范文一：pubmed用法

PubMed 检索完全攻略

第一章 进入 PubMed 魔法学校 --PubMed 概述

尽管在因特网上,类似于 PubMed 的医学文献检索系统并不少,但就其信 息量,使用的方便程度,更新速度等多方面因素而言, PubMed 都首屈一指。还 有非常重要的一点,正如它的名字(PubMed =Public+Medicine)所暗示的 , PubMed 是免费向公众开放的。无论何时何地,你只要在浏览器地址栏中输入: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/就可以立刻进入 PubMed 的界面并开 始享受 PubMed 所给你带来的无穷便利。

俗话说,喝水不忘掘井人。 PubMed 是美国国家医学图书馆 (NLM)所属的国 家生物技术信息中心 (NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统,位于美国国 立卫生研究院(NIH )的平台上。有不少西方人有在饭前祈祷感恩的习惯,不 知道我们是否也有必要每次使用 PubMed 前都感谢 NCBI 呢?

PubMed覆盖了全世界 70多个国家 4300多种主要生物医学期刊的摘要 和部分全文。其覆盖的时间段也非常长,早的可以追溯到 20世纪 60年代,通 常而言,这已经足够早了,很少有人会需要查阅在此之前的文献。当然,研究 生物医学史的工作者可能是个例外。而最新的文献几乎就在此时此刻。与 PubMed 挂钩的出版商会自动向 PubMed 提供最新的文献摘要,而往往在这个时 候文献还没有正式出版。所以尽管生物医学的文章从被期刊接受到出版往往要 好几个月的时间,但借助于 PubMed ,我们仍旧可以随时掌握最新的动向,从而 大大有利于自己的临床和研究工作。还有些出版商通过 PubMed 提供文献的全 文,有时甚至是免费的,这样,我们就可以在 PubMed 上真正享受

进入 PubMed 的主界面后, 首先映入我们眼帘的就是页面上方的检索 框和功能键(如下图)。

这是 PubMed 的核心部分。大部分工作,我们只要利用这

(检索框, Limit 键 , Preview/Index键 , History 键, Clipboard 键和 Details 键)即可完成。

在主界面的左侧框(如左图),有:

· Journal Browser 期刊浏览

· MeSh Browser可以用它来分层流览 MeSH 表

· Single Citation Matcher 输入期刊的信息可以找到某 单篇的文献或整个期刊的内容。

· Batch Citution Matcher用一种特定的形式输入期刊 的信息一次搜索多篇文献。

· Clinical Queries 这一部分为临床医生设置,通过过 滤的方式将搜索的文献固定在 4个范围:治疗、诊断、病原学 与预后。

· Old PubMed (使用旧式的 PubMed 查询方式 )

3) Related Resources

· Order Documents可以使用户在当地得到文献的全文, 但这是要收费的,至于如何免费获得文献全文,我将在后面的 有关章节中详述。

· Grateful Med是对另一个 NLM 基于网络的查询系统的 链接。 Grateful Med 也提供 MEDLINE 的接入,并且还有一些其 他的数据库如 AIDSLINE 、 HISTLINE 等等。

· Consumer Health提供与 MEDLINEplus 的链接, MEDLINEplus 是与消费者健康信息相关的国家医学图书馆的网 络节点。

· Clinical Alerts 此部分的目的是加快 NIH 资助的临床 研究成果的发布。

利用左侧框的这些服务, 我们不仅能够进行功能更加强大的检索, 而且还能得 到不少非常有用的服务。这些都将在后续章节中介绍。

总体而言, PubMed 的界面相当简洁清晰,几乎是傻瓜式的。

然而傻瓜式的界面并不意味着傻瓜式的操作。我看到很多人用了几年 的 PubMed ,还是只知道在检索框里输入一个关键字,然后按一下

令人满意的信息, 但对于另一半情况, 就没有那么幸运了, 要么你真正所需的 信息湮没在大量纷繁芜杂的

令人费解的是, 很多医务工作者宁可在每次检索时都花上成倍的时间, 却不愿花上几个小时的时间去认真研究一下 PubMed 。

在以后的章节中,我们将逐步深入地了解 PubMed ,相信通过这些章节 的学习,我们可以真正熟练掌握 PubMed ,从而使自己的工作事半功倍。

第二章 PUBMED简单检索技巧

一.在这一章里,我们将对如何应用 PUBMED 这一得力助手检索文献, 作以简单介绍。

1.当你打开浏览器,在地址栏内键入

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/或是 http://www.PubMed.gov/后, 就进入了 PUBMED 检索系统主页 , 可以见到如下的页面。

2.在靠近页面上部的地方,首先映入我们眼帘的,即是供我们输入 所需查询内容的检索框。

在检索框中输入查询词,然后单击

说到这里,很多人可能以为只需傻瓜式的输入几个字符然后回车一 敲便可万事大吉,其实不然。每个人搜索效率的高低往往存在很大差别。在 这里提供以下建议仅供读者参考:

? 明确你索要检索的关键概念及词语,即关键字;

? 考虑到关键字的类似说法,即有可能出现的同义词;

? 通过限定 DATES, STUDY GROUP等,精炼你的检索范围;

? 多向有经验的人求教,因为不同的专业背景以及个人的差异,都

有可能形成不同的方法和技巧。

3.通过布尔(BOOLEAN )运算来提高你的效率

最常用的三种布尔运算即是 AND,OR, 和 NOT 。

? AND提供的运算方式即不管所输入的两个关键词语所出现的位置 在哪,只要他们都出现在索引文章的某一处,就将其列出。

? 而 OR 则是将出现至少一个关键词的文章列出,这种运算在想将 相似主题的文章罗列在一起时,十分有效。

? NOT运算可以在你的检索范围内将某些不需要的部分除去。但是 在使用的时候要特别注意,会有可能将一些你所需要的文章漏掉。比如当你 的检索词为 LEAD POISONING NOT CHILDREN时,除了会删除掉那些仅讨论儿 童的文章,同时也会删去那些同时讨论儿童及其他年龄组的文章。

4. PUBMED 检索类型

通常我们所要查询的单词类型大致可以分为:

? 词语(主题)检索 这时我们在 PubMed 主页的检索框中键入的是 英文单词或短语(大写或小写均可)。然后回车或点击

? 著者检索 当我们所要查询的是著作者时, 在检索框中键入著者 姓氏全称和名字的首字母缩写,格式为:

? 刊名检索 在检索框中键入刊名全称或 MEDLINE 形式的简称、 ISSN 号, 例如:molecular biology of the cell, 或 mol biol cell, 或 1059-1524, 然后回车或点击 Go, 系统将在刊名字段检索,并显示检索结果。

? 日期或日期范围检索 可以在检索框中键入日期或日期范围,然 后回车或点击 Go ,系统会按日期段检索,并将符合条件的记录予以显示。日 期的录入格式为 YYYY/MM/DD;如:1999/09/08

也可以不录月份和日子,如:2000或 1999/12。

? 检索期刊子集(辑) 检索的格式为:检索词 AND jsubseta,如: neoplasm AND jsubseta。可供检索的期刊子库有 3种:Abridged Index Medicus(有 120种重要核心期刊 ) 、 Dental 和 Nursing 。 分别使用 jsubseta,

jsubsetd, jsubsetn进行限定。

? 检索带文摘的记录 检索的格式为:检索词 AND has abstract, 如:liver cancer AND has abstract 。要注意的是在 1975年前出版的文章, 其 MEDLINE 记录中没有文摘。

? 布尔逻辑检索 PubMed系统允许使用布尔逻辑检索,只要在检索 框中键入布尔逻辑运算符(AND , OR 或 NOT )。具体使用时要注意的问题, 详见上第 3点所述。

5.如何处理检索结果

当你点击 GO 或回车后, PubMed 将会自动运行检索命令,在屏幕的 下方显示出符合检索要求的项目,并且在查询框内保留原检索词。此时要注 意的是符合检索要求的项目是以 SUMMARY (简要格式)显示出来的,就是列 出作者,文章题目,以及文章来源的一些信息。

在 DISPLAY 键后还可以选择别的显示格式,点击 DISPLAY 键后,系 统按所选格式全部检索结果。

如果只需要显示其中一部分记录,则需点击该记录左边的查询框, 使标记后,再点击 Display 键;如果只需显示一条记录,则可直接点击该记 录中的作者姓名超链接,系统会自动显示该记录的文摘格式。

还有一点,系统所设定的默认值为每页显示 20条选项,这点可以 在 SHOW 后的下拉菜单处选择。

如果选中所感兴趣的内容,即可进行保存,打印等等操作。 PubMed 系统允许最多可保存 5000条记录。要保存全部检索结果时,打开 Summary 下拉菜单选择其中一种格式,然后点击 Save 键;要保存特定记录时,点击 记录左边的选择框予以标记后,再点击 Save 键。

使用浏览器的打印功能,即可把感兴趣的内容打印出来。系统允许 每页最多显示 500条记录。如果想打印成文本格式,请先点击 Text 键,然 后再打印。

下一章我们将用几个实例来使大家熟悉以上检索技巧。

第三章 PUBMED简单检索实例

在上一章里,我们已经对如何用 PUBMED 来查询我们感兴趣问题的文 献。在这一章,我们可以通过几个简单的实例来具体熟悉 PUBMED 的用法。

例一

1.明确所要检索的内容。如果我们要查询的问题是

生素 C

2.分析所要检索的两个相关词语的关系。根据我们的日常生活经 验,可以将两个关键词之间的关系定义为

3.以上初步检索后所显示的结果都以默认的 SUMMER 格式显示出来,在 经过对 SUMMER 的阅读后,我们可以进一步筛选文献的内容。如我们感兴趣 的是第二、三、五篇的话,选中这几篇文献左侧的方框。如果我们想要同时 看到这几篇的 ABSTRACT ,在 DISPLAY 键后的下拉菜单选择 ABSTRACT ,然后 点击 DISPLAY 。即可看到所要结果。

例二

1. 如果这一次我们想要查找的是与一个作者相关的文章,如这位 作者的名字是 Hemila h ,则我们所要检索的内容就很明确了,是这位作者的 名字 Hemila h。

2. 在检索框内输入 Hemila h,点击 GO 键,屏幕上即会显示出与这位 作者相关的文献。

3. 在所列出的 39项文献内, 我们如果想在一屏内看到所有的选项, 可以在 SHOW 后面的下拉菜单内选择想要显示的数量,如 50篇。

4. 在 PUBMED 所检索到的文献里,我们对第 1篇很感兴趣,点击该 篇文章左侧的方框, 然后拉下 Display 键后的多选框, 选择文献的显示类型, (如 Abstract-摘要, Brief-提纲 , Citation-引言等),一般情况下,以 选择 Abstract 居多,这样一目了然。在确定好显示内容后,点击 Display 钮,即可阅读相关内容了。

5. 在确定对检索到的内容感兴趣后,如果想把它保存下来,可以 单击 Save 按键,如果想保存在剪贴板里,即可单击 Clipboard, 保存于剪贴 板。点击

上述是运用 Pubmed 进行简单检索的两个实例。如果经过上述的检索 过程,仍然不能满足你的需要,我们可以进行较为复杂的高级检索。在以后 的几章中,我们会详细介绍。

第四章 PUBMED高级检索技巧

在以上两章我们已经掌握了如何运用初级检索法达到检索文献的目 的。不过在我们所要检索的问题相对较为复杂的时候,仅仅靠初级检索就远 远达不到需求了。为了使得我们的检索更为准确,高效,我们可以充分利用 PubMed 所提供的高级检索功能。

在你进入 PubMed 首页之后,在检索框的下方,有 PubMed 所提供的五个 重要的功能按钮,即 Limits 按钮 , Preview/Index按钮 , History按钮 , Clipboard 按钮 , 及 Details 按钮。 如果你能够充分的利用好这几个功能按钮, 那你的检索则很有可能事半功倍。

首先,让我们来简单的了解一下这几个按钮的主要功能。

1. Limits 按钮

当你单击 Limits 按钮后,你可以看到如下界面。(fig1)

在这里可以进行以下设定:

? 将搜索范围设定在一个特定的域。

? 将搜索范围设定在特定的年龄组、性别组、人类或动物学范围。

? 也可以将搜索限定在某一语种出版的或某一特定的文章类型(如 综述)。

? 设定只搜索包含摘要的文献。

? 设定搜索 Entrez 数据库或 Publication 数据库。

? 设定搜索范围为 PubMed 数据库的某一子数据库(如 Abridged Index Medicus 或 AIDS 相关的条目)。

例如 在 All Fields域选择下拉菜单里,你可以把搜索词限定在一 个特定的域, 缺省设置是所有的域; 打开下拉菜单就可以选择所需的域名了。 又如

2. Preview/Index 按钮

在按下 Preview/Index按钮之后,我们可以进行的设定有:

? 在显示条目之前显示所查到的文献数。

? 随时通过增加查询单词来修改查询方案。

? 在特定的搜索域中向方案里加入查询词。

? 从 Index 中查看并选择词语来修改查询方案。

? 在你修改查询时查看方案。

Preview(预览 ) 使用此功能可以在显示条目之前显示所查到的文 献数。使用时,在输入框中键入搜索词,然后单击 Preview , PubMed 返回的 信息是条目的数量。

Index(索引) 使用此功能 , 可以从特定域中选择以索引的单词, 并把他们加入查询方案之中 ; 可以查看某一个特定搜索域中词语列表;也可 以使用布尔运算符来建立一个查询方案。

3. History 按钮

History (历史记录)历史记录中保存的是你所有的查询方案与查 询结果,只有当你运行了一次查询之后, History 中才有内容。 History 屏 幕将会显示:你的查询方案、查询时间、查询到的文献数量。 Preview 显示 的是历史记录中最近的三条记录,而使用 History 可以看到最近 100次的查 询结果。一旦查询数量超过 100, PubMed 会将最早的查询除去,加进最新的 一次查询。如果两次查询内容相同, PubMed 会将头一次的去除。

4. Clipboard 按钮

剪贴板可以帮助你保存或查看在一个或多个查询中选择的条目,然 后就可以打印、保存、订购剪切板中的内容了。将条目左边的复选框选中, 单击

剪切板中最大的储存数是 500条。而放在剪切板中的内容如果在一 小时内没有任何操作,将会自动消失。

5. Details 按钮

Details是用于帮助你查看 PubMed 的检索策略。 即在提问框中键入 的检索词被 PubMed 自动地转换成了那些词,并使用了什么样的检索规则和 检索语法。此外,使用 Details 键可以对检索策略进行编辑,然后再一次检 索。在 PubMed Query框内显示的是 PubMed 实际使用的检索策略和语法。该 框下有四个区域:Result 区显示检索结果的记录总数,点击这个数字,可回 到检索结果显示屏; Translation 区显示检索词转换的详细情况; Database 区显示检索的数据库; User Query 区显示用户键入的检索词或检索式。

要对检索策略进行编辑可直接点击 PubMed Query框中的检索策略, 将其增加、删除或修改后点击 Search 键。

除了以上五个主要功能键以外,利用 PubMed 提供的其他一些功能, 如 MeSH 等,也可以在很大一部分程度上提高我们的检索效率。在以后的若 干章里,我们将会以详尽的笔墨来系统的剖析这些功能用法。

第五章 PUBMED高级检索技巧实例

在我们对如何运用 PubMed 进行较为复杂的检索有了初步的了解后, 我们来看几个应用性的实例。

例一 现在让我们来查找一下有关于

步骤一,我们先来对这一话题进行初步的检索。我们确定了它的 关键字应为

步骤二,如果我们所要检索的文献要求是反映比较新的动态进展, 那么我们可以点击功能键 Limits 按钮 . 在其中的 Publication Date的输入 框内输入 FROM

步骤三,如果我们进一步要求文章是用英文发表,且 PubMed 可以显示 出 Abstract 的,我们可以依照上面的方法类推,在 Languages 下拉菜单内 选择 English, 选中

其实,如果我们一开始就很明确所要检索的 Limits 限制,以上三 步其实可以合成一步完成。在此仅仅是为了方便说明问题,我们将其分开描 述。

例二 还是查找有关于

如果当我们进行了很多检索(包括上述的例一检索)之后,我们发 现在以前的检索步骤中还有想要翻看的检索的历史,首先我们可以点击 Preview/Index按钮。这时屏幕上将会显示出我们检索过的内容。 (fig2)使 用 History 可以看到最近 100次的查询结果,而 Preview 显示的是历史记录 中最近的三条记录。

其次, 输入我们想要看的以前那次检索过的检索字, 如

如果我们要进一步修改查询方案,可以在检索框内加入另外的单 词,如

以上的两个简单实例,说明了如何应用 PubMed 所提供的强大功能 按钮来提高我们的检索效率。其实在实际应用中还有很多技巧有待于我们去 探索,希望笔者的介绍能起到抛砖引玉的作用,帮助你在 PubMed 的海洋里 自在地畅游。

第六章 谈 MeSH Browser(医学主题词浏览器)

何为 MeSH ?

MeSH其实是 Medical Subject Headings 的缩略词,即医学主题词, 是用规范化的医学术语来描述生物医学概念。 NIH 的工作人员按 MeSH 词表规 定,浏览生物医学期刊全文后标引出每篇文献中的 MeSH 主题词,其中论述 文献中心的主题词称主要主题词(major topic headings),论述主题某一 方面的内容的词称为副主题词。

那么为什么要使用医学主题词呢?

我们先来看个比喻,如果有人问你感冒了吗?你会不会回答

智能化

如果你希望使用医学主题词进行检索,可以从 PubMed 首页上点击 PubMed Services下方的 MeSH Browser即可进入以下界面。

举例说明,如果你想要检索 Neoplasms 和 bone 的相关文献,首先 在 MeSH Browser 的检索框内输入检索词 Neoplasms ,然后点击 Browse 按钮, 系统显示其定义及在树状等级结构中的位置,如下图。

如果需要的话,你可以选择 Detailed display,如同所示:

在这里,检索系统将显示详细的内容,可选择特定的副主题词,也可 进行主要主题词或单个主题词检索,其选项如下:

(1) Add the search to the following subheadings:点击副主 题词前的方框,表示选中该副主题词,可连续选择多个词,它们之间的逻辑 关系为 OR 。

(2) Restrict Search to Major Topic headings only:若将检 出结果限定在主要主题词(Major Topic Heading)则可提高查准率。

(3) Do Not Explode this term:系统要检索某一主题词时,会 自动扩展检索(Explode ),即将该主题词的下位词一并检出。如果只需检 索单个主题词,可点击此按钮。

完成上述选项后,点击

然后,我们再在 MeSH 浏览器内输入 bone, 按检索按钮,系统会告 诉你 bone 不是一个主题词,但它会自动将其转换成主题词 Bone and Bones, 同样,其下方也会显示出其定义及在树状等级结构中的位置。你一样可以选 择 Detailed display以便进行更为精细的选择,选择完成后,点击

钮,则进入下面的界面。这时,你只需点击 PubMed Search 按钮即开始检索, 查询出用这两个主题词为关键字以及所选择的相应逻辑关系的文献检索结 果。

总而言之, 主题词检索法虽然稍嫌繁琐, 但其检索结果的准确性高, 遗漏率低,是最佳的检索方法,一旦熟练掌握,将使得我们的检索工作事半 功倍。

范文二：本地BLAST

本地 blast 的安装及使用

安装:

1. 首先进入 NCBI

2. 点击 ALL Resources

3. 点击 ALL Resources里的 Downloads 选项卡

4. 点击 BLAST (Stand-alone )选项

在 BLAST+executables中点击

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ . 链接 (这只是说这个链接如何找到的, 可以直接点击这个链接进行下 载) 。

5点击 ncbi-blast-2.2.29+-win32.exe进行下载, 大家的电脑一般为 32位的,

加入为 64 位的则需要点击 ncbi-blast-2.2.29+-win64.exe下载,根据个人情 况定

6下载好后点击“下一步“进行安装。

运行:

1. 点击电脑桌面的“开始“——”运行“,在”打开“中输入” cmd “ ,(这也就是调取 DOS 命令, 快捷键” windows “ +“ R “键, 然后回车 )

2切换到 blast 的 bin 目录下,例如我的路径是 C:\Program Files\NCBI\blast-2.2.29+\bin, 那 么 我 的 命 令 是

:

然后回车。

切换后的结果是:

3把你的物种数据和比对的数据文件移动到 bin 文件夹下,然后 做下面的。

1)建库 根据你要比对的物种序列建库

dos 命令 :makeblastdb -in ~ -dbtype nucl/prot -out ~

in 后面的‘ ~’ 里填要建库的序列文件名称,如整个水稻蛋白质组

第二个‘ ~’ 里填库的名称(自己命名)

nucl :建核苷酸库, prot:建蛋白质库(根据你数据要求任选一个)

2)比对

dos 命令 :blastp/blastn -query ~ -db ~ -out ~ -evalue ~ -outfmt

blastp 为比对蛋白质序列, blastn 比对核苷酸序列

query 后面的‘ ~’填你要比对的序列文件名

db 后面填你第一步建好库的名称

out 输出最终结果名称

evalue 你自己设一个期望值 (5)

outfmt 输出文件格式 填数字 6或 7

(1)建库

结果

(2)比对:

结果:去 bin 文件夹下去寻找。 resultname 就是我们本地 BLAST 的最终结果

结果是这样子的:(outfmt 6)

(outfmt 7)的结果

大家可以下载 VIM 软件进行查看结果。

记事本也能看。

范文三：pubmed检索方法

1.进 P入buMed

Pubed的网址：mhttp:/w/w.nwbci.nl.mnih.ovg/ubMeP/

d. 2普检索通在

检式提问索中输框入个或更一的多（例词：v如itmianc comm o nold），PubcedM会就利用自"词语动配"功匹能将要的词重词组用或"NAD组"在一起进合行检索输。入词可的以是自由、主词题、词或其指定他段。由字主于词检索题文献更的面、更准确，应尽量使全用主词/副主题词题索检对于。些某新的术词技、汇药、新新方、法疾病新，等还没相应的主有题时，应该用词由自检词。索

. 3高级索检

.3 PubM1de检索规和语则法

布①运算符尔AD，NR，NOTO必须写大例如，v，iamtni cO Rz nc；i

② 如查想词组须用找英双文引号如，t”c ll recepetor”③

PubM de从左至进行右布运算尔圆括，符以可变改算运序；运顺顺序是：NOT算A>DN>OR，利括用可号不过以考虑多算运顺。序com如mn colodA D Nvitamin( cO ziRnc。)括内的字段弧是作为一个体来整理处的。

④如输入果的字含有段主题词，Pu组beMd先按词优组索。如检果希不这望，应该加布尔运算样。例如输入符a：r ibadder lfstiula，PuMbd会e将"ia bradler"作d词组为。此应时输：入ar iAD blaNdedrAND fistul。

a⑤ 段字标记符（agt）用规使：只则在能后加字词标段符，如记r：matoerhpay[ mh]，h为m主题词写缩，必用须封的方括弧闭[ ，]大小写空和格会忽被，略crab如s mh[ = C]absr[HM]

⑥ 。期日式：格用YY采YYMM//D［DD］P式，如格198/09/30［6dp，］991/109[ EAD]T。和日可以月写不。入日期范围则用输冒号接，连如9961：1989d［p，19］8/09119：9804/dp［。日］期段字标记符3有个：Dae tofPu lbcaiiotn DP] ：[版出期；日nEterzD ate [DATE] ：入P进bMude日的； Me期SH Dat [eMDH]A：该文引被 eSM 主题H词编入引索的期。

日 ⑦索须检有要摘文献的使，用" haasstbrat"。 如c:ne opasmlsAN hDsabsatartc

3.2. PbMue的d索检法

语索检语法格是式：检词[ta索]g 布运尔算 符检索词[ag]t

例：如检要作索Dr. Cric者k1在99年3写的撰关D于N的A献文，式是：

d格na [h]m ND Acrik [auc]A ND19 9 [dp3]

要检索关热于或潮与湿多发性硬的关化，系格是式：

(eaht R Ohuidimy) ANt Dmluiple stlceroiss检索

学前儿童哮喘龄治的英文疗述文献综格，式是

：sahta/themapyr [m] hADNr veei [wp]tA D Nchild, rpechoosl [h]mAN eDglinh [lsa]

3

.3 作姓名者索检

输入作姓者时名采用应姓名+(的名字首缩写母，不标用点符)号格的式，例Sm如ihJt。AuPbMde自将地动取作截姓名者名的中首字以母适不应的名缩同。如果写输入只者作的，P姓ubed会在M括作者字段在包内的所字有进行段检索但，如果作的者姓一个是eSMH词的时候除，外例输如Y入ng,则PabMud将只e索：检Yin-ang［MYSeH（阴］阳中、医汇词或Ya）gn［Tex Wotrd。］此，外果如

使用双引号"将作"的者全称姓和的第名一个首字母起来引并用，者作检索字段标识符［ua］限，制如s"imht "［auj，］PbMedu将关闭自截词，动检索姓且名中名有只个一字缩母的写作。者

.4 3期刊检索

名包期刊括名全称如（olecmlaur iblooyg ofth eecl）、l期名刊MDLIEN缩写E（m如ol ioblcel ）、l国际准连续出版标号物（ISN，如S105915-42）。例如，如果入输Ne"w Eglann dournalJ fo eMidicen，Pu"Mbd将按"Ne nElgJ Me ［td］a查询"。注意应

①：如 果志名也杂是个M一eS词，H如Ge例e nTherayp Sci,ene, c 或ellCPu，Med只会bM按SHe词检索，要来想检杂志名，索必须字段标记[t加]a， 如gne thereay pt[]。a②

对一单词的杂志名个，也必加须段标记字t[]。a③

量尽用期刊名使全和称期名刊MELDIN缩E写索检，在早期的文中，I献SSN号不是能证检索完全保。的

④ 如杂果名志有参带数或号，引应去该这些参掉或数引号如，： HandJ Sugr [mA应该] J 以Han dSru gAm 键入

。3

5. 截检索词

可以词尾加在号，来检*有一样词索头的有词所 ，如输 bac入te*r则会，索检b ctae,r batcrie, aabtercum,i bcterioaphag 等e，但词不检索带有空会的格组词，如b catrie coatnrol。uPMbde能只索检1前50相符合的个词此。外截，检索词将闭自关词语动配功能，也匹能进不行展扩索检如。h：erat ttacka*不匹会MeS配词，H不也扩会展索检mocarydal iifnacrtio、myncordaia lstuninng、sockh、craiodgenci这些面的方献文。

36 .检细节索

击Deta点lsi按钮可，查看和以辑编索检况情即可以，增加或删检除索词。

可以还检从细索节窗口存检索保项目点击U：L按R钮，后浏览用器的签（或收书藏）夹菜单将目的前检索项目作为UL地址R以书签式形保存以便下次，检索再。

. 4定检索限L（mitsi）

可以对多个选项限定检，以缩小索索检范，提围高检准确率。索限定

字检索段项的有：

4.目1 段字择选

选择：可所字段（Al有 liFleds、作者）址地、作者姓名、刊名期、ISSN号、语种码、MeHS词副、主题词、页码出、日版期、自词、标题词、期由卷号刊数据、库更代码、物资新称名2等个选项2，默选项认为ll AiFeld。

s4.2必须有要摘的献（文nOylI etms wtih Astbrcat s

）为选复，框选中检后出的文索献有摘均。要意注915年7前文的是没献摘要的有。

.3 4出版式（Pub形iclaiontTy pes）包

：括 lCniicla riTal临 床试；E验dtoiril a辑编语；按Lttee r读者信；来etMa-Anlysai s荟萃分 析；Prctacei uiGedinl 实践指南 e；aRdomizendC ontollrdeT iarl随 对即照试 ；Rev验iwe 综

4.述 出4语种版L（nagugaes

P）uMeb d用了近引40种语言的刊。但期拉下菜式单中有只最常索检的几种言供语选：择语英法、、语德语、意大利语、语日俄、语和班牙西语

。如您有限制语没，P言bMue会d检所有索语种出版文的。献种的语段字记符一般标取文英的3个前字表示母如汉语，为[ch]i德语为[g，er]，但语例外，日为[jn] 。p4.

5年（龄gAse）

可在下拉式单菜中择其选一中。项

Al Infaltn bir:th-3 m2ntoh出生 到3月2的龄婴儿lA Clihl: d0-1 8eyars ～180的岁儿童

ll AAdlut:91+ eyrs a有所成人（1年9岁以上

）eNwobr:nb riht-1omthn新生 （出生到1儿月个）

Ifannt 1:-3 m2ntoh 婴儿sP

escroohlC ildh:2 5 y-aers2 5岁的学龄前儿童～

hiCd:l -621y are 6s1～2儿岁童A

odeslectn 1:3-1 ye8ras青春 期1～138

A岁ultd1:944- yers a91～4岁4年人

成Mdiled Aedg:456- 4yeasr4 ～546岁

Age:65d+ yaesr6 岁以上580

ad ovnr: 80e ye+ar 80s以上

岁4.6性别（ Gende）

r

47 .人动或物（Hmanu r Anoimal）

.8 4子（项Sbseuts）

包：括目前有9数据库个过滤或索系检可统：选AISD、AIMD、enat、MEDlLIN、EursiNn、gPeMEDLINrE Pu、lbshir、eubRPe、fToixoclgo。y中ME其LDIEN, rePEMLDIEN出版商直和提接的供电子出版物文（ 献Pbulsheri）s较常用

4。. 文献9进入EMLINE的时D间有

3天060、、9天0、1天0天、1年、82年、5年1和年0择选。

4.0 1版出或进入MDEINEL的间时段

输入应时范围间。照按年月/日的/格式。

5 .用预览利索引（Prev/iweInd/ex）检索

使用

预览/引可以：索预览索检的出文数献量，加快示显度、一速次性增加地索词来检确精索检、加增索词检检索来某些殊领特域从索、中查看和引择检索选词。例如：检索要以"hccikepoxn为"头的MSH词e，先择选在拉式菜单下的MSH eeTmr，在检索s框内入chi输cknepox，再击点Inde按x钮。滚动索引Idnxe窗高亮，显示chi"kcneoxpva ccnie，"击点NAD钮按"Chi，cekpoxn avccie"n就会 现出在检索问提框。 注内意：P erviw/Iednxe 能显只最示近三次索的预览检结果而历。（Hi史tsoyr窗口能）示显多过去100次的达检请求。索

到回录

目6

利.历用史记（Hist录oy）r检

PubM索d e保存您能所有的索检请求和结。果史历口显窗示检索序、检号索请求检、索时、间检的出献文数。点击检索结果字，可以阅数读索检出的献。文

也可将历以检史合索并重，检新。索法是在检索方号序前加号#， #2 如AD N6, #或# 3A DN drug th(erpya OR ied ttheapy)r再。Go按钮按始重新开索。检

注:意①历 记史录最保多10存条。0②PubMed 停若止用1使小时，历史记就录会删除被。Pub③Mde是用利cooki se来保 存索历史检，的使用要功能此您，的浏器览必须置为设acept cookcie。s

7.利用剪 贴板（Cipbolad）检索r

法方利用与历记录检索史相。注同意：①剪贴最板多可加入50条0索检。若②uPMbe 停d使用1小止，剪贴时记录就会被板除删。Pub③eM 是利用dc ooike 来保存剪贴板记录的s，要用此功使，能的您览器浏

必须设为置acept ccookies 。可对④贴剪内板的检项索目再索，检要如制限为检英索文文献可，这以样 ：0 #NA eDglisnh[ a]l这。不影会或响替剪代板贴容内。可以从剪贴板

内存检保索结果，照按作名者、刊期、出名版期将日索检结重果排新序（Sort。）

8

. 检索结果处的理

.81显 （D示splaiyign）

在索窗检输入索词检进后检行索PubMed，最初 返是检索回结果文是献题录格，式含摘不要如图，、8。7如需看查要摘，击D点spiayl按即钮。Pu可Medb默以认概要（sumary）m式形显示检索的出献文也。以选可其择他几种示形式显大纲（B：ref），i文摘（bstrAac）,t文引C（titiaon, ME）LINED nd aSA.1。方法N：①显示某篇

引：单击文色的有蓝划线下的者作名显，该示的摘要等。篇②显

示有引所文先在：拉下菜式单里选显择形示式，点击 再isplDa y按。钮

显示③所选引的文先选中作者名：是前择框，在选下式菜拉里选择显单示形，式再点 击iDslpa y按。钮

.28显示形 式

主有以下要几种形式

①：要（概Smmaruy）显示作：者名，目，题期名，记刊状态录（ecRro dtaSust, ）英语非

文献语种

提示，献类文型综述（，）"无文"提摘（示N"o abstrcatav ilaabel），"PbMued 和MEDILNE 一统识标。码

②纲大Bri（ef）作者名，文：题献的前30目单词，统个标识码。

③一摘（Ab要stact）：r显期刊名，示录状记态（ecRro Sdttaus）, 非语文英语献提示，种献类文（综型述）作，名，作者者属单所位题，目，文（摘如有果的），错误话Errat（mu，收回（）Rteartionc，）注释 （Commnes），tPu Mbe d M和ELINDE统一标 码识

④引文（Ci。attoi）n在摘：要（Astrabtc）式上形加显示增eSHM、作词文为标题的献人名Pe（ronas Nlma es aSbjuet）c,学化物、质研项目究号批、SI数据库进号入。

码⑤EDLMNI E：全完MEDL IE 记录形式，N可下载检索以出文的到某献检索些软件再处理。⑥

ASN1. A：N.1 (S号文摘1法符语号)一是个用于各种通算机平计台检索国的标际。准

⑦ML/XSGM L即扩：展标语记言是由国际互，网联盟(W联3)C维的一护标种，准定义它用于信息结的构标记言语的法规则。语显示形式其与HTM相L似

。

8.3纯 本形式（文Tet）x

击Text 按钮，点可以显示文纯本形。要式回到PbMeu显d形式，示浏览按的器aBkuc按钮p就可。

84.每 页示文献数（显hSwo）Pu

Mbe 默d每页认示20显篇文献，击Sho点按w钮可以改变每页显示数。，

8.5保 存S（avin）

可以g存检索出的全部文献保或选的所部文献分注意。:

①在当前页点保击存钮，可按保存检索的以有的文所，尽献管其他页文献还的没有示显。

②大保最量是1存00,0篇0

。默③认保的存件名文 q是euyr.cgi。f如果再在需本文辑编

器或其他件软编和辑打，印可以变改件文或名保为存存文本式.txt格式格。

④要超以文本记标言格式语H TM L保，应存使浏用览器的存为（另avS ase...）命令。

86. 链（L接nks）i

相的 关PbuMde 文链接，章击" R点laeted rtiAcel"按s钮。

外部链接L（inkOu） t-可 链接以关相出版的、商赞者助、书图馆生、系物据库、 数sequence cetnre, s和其的网他络资。这源能帮助得你全文、到关有资料

。

.9Pu Mbd的其e服务他

.29M Se词H览浏器可以输

入题词主或关键进词查找行若。输的检入索词不主是题，词PbMued会动自指引正到确主的题词比如输，"s入roket（"风），P中bMue会d告知troske不是个一题词，主是而与主题词" Crebroveaculas rAcciedtn"关相的词联并，该主题对作简词解单释建，议以该题主检索。词

今年MSeH有已90100个多主词、82题个副题主，加词上词组配，搭经已3有0多个词和万词。组下列面出复康医有学康复治关的主题词疗，病名称疾和状的主题症太词多，这里从略。得注值意的是，们我惯称短波、习短波、超波疗微法为频电高，但其主题疗词并是不"EelctrciSt imuatlio Tnhrapye"，是"Diathe而my"（透r热法疗）。

附

录tga说明

agTNam e中文 明说

A AbAstract uAtho r表明有作自己者的写摘

文B AbAstrca 文摘

tDA fAiflationi第一 作所者属机构的、地、址资号助等

AU Autho rNmea作 名者

MCComme tn 相关s的注释

UC Clsas pUdte 修a记改录期日C

CYountr 期y刊版所出在国家DA

atDe fo Etrn 引文y收入立国学医书图馆器机检系索统的期

日DI DiOgtal ibject IOdneitife 由r出商版予的给永久文标章号码识

P DuPlbicatino aDe 出版日t期

EA nEgils hbsArtat Indciactr o表明有文英文的摘英语语种非版出的文

ED献A ETntez rDta e入PubMe进 d据库的数日期

G GeSenSym olb基 因称名缩写

D IIdenifictatoniN umbre研究项目编号、合 号码同、助资码等号

P IsIues 刊期号期第几（期）I

ISSSN国际 准标连续期刊号

JC 码Jounal rTitel odCe期 刊代

码A LLanuagg e种语

L RLsatRev sioinD ta e后最修日改期M

MHeS HTermsM Se词

NI No-AHthor uIdicntaor 表匿示作名者

GP Paeg uNbmre 页码

PD PuIlishebr Iedntifie 出r商版使的标用识码

S PPesrnol aNmea saS buecj t献标题文里人的

PMI名D PbMed uniqUu eIedntiifr Puebmed数据给库予每篇献文的唯标一码识P

PTbliuctaio Tnype文献 出类版型RF

N mbeur o feRefercns 综述的参e文献考量数

SO Surcoe 献出处文TA Jo

unalrTitl eAb rebviaiotn期 刊名 包括称期刊名称全简、、ISSN称

T TiIletW orsd文献 标

T题TT arnlitersaedt / eVrancuarl Tilet 罗马非字语言文母的翻译后标献题

U IEMDINEL Unquie denIifitr 文献e的EDLINEM标码

UR识L UFL RFullTe-tx在 期早P的bued中M，文提供全者网址的

ULR USR LSummray 早在的期PbMued，中摘提要

供者网址的

VI Vlomeu期 刊数

卷

范文四：pubmed收录中文杂志

PubMed 收录中国期刊名单

周庆辉

（中西医结合学报杂志社）

2009年8月6日

PubMed 现收录中国期刊共106种，其中大陆编辑或出版的期刊89种，台湾省12种，香港4种，澳门1种。见表1。

2008年PubMed 新收录中国期刊4种，它们是：Chinese journal of cancer，为《癌症》的英文网络版，2008年创刊；World journal of pediatrics（《世界儿科杂志》），英文版；《中国骨伤》，中文版；Journal of integrative plant biology（《中国植物学报》），英文版。

关于表1的其他说明：

（1）Pediatrics and neonatology（《儿科学与新生儿学》，英文版）原名Acta paediatrica Taiwanica（《台湾儿科医学会杂志》，英文版），2008年改用现名。Journal of molecular cell biology原为《分子细胞生物学报》（中文版），2009年改为英文版，改用现名。Molecular plant （《分子植物》，英文版) ）于2008年创刊，代替原《植物生理与分子生物学学报》(中英文版) 。

（2）近年来，不少中国出版的科技期刊，特别是英文版科技期刊，采用了与国外出版商合作出版的模式，其出版单位已转换为国外出版商。故在PubMed 数据库中，这些期刊的出版地大都写成了国外出版商所在的国家，而非中国。因其编辑部仍在中国，故我们仍将它们归属于中国期刊，表1列出的是编辑地。

（3）少数期刊PubMed 收录了，但MEDLINE 没有收录。由于PubMed 更被广泛使用，故表1列出了目前仍在出版的被PubMed 收录的中国期刊。

（4）《中国应用生理学杂志》PubMed 1997年开始收录，只收录至2000年第4期，2001年以后未收录，但该杂志未曾被美国国立医学图书馆（NLM ）退出。

（5）Journal of digestive diseases（《消化病杂志》，英文版）由中华消化病学会和中华医学会上海分会主办，但在澳大利亚的Carlton South由Blackwell 出版。

（6）打开PubMed 网页（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi），可用表中列出的“PubMed 使用刊名”或ISSN 检索各期刊被收录的论文。在“PubMed 使用刊名”一栏中，英文版期刊列出的是英文刊名的全称，中文版期刊列出的是中文刊名的汉语拼音（NLM 使用的中文刊名形式）。中文刊名后未注明语种者均为中文版。

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范文五：pubmed检索词

All databases Assembly Bioproject Biosample Biosysems

Books

Clinvar

Clone

Conserved domains dbGap

dbVar Epigenomics

EST

Gene

Genome

GEO DataSets GEO Profiles

GSS

GTR

HomoloGene MedGen

MeSH

NCBI Web Site NLM Catalog Nucleotide

OMIM

PMC

PopSet

Probe

Protein

Protein Clusters PubChemBioAss PubChem Compound PubChem Substance PubMed

PubMed health SNP

SRA

Structure Taxonomy

ToolKit

ToolKitAll ToolKitBook UniGene

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