签字人的“授权范围变化”如何填写?
答:按填写说明,可以只填写“授权范围变化”。
6.随着实验室业务增加,有的实验室在本部之外建立有试验基地。如果实验室业务接收、报告签发等均在本部,试验基地距本部较近、且仅定位于是进行试验的场所,评审报告附表1、2是否需要分开描述?
答:由于签发报告在本部,因此附表1不用分开描述。但试验地点不同,附表2必须分开描述。
7.实验室评审报告附表2中检测对象序号及项目/参数序号填写问题。评审过程中,实验室申请的一些检测对象或项目/参数常会因不具备认可条件而不予认可而删除,从而导致实验室申请书附表2-1与实验室评审报告附表2的二种序号存在差异,本人也没发现CNAS 相关文件中对此有具体的处理规定说明。希望本次会议明确一下在出现此种情况时,实验室评审报告附表2的序号及其相应内容的填写方法。
答:各按各的序号填写。申请书附表2-1与实验室评审报告附表2的序号有可能不一致。
8.在评审中有扩项,但是领域没有变化,授权签字人的考核时是否按照扩大领域考核,附表1推荐认可的实验室授权签字人的备注栏如何填写,尤其是监督评审时,是否需要提供附表1。 答:有扩项,授权签字人的授权范围就有可能变化,因此“备注”栏可填写 “授权范围变化”。监督评审时,如授权签字人及授权范围没有变化可不填写附表1。
9.对于监督评审,附表2是否可以不填写报CNAS ?对于扩项和变更部分,只需单独形成附表2即可?
答:监督评审时,如果认可的标准没有变化,可不填写评审报告附表2。如果标准有变更,或进行监督+扩项评审,附表2可仅填写变更和扩项的内容,但要在“说明”栏注明。
10.评审报告附件6实验室不符合项/观察项记录表中,“CNAS 认可要求”是否用于判定文件的符合性?“管理体系文件”和“检测/校准方法”用于判定实施性不符合?结论:“不符合项,与 规定不符合”,这里“规定”是否统一为“应用说明”或CL01对应条款。 答:不符合项报告中,“不符合项,与 规定不符合。”,一般情况下,均填写CL01、应用说明、规则文件、要求文件。
11.“评审报告填写说明”目前与B1版评审报告不一样,请大致说明下评审报告正文?四新增的能力验证、质量控制、技术能力等的描述要点。
答:目前作业指导书中的“评审报告填写说明”已按B1版修改。评审组长培训材料中也有相关要求。
十三、其他
1.企业内部实验室通过CNAS 认可,可否作为第三方对外出具证书报告?
答:CNAS 认可,是对实验室能力的认可,可否作为第三方机构对外出具证书报告,还要符合国家法律法规的要求。例如国家计量法规定作为第三方检测机构对外出具检测报告要通过计量认证。
2.如何定义“多地点实验室”?同城,但试验场所分散在几个地点的,是否算“多地点实验室”?
答:CNAS-RL01中有“多场所实验室”定义,可以查看。不同的地址,就是不同的场所,即使是同城,也是多场所。
3.定期监督评审时,未安排某领域的技术评审员(譬如电磁兼容),是否可以不监督该领域? 答:可与项目主管沟通确认。因为监督评审有可能 是涉及认可的部分技术能力。
4.检测报告后面附有企业广告。
答:作为第三方检测机构,此举不妥。但是作为第一方检测机构,检测报告后面附有本企业的广告,可以。
5.初次和扩项评审申请是否应要求实验室提供方法验证记录复印件给认可委?以便顺利评审。
答:目前只要求实验室在申请非标方法时提供方法确认记录,申请标准方法的暂没要求提供方法验证记录,将来是否还需要提供,将视情况而定。评审组长在审查申请材料时,如有需要,可要求实验室提供。
6.经CNAS 认可的第一方和第二方实验室能否开展外部客户委托检测服务?这些实验室认为通过CNAS 的实验室认可有对外出具的检测报告的资质?
答:实验室认可只是对能力的认可,实验室能否对外开展检测服务,提供检测报告,还应符合国家相关法律法规的要求。并不是通过实验室认可就可以对外开展检测服务了。
7.如果企业把某已经建设好的实验室(具备合格的场地、设备、人员) 送给一个公司,有书面的赠送文件,场地在该企业厂区内,该实验室本来是该企业的内部实验室,为产品出产把关用的。该公司申请认可,这样可以吗?
答:只要满足CNAS-RL01《实验室认可规则》中的认可条件,就可以认可。CNAS 需要判断该赠与合同的法律效力,以及其实施情况。
8.关于监督评审的设想:目前3年2次的评审,对实验室的负担比较大,建议CNAS 制订实验室监督评审的具体规则(SOP ),可以将实验室对认可准则、规则执行情况进行考核分类,对执行好的实验室可免除现场监督评审,只进行文件评审。这样也是对表现好的实验室的一个激励措施。
答:首先3年认可周期中只有次监督评审,而非2次。其次定期监督评审时要进行现场评审,是ISO/IEC17011标准的要求,CNAS 遵照执行。对于分级管理,CNAS 一直在考虑和研究这个问题,待时机成熟后才能实施。
9.实验室认可评审工作指导书B 版与A 版的区别。
答:2012年,CNAS 组织机构调整,所有体系文件均由A 版升级为B 版,其他无变化。
范文四:分子实验常见问题
分子生物学实验常见问题分析及对策
一、各种常见 PCR
1.PCR 反应扩不出条带,出现假阴性,可能原因:
(1) 模版:模板中含有杂蛋白质, 模板中含有 Taq 酶抑制剂, 且含量低; Buffer 对样品不合适; 引物设计不当或者发生降解; 模板中蛋白质没有消化除净, 特别 是染色体中的组蛋白, 在提取制备模板时丢失过多, 或吸入酚。 模板核酸变性不 彻底。在酶和引物质量好时,不出现扩增带,极有可能是标本的消化处理,模板 核酸提取过程出了毛病, 因而要配制有效而稳定的消化处理液, 其程序亦应固定 不宜随意更改。
(2)酶失活:需更换新酶,或新旧两种酶同时使用,以分析是否因酶的活性丧 失或不够而导致假阴性。需注意的是有时忘加 Taq 酶或溴乙锭。
(3)引物:引物质量、引物的浓度、两条引物的浓度是否对称,是 PCR 失败或 扩增条带不理想、 容易弥散的常见原因。 有些批号的引物合成质量有问题, 两条 引物一条浓度高,一条浓度低,造成低效率的不对称扩增,对策为:选定一个好 的引物合成单位。引物的浓度不仅要看 OD 值,更要注重引物原液做琼脂糖凝胶 电泳, 一定要有引物条带出现, 而且两引物带的亮度应大体一致, 如一条引物有 条带,一条引物无条带,此时做 PCR 有可能失败,应和引物合成单位协商解决。 如一条引物亮度高, 一条亮度低, 在稀释引物时要平衡其浓度。 引物应高浓度小 量分装保存, 防止多次冻融或长期放冰箱冷藏部分, 导致引物变质降解失效。 引 物设计不合理,如引物长度不够,引物之间形成二聚体等。
(4) Mg2+浓度:
Mg2+离子浓度对 PCR 扩增效率影响很大, 浓度过高可降低 PCR 扩增的特异性, 浓 度过低则影响 PCR 扩增产量甚至使 PCR 扩增失败而不出扩增条带。 反应体积的改 变:通常进行 PCR 扩增采用的体积为 20ul 、 30ul 、 50ul 。或 100ul ,应用多大体 积进行 PCR 扩增,是根据科研和临床检测不同目的而设定,在做小体积如 20ul 后,再做大体积时,一定要模索条件,否则容易失败。
(5)物理原因:变性对 PCR 扩增来说相当重要,如变性温度低,变性时间短, 极有可能出现假阴性 ; 退火温度过低,可致非特异性扩增而降低特异性扩增效率 退火温度过高影响引物与模板的结合而降低 PCR 扩增效率。 有时还有必要用标准 的温度计,检测一下扩增仪或水溶锅内的变性、退火和延伸温度,这也是 PCR 失败的原因之一。 解决方案:纯化模板或者使用试剂盒提取模板 DNA 或加大模板 的用量;更换 Buffer 或调整浓度;重新设计引物(避免链间二聚体和链内二级 结构)或者换一管新引物;降低退火温度、延长延伸时间。
2 出现假阳性
出现的 PCR 扩增条带与目的靶序列条带不一致,有时其条带更整齐,亮度更高。 引物设计不合适:选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性,因而在进行 PCR 扩增时, 扩增出的 PCR 产物为非目的性的序列。 靶序列太短或引物太短, 容易出 现假阳性。需重新设计引物。
靶序列或扩增产物的交叉污染:这种污染有两种原因:一是整个基因组或大片段 的交叉污染,导致假阳性。这种假阳性可用以下方法解决:操作时应小心轻柔, 防止将靶序列吸入加样枪内或溅出离心管外。 除酶及不能耐高温的物质外, 所有 试剂或器材均应高压消毒。所用离心管及样进枪头等均应一次性使用。必要时, 在加标本前, 反应管和试剂用紫外线照射, 以破坏存在的核酸。 二是空气中的小 片段核酸污染,这些小片段比靶序列短,但有一定的同源性。可互相拼接,与引
物互补后, 可扩增出 PCR 产物, 而导致假阳性的产生, 可用巢式 PCR 方法来减轻 或消除。
3. 非特异性扩增
PCR 扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩 增带与非特异性扩增带。非特异性条带的出现,其可能原因:引物特异性差,引 物形成二聚体; 模板或引物浓度过高; 酶量过多; Mg2+浓度偏高; 退火温度偏低; 循环次数过多。解决方案:重新设计引物或者使用巢式 PCR ;适当降低模板或引 物浓度; 适当减少酶量; 降低镁离子浓度; 适当提高退火温度或采用二温度点法 (93℃变性, 65℃左右退火与延伸 ) ,减少循环次数。
4. 出现片状拖带或抹带
PCR 扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。 其原因往往由于酶量过多或酶的 质量差,模板不纯; Buffer 不合适; dNTP 浓度过高, Mg2+浓度过高,退火温度 过低,循环次数过多引起。解决方案:纯化模板;更换 Buffer ;适当提高退火 温度;适量用酶;适当降低 dNTP 和镁离子的浓度;减少循环次数。
二、电泳
1.DNA 带模糊
可能存在的原因和解决方法:
1) 电泳缓冲液陈旧:电泳缓冲液多次使用后,离子强度降低, pH 值上升,缓冲 能力减弱,从而影响电泳效果,故需经常更换电泳缓冲液。
2) 所用电泳条件不合适:电泳时电压不应超过 20V/cm,温度<30℃;巨大 dna="">30℃;巨大><>
3)DNA 上样量过多:减少凝胶中 DNA 上样量。
4)DNA 样含盐过高:电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐。
5) 有蛋白污染:电泳前酚抽提去除蛋白。
6)DNA 变性:电泳前勿加热,用 20mM NaCl缓冲液稀释 DNA 。
7)DNA 降解:应避免核酸酶污染。
2. 不规则 DNA 带迁移
可能存在的原因和解决方法:
1) 对于 λ/Hind III 片段 cos 位点复性:电泳前于 65℃加热 DNA 5分钟,然后在 冰上冷却 5分钟。
2) 电泳条件不合适:电泳电压不超过 20V/cm;温度<30℃;经常更换电泳缓冲>30℃;经常更换电泳缓冲>
3)DNA 变性:出现不规则 DNA 带迁移可能是由于 DNA 变性引起的。当缓冲液电导 很高并产热时, 可能会导致 DNA 变性。 选择合适的缓冲液可以解决这个问题, 此 外,以 20mM NaCl缓冲液稀释 DNA ,电泳前勿加热。也可以缓解这一问题。 3. 带弱或无 DNA 带
可能存在的原因和解决方法:
1)DNA 的上样量不够:增加 DNA 的上样量,但聚丙烯酰胺凝胶电泳比琼脂糖电泳 灵敏度稍高,上样量可适当降低。
2)DNA 降解:应避免 DNA 的核酸酶污染。
3) 样品分子量不在胶允许范围内。建议另外配置合适的胶。
4) 提取不干净或缓冲液有问题。
5)DNA 走出凝胶:缩短电泳时间,降低电压,增强凝胶浓度。
6) 对于 EB 染色的 DNA ,所用光源不合适:应用短波长(254nm )的紫外光源。
7) 对于提取的质粒跑电泳,可能菌的问题,菌种是否正确,有没有确信加了抗 生素, 质粒拷贝数高不高, 菌量够不够然后提取的时候, 试剂盒牌子质量过不过 硬,有没有过期,裂解是不是完全,会不会 SDS 或者高盐都结晶沉淀了,所有溶 液有没有加错, 比如说柱分离, 漂洗液里面有没有确信加了酒精, 洗脱时候洗脱 液假如用的是纯水, 有没有调过 pH 值, 加的量够不够, 有没有完全浸润硅胶膜。 4.DNA 带缺失
可能存在的原因和解决方法:
1) 小 DNA 带走出凝胶:缩短电泳时间,降低电压,增强凝胶浓度。
2) 分子大小相近的 DNA 带不易分辨:增加电泳时间,核准正确的凝胶浓度。
3)DNA 变性:用 20mM NaCl缓冲液稀释 DNA ,电泳前勿加热。
4)DNA 链巨大,常规凝胶电泳不合适:改在脉冲凝胶电泳上分析。
5. 重复性不好
可能存在的原因和解决方法:
1)凝胶制备的不规范:按要求严格操作。
2) 凝胶放置过久:聚合时间不能太长或太短, 分离胶不过一周, 间隔胶当日用。 6.DNA 电泳的 MARKER 带扭曲
可能存在的原因和解决方法:
1)配制胶时的缓冲液和电泳缓冲液不是同时配制的:最好是同时配制。电泳时 缓冲液高过液面 1-2mm 即可。
2)电泳时电压过高:可以在电泳前 15分钟用较低电压 (3V/cm),等条带出孔后 再调电压。
3)上样时尽量慢慢加样,等样品自然沉降后再加电压。
7. marker条带非常模糊,无法辨别具体条带的原因
(1) marker 条带出现了降解。请确保在使用过程中避免核酸酶污染;
(2)电泳缓冲液陈旧。电泳缓冲液多次使用后,离子浓度降低, ph 值上升,缓 冲能力减弱,从而影响电泳效果,建议经常更换电泳缓冲液;
(3)电泳条件不合适。电泳时电压应不超过 20v/cm,温度应低于 30℃;
(4) marker 上样量过多。请根据说明书选用合适上样量;
(5)凝胶质量不好。建议使用质量较好的琼脂糖;此外,凝胶凝固不均匀也会 导致条带模糊。
8. DNA带相近不易分辨
当 DNA 的分子大小比较相近时, 会在电泳结果中出现 DNA 带不易分辨的情况。 这 时可以通过增加电泳时间,核准正确的凝胶浓度来提高分辨度。
9. 做 PCR 电泳后跑电泳,目的基因是 489bp 的,结果每次切胶回收后再跑电泳 就变成 500多 bp 了,有时快到 600bp 了?为什么?
答:有时只靠电泳结果判断是不准确的, 同样的片段每次跑的远近会有不同。 有 经验显示目的片段是 1300多,结果就跑到 1000的 marker 下面去了,后来证实 片段没有问题。也有做的一个片段也是这样,是 490BP. 理论上两个条带一样, 可是 PCR 结果显示就是大小不一致。然后回收以后的检测结果又全部都一样了, 后来又拿去做了下一个测序,才知道根本没有问题。
另外,对于提大肠杆菌质粒后跑琼脂糖凝胶电泳无条带出现?
在确定琼脂糖凝胶电泳无问题的前提下, 那应该就是质粒提取有问题。 首先看质 粒是高拷贝还是低拷贝的质粒,一般低拷贝的质粒 5ml 的,高拷贝的质粒 2-3ml 小剂量提取。 量不能过大, 否则影响提取。 第二点, 加入裂解液如 SDS-NaOH 后,
时间不宜超过 5min ,因为此步骤的目的是使细胞内物质释放,蛋白质,染色体 DNA 和质粒 DNA 变性,时间过长,会导致加入中和裂解液如酸性醋酸钾后,仍无 法使质粒 DNA 复性。导致提取失败。
三、胶回收、纯化
1. 切胶的时候如何能切的准?条带的位置肉眼很难判断出来, 如何判断条带的位 置?
可以将产物与 Marker 一起电泳, 染色后, 在紫外灯下观察结果, 跟 Marker 进行 相比,就知道要的是哪条带。注意,紫外灯下切胶速度要快,否则 DNA 会降解, 另外,紫外线对身体伤害很大,特别是眼睛,请注意采取保护措施(比如在专门 的箱子里切,带眼镜等) 。 RNA 用具要用 10%的 NaOH 浸泡过液,再用 DEPC 水冲 洗干净 70%的乙醇用过国产分析乙醇有杂质, RNA 酶还会有,并带入其它污染。 2. 凝胶回收 DNA 实验的关键在哪里 ?
最关键的是切胶之后, 溶胶的那一步。 切胶的时候要尽量把多余的琼脂糖凝胶切 干净,按照实验步骤,第一步应该是将胶充分的溶化。这以后步一定要做充分, 保证凝胶已经完全溶解了。 加乙醇这步也很关键, 当凝胶溶解后最好多过几次柱 子。还有就是洗脱的那一步。洗脱的时候最好用加热到 60度的洗脱液洗脱,如 果实在效果不好可以分两次洗脱。
3. 跑完 PCR ,暂时不方便胶回收,条带已经切下来放到 EP 管里了,能保存么? 割下来的胶放在 -20℃保存两个星期完全没有问题。切下来的胶放在 4℃冰箱中 4-5小时没有问题,回收的效果也很好。
4. 回收得片段为什么电泳上样会漂起来?
主要问题是纯化过程中的乙醇没有除干净。
注:DNA 回收中常出现的问题
5. 利用凝胶回收试剂盒
DNA 回收效率较低或者未回收到目的片断?
可能存在的原因和解决方法:
1) 胶块未完全溶解:可适当延长水浴时间,并增加上下颠倒次数辅助溶解。
2) 胶块体积太大, 应使用枪头捣碎, 还不能充分溶解则先将其切为小块, 分多次 回收;
3) 紫外灯下切胶时间过长,导致 DNA 部分降解,应尽量把切胶时间控制在 30s 以内;
4) 电泳缓冲液 pH 太高:硅基质膜在高盐低 pH 结合 DNA ,如 pH 太高,应作适当 调整。
5) 漂洗液中未加入无水乙醇。 或是洗涤液使用后未及时盖严瓶盖, 乙醇挥发, 影 响回收效率;
6) 外缘 DNA 污染:在紫外灯下切下含待回收的 DNA 的凝胶时, 要衬以干净的塑料 薄膜,使用无 DNA 污染的新刀片。
7) 改用去离子水洗脱, 但是实验室所用纯水一般 pH 偏低, 可利用 NaOH 适当提高 其 pH 值,以增加洗脱得率。
8) 不可以使用更小的洗脱体积 (小于说明书提供的最小洗脱体积) 进行洗脱以提 高浓度, 因为说明书上提供的最小洗脱体积是能完全覆盖吸附膜的最小体积, 若 减少体积则不能将 DNA 完全洗脱下来。
9)回收前的样品量太少,加大点样量;
10) TAE 或 TBE 电泳缓冲液不新鲜,失去了缓冲能力,导致 PH 值升高,降低 DNA
和膜的吸附力, 应及时更换电泳缓冲液, 最好使用新鲜配制的电泳缓冲液, 效果 更好;
11)洗脱前,预先 65℃预热洗脱液、延长室温静置时间、增加洗脱次数可以有 效提高回收率 30%以上。
6.DNA 回收时,琼脂糖凝胶胶块不溶,如何处理?
可能存在的原因和解决方法:
1) 琼脂糖质量不好。
2) 含目的片断的凝胶在空气中放置过久, 使胶块失水、 干燥:切胶后应立即进行 回收或保存在 4℃或 -20℃。
3) 制胶的电泳缓冲液浓度过高或陈旧。建议:将融胶问题提高到 60度;可能是 胶的浓度太高, 需要提高融胶液的体积; 融胶过程中每隔一段时间就震荡几下帮 助融胶。
7. 如果胶在后续过程发生胶没有彻底融化,如何补救?胶很难融如何处理? 答:补加融胶液,将胶悬起来,
50-60℃继续保温至彻底融化。将融胶问题提高到 60度;可能是胶的浓度太高, 需要提高融胶液的体积;融胶过程中每隔一段时间就震荡几下帮助融胶。
8. 没有回收到 DNA 片段?
如在洗脱后, 发现洗脱液中没有 DNA 片段, 请检查是否按瓶身标签, 在洗涤液中 加入了无水乙醇。
9. 提取率低?
(1) 融胶液为酸性缓冲液 , 如融胶后, 其 pH 值升高将影响提取得率 . 请加入 0.1 倍体积的 3M 乙酸钾(pH=5.0) 。
(2) 长时间使用后没有更换的电泳缓冲液,其 pH 值较高,将影响 DNA 的吸附 . 请更换新的电泳缓冲液后,再进行电泳,然后切胶。
(3) 在洗脱前,将洗脱液于 30~60℃温浴,可提高提取效率。
10. 如果 DNA 纯化的得率非常低或根本没有,估计是什么问题?
一点都不能得到产物的回收情况很少见,有些情况是判定回收效率的方式不对。 如对, 请检查一下 Wash 中有没有加入酒精; 检查加入的 DNA 结合剂 (Solution S 或 Solution SN )的量对不对;洗脱前有没有将残留得酒精去彻底;洗脱液有没 有使吸附材料充分接触(洗脱) ,接触的时间是否充分。
11. 用 Ez-Resin 如果凉干过头,如何处理?
答:加 TE , 50-60度处理 10分钟,间或振荡,离心收集上清。
12. 如何计算提取率?
1) 由于回收前样品中,往往含有非目的 DNA 片段,引物, dNTP 等,所以不能 用测回收前后吸光度的的方法计算回收率。
2) 可将回收前后 DNA 片段一起电泳,使用凝胶成像系统拍照后,用配套的软件 进行电泳条带灰度对比 .
3) 注意,电泳条件及拍摄条件将对灰度对比结果造成很大影响,请仔细操作, 以减小误差。
13. 如何提高胶回收的得率?
Agarose 抑制 DNA 与吸附材料的结合, 将不含 DNA 片段多余的 Agarose切除, 能 显著提高回首效率。 DNA 结合到吸附材料,需要一定浓度的结合剂, Agarose 多 了,结合剂(Solution SN)的相对浓度就会下降,得率就受到影响。大多数情 况下,是由于电泳时琼脂糖的浓度不同,切下的胶块有大有小,得率自然不同。
回收的得率还与回收片段的大小有关。 提高结合剂 (Solution SN ) 的相对浓度, 增加 DNA 与吸附材料作用时间(放置时间) ,控制好离心速度都一定程度上可以 提高得率。改善洗脱条件,如提高洗脱溶液的 pH 值,温度,增加洗脱液的体积 等也可以提高得率,但是对于 pH 过高,可能会影响下游反应,通常情况下采用 pH8-8. 为宜
14. 纯化过程中乙醇或核酸结合剂(Solution S, SN, B等)不能去除干净,对 下游实验有影响吗?
影响非常大。 操作过程中有专门除残留乙醇的步骤, 不可以省略, 否则下游的酶 切和连接都可能遇到问题。 可以使核酸结合到吸附材料上的吸附剂很多, 这些吸 附助剂的残留对克隆影响较大。
15. 如何鉴定回收的效果?
电泳比较回收前后的条带强弱。 比较时需要将回收的产物全部加到胶中去, 具有 可比性。如果您的样品难得,可以选无关的片段验证一下。
16. 洗脱 DNA 用什么洗脱好?
需要根据您回收片段下游用途确定。 一般情况下, 采用 TE 或 Tris 缓冲液可以。 测序反应,请用无菌水洗脱。如果你洗脱的 DNA 需要长期保存,请用 TE 洗脱。 17. 什么情况下需要在 50-60度的情况洗脱 ?
如果您十分关心效率, 回收的片段为大片段 (10kb 左右) , 单链片段等需要预保 温洗脱液。
18. UV方式定量回收的量合适吗?
对于 Miniprep, 回收的量很少, 用 UV 方式定量不合适, 用琼脂糖电泳方式确定。 19. 回收率为什么与点样量和片段大小有关?
DNA 片断越大,和固相基质的结合力越强,就越难洗脱,回收率就低; DNA 的量 越少,相对损失越大,回收率越低。
20. 加入溶胶液温浴后,液体仍很粘稠或后续步骤有堵柱子现象?
1)胶块溶解不充分,可再补加一些溶胶液或延长水浴时间并增加上下颠倒次数 帮助溶胶;
2)胶块体积过大,应尽量切除多余部分,并将其切为小碎块,分几次回收;
3)水浴温度是否达到规定温度 65℃,用温度计检测。
21. 能否使用去离子水洗脱回收?
可以, 但是实验室所用去离子水一般 PH 值偏低, 可用 NaOH 适当调高 PH 值>7.0, 以增加回收得率。
22. 能否使用 TE (PH8.0)洗脱?
答:可以。
23.可否使用小于 30μl 的洗脱液进行洗脱?
答:不可以。因为说明书提供的最少洗脱体积是能完全覆盖吸附膜的最小体积。 24.为什么溶胶不彻底会影响回收结果的纯度?
在电泳过程中, DNA 会与大分子的多糖紧密的结合在一起,凝胶的种类和质量不 同, DNA 与之结合力也不同,只有凝胶充分溶解, DNA 才能充分释放,否则,凝 胶将与 DNA 一起沉淀下来,洗脱后将影响回收结果的纯度。
四、连转
1. DNA 连接失败(以 T4 DNA连接酶为例)
(1)可能是因为反应体系内无 ATP 或 Mg2+导致连接失败,
解决方案:使用随酶提供的 buffer 或向其它兼容的 buffer 中加入 ATP 。含 ATP 的 Buffer 保存超过 1年, 其内 ATP 可能会降解, 导致连接失败。 当补加 ATP 时, 确定补加的是核糖核酸 ATP ,而不是脱氧核糖核酸 ATP ,因为后者不起作用; (2) 可能是因为反应体系中盐浓度过高或 EDTA 含量高导致连接失败, 解决方案:纯化 DNA ;⑶可能是因为去磷酸化步骤完成后, CIP 、 BAP 或 SAP 失活不彻底,解 决方案:根据厂家推荐的方法去除去磷酸化酶;
(3) 可能使因为连接末端为单碱基突出末端, 解决方案:使用最高至 5μl 高浓 度连接酶 16°C过夜连接;
(4)
可能是因为插入片段和质粒没有磷酸化, 假如载体已经去磷酸化了, 而引物又没 有磷酸化会导致连接失败,
解决方案:订购磷酸化的引物或对引物进行磷酸化;
(5)可能是因为插入片段太大,不能进行环化,解决方案:降低插入片段的浓 度,并使用高浓度连接酶 16°C过夜连接;
⑺可能是因为连接酶失活,解决方案:用 lambda HindIII或其它可行的底物进 行检测。
2. DNA 平端连接效率低
解决方案
(1)低温下长时间的连接效率比室温下短时间连接的好,平端连接需要过夜反 应;
(2)在体系中加一点切载体的酶,只要连接后原来的酶切位点消失。这样可避 免载体自连, 应该可以大大提高平端连接的效率。 足够多的载体和插入片段是最 重要的。 要看片段具体情况而言, 有时载体和片段浓度过高, 容易产生线性化产 物,不利于环化的。插入的 DNA 片段的摩尔数是载体摩尔数的 5-10倍,这个很 关键。载体通常 50ng 就够了,若载体在 10k 左右,可用 50-100ng ; (3)平端的 连接对于离子浓度很敏感,回收的时候多洗洗,加 PEG 和扩大酶量, 22℃ 2h 后 4℃过夜;
(4)尽可能缩小连接反应的体积,最好不超过 10μl ,在 5-6μl 左右最佳;
(5)建议放在四度冰箱连接两天效率更高比 14℃好。
五、细菌培养
1.
细菌不生长
(
)可能是因为培养条件不合适,培养基成分不对,解决方案:使用适合细菌生长 的优化条件,选择适合细菌
生长的培养基;
(
2
) 可能培养基中混入了不对应的抑菌抗生素, 解决方案:去除或加入正确的抗生 素。
2.
有杂菌生长
(
1
)可能是操作过程中混入了杂菌,解决方案:注意操作与培养条件,保证无菌, 做平行试验检验;
(
2
)可能是样品中混入了霉菌,解决方案:空气中有大量的霉菌,注意样品的除菌 处理;
(
)可能是忘记加抗生素,解决方案:加入相应的抗生素。
六、质粒抽提(
质粒提取常见问题及解决办法
)
1
.使用酚仿抽提方法,质粒的纯度很好,但酶切不能完全切开?
1)
确认酶的有效性。
2)
平衡酚是否被氧化(正常是黄色,而氧化后是棕色的) 。
3)
是否不小心吸入了少量的酚。
4)
乙醇沉淀后,
乙醇漂洗的是否充分(残留的盐类会影响酶切) 。
5)
乙醇漂洗后是否完全干燥(残留的乙醇会影响酶切) 。
2.
提取的质粒电泳,为连续的一片火箭状?
1)
如果盐离子多, 会有走胶变形的现象, 如果提到的质粒不够纯, 会有电泳条带不 平齐的现象。
2)
当电压太大时,容易出现火箭状,而降解应该是弥散状。
3)
可能是宿主菌影响的,质粒抽提好后,用酚
-
氯仿处理一下再酶切。若有改善,则为宿主菌影响。转化到其它宿
主菌再切。
4)NaOH
的浓度过高,会出现火箭状的结果。
3
.未提出质粒或质粒得率较低,可能存在的原因和解决方法:
1)
质粒拷贝数低:
由于使用低拷贝数载体引起的质粒
DNA
提取量低,可更换具有相同功能的高拷贝数载体。
2)
菌体中无质粒:
有些质粒本身不能在某些菌种中稳定存在,经多次转接后有可能造成质粒丢失。 例如,柯斯质
粒在大肠杆菌中长期保存不稳定, 因此不要频繁转接, 每次接种时应接种单菌落。 另外,
检查筛选用抗生素使用
浓度是否正确。
7
3)
菌体过量,碱裂解不充分:
取样时菌液过多, 导致菌体裂解不充分, 可减少菌体用量或增加溶液悬浮液、 裂 解液、中和液的用量(溶液
P1
、
P2
和
P3
) 。一般低拷贝的质粒
5ml
的菌液,高拷贝的质粒
2-3ml
小剂量提取。对低
拷贝数质粒,提取时,可加倍使用溶液
P1
、
P2
和
P3
(应保持
1
:
1
:
1.4
比例) ,可能有助于增加质粒提取量和质 粒质量。
4)
溶液使用不当:
溶液
P2
、
P3
在温度较低时可能出现浑浊,应置于 37
℃保温片刻直至溶解为清亮的溶液,才能使 用。
5)
吸附柱过载:
不同产品中吸附柱吸附能力不同,
如果需要提取的质粒量很大,
请分多次提取。
若用富集培养基,
例如
TB
或
2×
YT
,菌液体积必须减少;若质粒或宿主菌是非常高的拷贝数或生长率,则需调整 LB
培养液体积。
6)
质粒未全部溶解(尤其质粒较大时)
:洗脱溶解质粒时,可适当加温或延长溶解时间。
7)
乙醇残留:
漂洗液洗涤后应离心尽量去除残留液体, 树脂型试剂盒漂洗后应晾干树脂, 再加 入洗脱缓冲液。
8)
洗脱液加入位置不正确:
洗脱液应加在硅胶膜中心部位以确保洗脱液会完全覆盖硅胶膜的表面达到最大 洗脱效
率。
9)
洗脱液不合适:
DNA
只在低盐溶液中才能被洗脱,如洗脱缓冲液
EB (10 mM Tris?Cl, pH 8.5)
或水。洗脱效率取
决于
pH
值。
最大洗脱效率在
pH7.0-8.5
间。
当用水洗脱时确保其
pH
值在此范围内,
如果
pH
过低可能导致洗脱量低。
洗脱时将灭菌蒸馏水缓冲液加热至
60
℃后使用有利于提高洗脱效率。
10)
洗脱体积太小:
洗脱体积对回收率有一定影响。 随着洗脱体积的增大, 回收率增高, 但产品浓度 降低。为了
得到较高的回收率可以增大洗脱体积。
11)
洗脱时间过短:
洗脱时间对回收率也会有一定影响。洗脱时放置一分钟可达到较好的效果。
12)
碱裂解时间过长:
加入裂解液
P2
如
SDS-NaOH
后,时间不宜超过
5min
,因为此步骤的目的是使细胞内物质释
放,蛋白质、染色体
DNA
和质粒
DNA
变性,时间过长,会导致加入中和裂解液
P3
如酸性醋酸钾后,仍无法使质
粒
DNA
复性。导致提取失败。
13)
大肠杆菌老化:
请涂布平板培养后,重新挑选新菌落进行液体培养。
14)
细菌培养物生长过度或不新鲜:
不要于
37
℃培养超过
16
小时,分离质粒前长时间存放培养物是不利的。
15
)
洗脱效率:
洗脱效率与洗脱液
PH
值、洗脱液用量、洗脱次数、加入洗脱液后的静置时间和是否预热等因素 有关。
PH7.0-8.5
之间,洗脱液用量不得小于
50μl
,重复洗脱
2-3
次,增加室温静置时间及
65
℃水浴预热可以有效
提高得率
30%
。
4
.测序鉴定时没有问题的细菌,
37
℃摇菌后发现质粒大小或序列出现异常?
这种情况常出现在较大质粒或比较特殊的序列中。解决办法:
1)
降低培养温度,在
20
~
25
℃下培养,或室温培养可明显减少发生概率。
2)
使用一些特殊菌株,如
Sure
菌株,它缺失了一些重组酶,如
rec
类等,使得质粒复制更加稳定。
3)
质粒抽提酶切不完全的可能原因是溶液Ⅱ中的
NaOH
浓度过高造成的。
5
.试剂盒提取质粒纯度不高,如何解决?可能存在的原因和解决方法:
1)
混有蛋白:
应在加入去蛋白液后, 以足够高的转速离心, 使沉淀紧密, 并小心地吸取上清液, 避免吸入沉淀。
另外,不要使用过多菌体。经悬浮液、裂解液、中和液处理,离心后溶液应为澄 清的,如果还混有微小蛋白悬浮
物可再次离心去除后再进行下一步骤。
2)
混有
RNA
:
RNase A
处理不彻底,请减少菌体用量或加入溶液 P3
之后室温放置一段时间。如果溶液 P1
已保存
6
个月以上,请在溶液
P1
中添加
RnaseA
至终浓度
100μg/ml
。
3)
混有基因组
DNA
:
加入溶液
P2
和
P3
后应温和混匀,如果剧烈振荡,可能把基因组
DNA
剪切成碎片从而混杂在
质粒中。如果加入溶液
P2
后过于粘稠, 无法温和混匀, 请减少菌体用量。 细菌培养时间过长会导致细胞和 DNA
的降解,不要超过
16
小时。
4)
P3
溶液加入时间过长:
P3
溶液加入后,放置时间不要太长,否则有可能会产生小片段
DNA
污染。
5)
含大量核酸酶的宿主菌:
宿主菌含大量核酸酶,
在质粒提取过程中降解质粒
DNA
,
影响提取质粒
DNA
的完整性,
最好选用不含核酸酶的大肠杆菌宿主菌,如
DH5α
和
Top10
。
6)
裂解时间过长:
加入溶液
P2
后裂解时间不应超过
5
分钟。
7)
质粒的二聚体和多聚体形式:
质粒复制过程中形成的, 与宿主菌相关, 电泳可检测出多条条带, 单酶切处理后
可变成单一条带。
6
.提取的质粒在跑胶时出现了条带做了酶切后却看不到任何物质?
可能存在的原因和解决方法:
1)
质粒浓度太低,纯度不高(
纯度对酶切很重要
) 。
2)
出现星号活性。
3)
酶切时间过长,可能质粒降解过多:注意酶切体系及加酶量。
7
.提质粒大都提的有三条带,是不是一条带就是好的呢?
这两种情况都可能出现, 多数情况下你能看到三条带, 但不是超螺旋、 线性和开
环这三条带。碱法抽提得到质粒
样品中不含线性
DNA
。 其实这三条带以电泳速度的快慢而排序, 分别是超螺旋、 开环和复制中间体 (即 没有复制
完全的两个质粒连在了一起) 。如果不小心在溶液
P2
加入后过度振荡,会有第四条带,这条带泳动得较慢,远离
这三条带,是
20-100 kb
的大肠杆菌基因组
DNA
的片断。
8
.加完裂解液
P2
,
P3
之后动作太大有什么影响?
一般需要掌握好手法, 不要给予瞬间的冲量 (用手指轻轻弹几下, 以松解难溶的 团块也还是允许的) ,但是也要
保证溶液混匀,至于上下颠倒的次数,依混匀为准。因为动作大小会影响 DNA
的断裂,不是需要太大的片断,有
些断裂无所谓,不影响后边的操作。另外加入溶液
P3
动作过于剧烈,容易导致离心蛋白的效果不佳,也容易导致
质粒终产物中的菌体基因组
DNA
污染的增大。
9.
在琼脂糖凝胶上点样时,为什么质粒漂出点样孔?
乙醇没有完全从柱子上去除。
洗涤液
2
洗涤后应离心并静置数分钟尽量去除残留乙醇后,
再加入洗脱液洗脱回收。
10
.为什么用无水乙醇沉淀
DNA
?
用无水乙醇沉淀
DNA
,这是实验中最常用的沉淀
DNA
的方法。乙醇的优点是可以任意比和水相混溶,乙醇 与核酸不会起任何化学反应,对
DNA
很安全,因此是理想的沉淀剂。
DNA
溶液是
DNA
以水合状态稳定存在,当
加入乙醇时,乙醇会夺去
DNA
周围的水分子,使
DNA
失水而易于聚合。一般实验中,是加
2
倍体积的无水乙醇与
DNA
相混合,
其乙醇的最终含量占
67
%左右。
因而也可改用
95
%乙醇来替代无水乙醇
(因为无水乙醇的价格远远
比
95
%乙醇昂贵) 。但是加
95
%的乙醇使总体积增大,而
DNA
在溶液中有一定程度的溶解,因而
DNA
损失也增
大,尤其用多次乙醇沉淀时,就会影响收得率。折中的做法是初次沉淀 DNA
时可用
%乙醇代替无水乙酵,最后 的沉淀步骤要使用无水乙醇。 也可以用
0.6
倍体积的异丙醇选择性沉淀 DNA
。
一般在室温下放置
15
-
30
分钟即可。
11
.在用乙醇沉淀
DNA
时,为什么一定要加
NaAc
或
NaCl
至最终浓度达
~
0.25mol/L
?
在
pH
为
8
左右的溶液中, DNA
分子是带负电荷的, 加一定浓度的 NaAc
或
NaCl
,
使
Na+
中和
DNA
分子上的负电
荷,减少
DNA
分子之间的同性电荷相斥力,易于互相聚合而形成 DNA
钠盐沉淀,当加入的盐溶液浓度太低时,
只有部分
DNA
形成
DNA
钠盐而聚合,
这样就造成
DNA
沉淀不完全,
当加入的盐溶液浓度太高时,
其效果也不好。
在沉淀的
DNA
中,由于过多的盐杂质存在,影响
DNA
的酶切等反应,必须要进行洗涤或重沉淀。
12
.为什么在保存或抽提
DNA
过程中,一般采用
TE
缓冲液?
在基因操作实验中,
选择缓冲液的主要原则是考虑
DNA
的稳定性及缓冲液成分不产生干扰作用。 磷酸盐缓冲
系统(
pKa
=
7.2
)和硼酸系统(
pKa=9.24
)等虽然也都符合细胞内环境的生理范围
,可作
DNA
的保存液,但
在转化实验时,磷酸根离子的种类及数量将与
Ca
2
+
产生
Ca
3
(PO4)
2
沉淀;在
DNA
反应时,不同的酶对辅助因子的
种类及数量要求不同,有的要求高离子浓度,有的则要求低盐浓度,采用 Tris-HCl
(
pKa=8.0
)的缓冲系统,由于
缓冲液是
+
/Tris
,不存在金属离子的干扰作用,故在提取或保存 DNA
时,大都采用
Tris-HCl
系统,而
TE
缓冲
液中的
EDTA
更能稳定
DNA
的活性。
13
.抽提
DNA
去除蛋白质时,怎样使用酚与氯仿较好?
酚与氯仿是非极性分子, 水是极性分子, 当蛋白水溶液与酚或氯仿混合时, 蛋白 质分子之间的水分子就被酚
或氯仿挤去, 使蛋白失去水合状态而变性。 经过离心, 变性蛋白质的密度比水的 密度为大,因而与水相分离,沉
淀在水相下面,从而与溶解在水相中的
DNA
分开。而酚与氯仿有机溶剂比重更大,保留在最下层。
作为表面变性的酚与氯仿, 在去除蛋白质的作用中, 各有利弊, 酚的变性作用大, 但酚与水相有一定程度的
9
互溶,大约
10
%~
15
%的水溶解在酚相中,因而损失了这部分水相中的
DNA
,而氯仿的变性作用不如酚效果好,
但氯仿与水不相混溶,不会带走
DNA
。所以在抽提过程中,混合使用酚与氯仿效果最好。经酚第一次抽提后的水
相中有残留的酚, 由于酚与氯仿是互溶的, 可用氯仿第二次变性蛋白质, 此时一 起将酚带走。也可以在第二次抽
提时,将酚与氯仿混合(
1:1
)使用。
14
.为什么用酚与氯仿抽提
DNA
时,还要加少量的异戊醇?
在抽提
DNA
时,为了混合均匀,必须剧烈振荡容器数次,这时在混合液内易产生气泡,气泡 会阻止相互间的
充分作用。 加入异戊醇能降低分子表面张力, 所以能减少抽提过程中的泡沫产生。
一般采用氯仿与异戊醇为
24
:
1
之比。也可采用酚、氯仿与异戊醇之比为
25
:
24:1
(不必先配制,可在临用前把一份酚加一份
24
:
1
的氯仿与异
戊醇即成) ,同时异戊醇有助于分相,使离心后的上层水相,中层变性蛋白相以 及下层有机溶剂相维持稳定。
15
.为什么要用
pH8
的
Tris
水溶液饱和酚?呈粉红色的酚可否使用?如何保存酚不被空气氧化?
因为酚与水有一定的互溶,
苯酚用水饱和的目的是使其抽提
DNA
过程中,
不致吸收样品中含有
DNA
的水分,
减少
DNA
的损失。用
Tris
调节至
pH
为
8
是因为
DNA
在此条件下比较稳定。在中性或碱性条件下( pH5
~
7
) ,
RNA
比
DNA
更容易游离到水相,所以可获得
RNA
含量较少的
DNA
样品。
保存在冰箱中的酚,容易被空气氧化而变成粉红色的,这样的酚容易降解 DNA
,一般不可以便用。为了防止
酚的氧化,
可加入疏基乙醇和
8-
羟基喹琳至终浓度为
0.1
%。
8-
羟基喹琳是带有淡黄色的固体粉末,
不仅能抗氧化,
并在一定程度上能抑制
DNase
的活性,它是金属离子的弱螯合剂。用
Tris pH8.0
水溶液饱和后的酚,最好分装在棕
色小试剂瓶里,上面盖一层
Tris
水溶液或
TE
缓冲液,隔绝空气,以装满盖紧盖子为宜,如有可能,可充氮气,防 止与空气接触而被氧化。平时保存在
4
℃或-
20
℃冰箱中,使用时,打开盖子吸取后迅速加盖,这样可使酚不变 质,可用数月。
16.
细菌离心加入溶液
I
涡旋振荡后,发现菌体呈絮状不均匀或呈细砂状?
1
)很可能是细菌发生溶菌,可减少培养时间或者试试平板培养,质粒提取前用 PBS
将菌落洗下,相较来说固体
培养基上细菌生长的要好一些。
2
)
质粒抽提过程很大程度上是受细菌生长情况决定的,
刚活化的菌比负
80
℃保存菌种所培养出来的菌液状态好,
保存久的菌株可能会造成质粒浓度低,质粒丢失等不明原因。
3
)判断生长的菌液是否正常,可以用肉眼观察,在光线明亮处摇荡新鲜培养液, 如果发现菌液呈漂絮状,情况
很好。如果发现呈泥水状,即看不到絮状,只是感觉很浑浊,则可能提不出好的 质粒,或者没有质粒。
4
)菌液不宜生长太浓,摇床速度不宜过高。达到
OD600 1.5
就可以了, (尤其是对于试剂盒提取要注意)另外如
果只是简单的酶切验证根本无需酚氯仿抽提(安全考虑,慎重) ,只要溶液 I/ II /III
比例恰当,转管过程仔细吸取
不会有太多杂质。
17.
为什么加了溶液Ⅱ后,
菌体没有逐渐由混浊变澄清?提出来的条带几乎没有,
但是
RNA
很亮
(没加
RNA
酶)
?
1
) 可能是因为溶液储存不当, 或屡次操作没有及时盖好溶液瓶盖, 导致其吸收空
气中的
CO2
失效。
RNA
在菌体
中量较多,相对少量的菌体裂解,可有较
DNA
明显的条带。
2
)可能是菌量大,加溶液Ⅱ后,菌体并不能完全裂解,所以没有变清,这也会导 致质粒产率低下。
3
)
可能是质粒的拷贝数不高,
质粒产率不高.
如果是使用自己配的试剂,
建议做中提或大提;
或者买试剂盒提.
用
自己配的试剂,不加
RNA
酶,最后
RNA
是很亮的,要去除干净就要用比较好的
RNA
酶。
4
)如果不是试剂的原因,可能是质粒表达的过程中使膜蛋白变化(数量变多) , 很难使用碱裂解法,可以尝试
用其他比较剧烈的方法
(
比如高温或者低温研磨等
)
,然后使用一般的发放。
5
)可能质粒随乙醇一起倒掉了。
18.
加入溶液
II
后,菌液仍然呈浑浊状态,或者混浊度没有明显的改变?
1
)问题可能是发生在溶液
II
上。首先看看
10
%
SDS
是否是澄清的?
NaOH
是否是有效的?如果使用的是试剂盒, 也要首先确认溶液
II
是否澄清没有沉淀?
2
)可能是细菌浓度很高,适当调整增加溶液 I/II/III
的体积。
3
)可能是
杂菌
”
污染, 如果菌液生长异常快, 就有可能被杂菌污染。 这种情况一般表现为和目的 菌有相同的抗
性,生长速度异常,能够提出质粒,跑胶的条带也异常的亮,但产物不是自己想 要的质粒,要特别注意一下。
19.
加入酚
/
仿抽提,
离心后在水相和有机相间没有出现变性蛋白相层,
在随后的乙醇沉淀步骤中却出现大量的半
透明沉淀,溶解后发现蛋白浓度很高?
乙醇沉淀时,较纯的质粒沉淀是白色的(
PEG
纯化的沉淀是透明的肉眼不易发现) ,如沉淀是半透明的凝胶状,
则应是蛋白含量高。首先看看平衡酚是否已被氧化?
pH
是否是
8.0
?其次检测溶液
反应完成后的离心上清
pH
是
否在
8.0
左右?有时由于溶液
III
配置的问题,会出现溶液
III
反应后离心的上清
pH
与
8.0
偏差较大的现象,这会降低
平衡酚抽提蛋白抽的有效性,
pH
偏差过大也会导致水相和平衡酚互溶。
20.
使用酚仿抽提方法,质粒的纯度很好,但酶切不能完全切开?
)确认酶的有效性。
2
)平衡酚是否被氧化(正常是黄色,而氧化后是棕色的) 。
3
)是否不小心吸入了痕量的酚。
4
)乙醇沉淀后,
70%
乙醇漂洗的是否充分(残留的盐类会影响酶切) 。
5
)乙醇漂洗后是否完全干燥(残留的乙醇会影响酶切) 。
21.
提取质粒中
RNA
没有去除?
可能是
RNase
失效或效率不高。
1
)更换
RNase A
,并保证其储存条件是正确的
2
)手工提取质粒的,可单独增加一步去除 RNA
的步骤,溶液
III
反应后,在离心的上清中加
RNase
,室温下去除
RNA 10min
~
30min
(需要保证
RNase A
是经过失活
DNase
的) ,同时较高温度(如
50
℃)会更加快速完全的去除
RNA
,经验所得经过高温处理的质粒质量不是很高。
22.
用碱裂解法提取质粒,裂解
5
分钟,没有用酚
/
氯仿抽提,最后用灭菌水溶解质粒
DNA 15min
。双酶切后跑
胶一条带都没有,原因是什么?
1
)溶解时间稍微短了点,但是根据各个实验室 RNase
范文五:分析化学实验常见问题
实验3-1 分析天平称量练习
(1)本实验中要求称量偏差不大于0.4mg ,为什么?
答:m s1和m s1’分别有±0.2mg 的偏差,极值偏差为0.4mg 。
(2)递减称量法称量过程中能否用样品勺取样,为什么?
答:不可,会使样品有损失。
实验3-2 滴定分析基本操作练习
(1)HCl 和NaOH 标准溶液可以直接法配制么?为什么?
答:不能,HCl 具有挥发性,而NaOH 会吸水和CO 2,因此不能用直接法配制标准溶液。
(2)配制NaOH 溶液时,应选用何种天平称取试剂?为什么?
答:台称或电子台秤。因为NaOH 溶液为粗配,所使用仪器精密度不需很高。
(3)滴定管、移液管分别用什么溶液润洗?锥形瓶是否需要润洗?为什么?
答:酸式滴定管使用HCl 溶液润洗,碱式滴定管用NaOH 溶液润洗,移液管用HCl 溶液润洗。锥形瓶不需润洗。滴定管、移液管润洗是防止溶液浓度与试剂瓶中的不同,而产生误差。锥形瓶若润洗,则会使被滴定物的量有所增加,反而会产生误差。
(4)HCl 与NaOH 反应生成NaCl 和水,为什么用HCl 滴定NaOH 时以甲基橙为指示剂,而用NaOH 滴定HCl 溶液时使用酚酞(或其他适当的指示剂)?
答:(1)滴定通常以过量半滴为终点,即产生正误差。(2)人眼对颜色的观察,通常由浅入深比较敏锐。HCl 滴NaOH 终点颜色变化是由黄变橙,而NaOH 滴定HCl 溶液终点颜色变化是由无色变浅红色。
实验3-4 工业纯碱总碱度的测定
(1)若无水Na 2CO 3保存不当,吸收了1%的水分,用其标定HCl 溶液浓度时,对结果产生什么影响?
答:盐酸浓度偏大。吸收水分,使滴定消耗盐酸体积减小,C HCl =2mNa2CO3/(MNa2CO3×V HCl ) 从而盐酸浓度偏大。
(2)基准物质Na 2CO 3和Na 2B 4O 7·10H 2O 标定HCl 溶液各有哪些优缺点?
答:Na 2B 4O 7·10H 2O 的优点是其摩尔质量较大,称量误差会较小,但其保存麻烦,而且价格较高;而无水Na 2CO 3和价格低,保存容易,只是其摩尔质量较小。
(3)以HCl 溶液为滴定剂,如何使用甲基橙及酚酞两种指示剂来判别试样是由NaOH-Na 2CO 3或Na 2CO 3-NaHCO 3组成的?
答:先用酚酞为指示剂,HCl 溶液滴定试样溶液,消耗体积为V 1,然后在溶液中加入甲基橙指示剂,继续用HCl 溶液滴定试样,消耗体积为V 2,若V 1>V2,则为NaOH-Na 2CO 3;若V 1
实验3-7 EDTA 标准溶液的配制和标定
(1)络合滴定法与酸碱滴定法相比较有哪些不同点?操作中应注意哪些问题?
答:(1)原理不同:络合滴定以络合平衡为基础,滴定过程中金属离子浓度发生变化;酸碱
滴定以酸碱平衡为基础,滴定过程中氢离子浓度发生变化。
(2)指示剂作用原理不同:络合指示剂为络合剂,其作用原理是,指示剂与金属离子形成的络合物颜色与指示剂本身颜色不同;酸碱指示剂的作用原理是,其酸式结构与碱式结构颜色不同。
(3)络合滴定比酸碱滴定的条件更复杂。由于络合物的稳定性随酸度而变化,因此需用缓冲溶液将滴定控制在一定pH 条件下。另外EDTA 为广谱络合剂,选择滴定某一金属离子时,还要在滴定前加入掩蔽剂。
在滴定过程中要注意控制滴定条件和滴定速度。
(2)在中和标准物质中的HCl 时,能否用酚酞取代甲基红?为什么?
答:不能,甲基红指示的中和终点颜色为黄色,对EDTA 滴定终点由紫红变蓝色干扰不大;而酚酞指示中和终点颜色为微红色,对EDTA 滴定终点颜色干扰较大。
(3)以Ca 2+为基准物质标定EDTA 浓度时,为何加入Mg 2+-EDTA ?
答:因为K Ca-EDTA >KMg-EDTA >KMg-EBT >KCa-EBT ,使滴定终点颜色变化更敏锐。
(4)滴定时为什么要加入NH 3-NH 4Cl 或六亚甲基四胺溶液,他们起到什么样的作用?如果没有它们存在将会导致什么现象发生?
答:它们起到控制溶液pH 的作用,为缓冲溶液。因为络合物的稳定性随酸度而变化,若没有它们存在,溶液酸度在滴定过程中会逐渐增加,副反应增加,络合物的稳定性下降,而且指示剂EBT 在pH<>
实验3-8 自来水总硬度的测定
(1)在测定水的硬度时,为何要将Fe 3+、Al 3+去除?
答:因为Fe 3+、Al 3+存在会使指示剂封闭,使滴定终点看不到。
(2)在测定水的硬度时,先于三个锥形瓶中加水样,再加NH 3-NH 4Cl ,然后再一份一份的滴定,这样做好不好?为什么?
答:不好。因为NH 3具有挥发性,而且长时间暴露在空气中会吸收空气中的CO 2,使缓冲溶液的缓冲能力降低。
(3)试设计一采用络合滴定法测定钙-镁硬度的实验。
答:(1)先测定总硬度:取一份水样,分别加入Na 2S ,三乙醇胺,pH=10.0的氨性缓冲溶液和少许铬黑T 指示剂,用EDTA 标准溶液滴定,溶液的颜色由酒红变为纯蓝,即为终点。 以c EDTA 和V 1EDTA 计算水的总硬度。
(2)测定水中的钙含量:另取一份水样,用NaOH 调至pH=12.0,此时Mg 2+生成Mg(OH)2沉淀,不干扰Ca 2+ 的测定。加入少量钙指示剂,用EDTA 标准溶液滴定至溶液由红色变为蓝色即为终点,由c EDTA 和V 2EDTA 计算水中钙的含量。
(3)计算镁含量:镁含量 = 总硬度 - 钙含量。
实验3-12 高锰酸钾溶液的配制和标定
(1)KMnO 4溶液的配制过程中能否用滤纸过滤,为什么?
答:不能,因为KMnO 4溶液具有氧化性,会与滤纸反应。
(2)在滴定时,KMnO 4溶液为什么要放在酸式滴定管中?
答:因为KMnO 4溶液具有氧化性,会与碱管的乳胶管反应。
(3)KMnO 4与Na 2C 2O 4的反应为什么要在硫酸介质中进行?酸度过高或过低有何影响?能否用硝酸或盐酸介质?
答:硫酸可增强KMnO 4溶液的氧化能力。酸度过高,KMnO 4溶液会自分解,酸度过低KMnO 4溶液的氧化能力降低。不能使用硝酸和盐酸,因为硝酸具有氧化性,可能与被测还原性物质反应;盐酸具有还原性,能与KMnO 4溶液反应。
实验3-13 过氧化氢含量的测定
(1)用KMnO 4法测定H 2O 2时,为什么在稀H 2SO 4介质中进行,能否用HNO 3、HCl 或HAc 代替?
答:硫酸可增强KMnO 4溶液的氧化能力。不能使用硝酸和盐酸、醋酸,因为硝酸具有氧化性,可能与被测还原性物质反应;盐酸具有还原性,能与KMnO 4溶液反应;醋酸的酸性太弱。