范文一:奇偶校验的DNA算法
奇偶校验的DNA 算法
李汪根1,2,丁永生1,朱莹1,邵世煌1
1 东华大学信息科学与技术学院, 上海 (201620)
2 安徽师范大学数学计算机学院,芜湖(241000)
E-mail: 1
摘 要:DNA 计算中会发生诸如变异之类的各种错误。如何发现和纠正这些错误对于DNA 计算来说至关重要。奇偶校验是电子计算机通信中被广泛应用的一种最简单的检错方法。本文研究了DNA 计算机中奇偶校验的实现,以期提高DNA 计算的可靠性。经试验仿真,本文提出的DNA 计算机上奇偶校验实现的算法具有可行性。
关键词:奇偶校验,DNA 计算,有限状态自动机
中图分类号:TP384, TP311.12
1. 引 言
分子计算是一种新型的计算方式。DNA 计算是分子计算的一种,DNA 计算中被处理的数据存储在DNA 分子中,数据的处理通过诸如合成,杂交,剪切等基因工程的方法来实现。DNA 计算的最大优点是极大的存储密度和计算的高度并行性。
DNA 分子的一个有趣性质是:特定碱基结合在一起构成碱基对:A 和T 配对;C 和G 配对。这个过程实际上就是促成DNA 片段自组织的杂交或退火反应。自组织这种特性使得识别特定DNA 分子成为可能。另一方面,这种自组织可以被用来完成特定意义上的运算。
以DNA 分子作为计算工具的概念最早由Adleman 博士于1994年提出来[1]。自 1995年以后,DNA 计算国际会议每年召开一次。除此之外,在生物信息学和进化计算等国际会议中也常常出现有关DNA 计算的主题。 目前DNA 计算取得了很多研究成果,主要体现在以下三个方面:(1) 解决 NP 完全问题[2,3,4]; (2)实现基本的运算操作,比如:逻辑运算和算术运算
[5,6]; (3) 模仿图灵机的操作[7,8,9]。
正如我们所知,DNA 计算的最大缺点是计算的不可靠性,因为在DNA 计算中会发生各种各样的错误。如何发现并且纠正这些错误对DNA 计算来说是非常重要的。奇偶校验是计算机通信中纠错的最简单方法。本文研究的动机在于研究DNA 计算机中奇偶校验的实现,以便提高DNA 计算的可靠性。
2. 奇偶校验
在计算机通信中,二进制数据经传输、存储等处理后往往会被发生错误 (1变为0或0变为1) 。如何发现并纠正这些错误是通信的基础。解决这类问题的一般方法是增加一些冗余数据。奇偶校验是二进制数据传输中最简单的一种纠错方法,对二进制数据中的单一错误能有效发现。奇偶校验是确定二进制数据中1或0的个数是奇数还是偶数。奇校验是数据同步传输的标准,而偶校验则是数据异步传输的标准。
对于给定的码字,统计其中数字1出现的次数,然后根据校验的类型在码字的末尾添加一个额外的校验位。对于奇校验,如果数字1的个数是奇数,则数字0会被附加在校验位;否则数字1会被附加在校验位。同样,对于偶校验,如果数字1的个数是奇数,则数字1会被附加在校验位;否则数字0会被附加在校验位。例如,有码字0010,因其中数字1的个数是1 本课题得到国家自然科学基金(60474037),教育部新世纪优秀人才支持计划(NCET-04-415),教育部高等学校博士学科点专项科研基金资助课题(20030255009)的资助。
奇数,则对于偶校验,校验位应为1,编码后的码字应为00101。对于接收端来说,如果收到的是00100,因其中数字1的个数是奇数,则接收端会知道这是一个错误的码字。
3. DNA 计算机
DNA 计算的基本思想是:以DNA 链作为信息载体,将原始问题映射成为DNA 分子链(单链、双链或带有粘性末端的混合链),然后按照一定的规则将原始问题的数据运算高度并行地映射成对DNA 分子链的可控生化操作。在生化酶的作用下,完成一系列的生化操作。最后,利用分子生物技术如聚合酶链式反应PCR 、亲和层析、电泳、磁珠分离等,检测所需要的运算结果。因此,DNA 计算可分为四个要素:(1)运算载体。从目前的分子生物计算研究情况来看,主要以DNA 分子进行。(2)运算工具。DNA 计算是利用各种生化酶来完成的,这些生化酶包括诸如连接酶、核酸内切酶、DNA 聚合酶、核酸外切酶等。
(3)生化反应系统。DNA 计算中常用的生化反应包括退火、杂交、连接等。(4)检测系统。用于检测DNA 计算的最后结果,常用的手段包括电泳技术、层析分析技术、分子纯化技术、同位素技术、荧光技术以及激光技术等。
4. DNA 计算机中奇偶校验的实现
4.1 奇偶校验算法
对于 输入串S 0= b0b 1b 2 … (b0 , b1, b2 是 0 或 1) ,如果 S 0 的长度大于1,则使S 0= bb 2 …,这里 b=b1⊕b 0。这意味着前两位b 0, b1被它们的异或代替。如果S 0的长度是 1,而其值为0,则意味着输入串中数字1的个数是偶数。另一方面,如果S 0 的长度是1,而其值是1,则意味着输入串中数字1的个数是奇数。奇偶校验的算法如图1所示。
举例来说,输入串S 0=01011的运算过程如图 2所描述。因为当S 0的长度是1的时候,其值为1,因此S 0中数字1的个数是奇数。
图1 奇偶校验算法 图2 S0=01011的算法实例
Fig1 the algorithm for parity check Fig2 the instance of S0=01011
4.2 实现奇偶校验的有限状态自动机
上面设计的奇偶校验的算法能用图3所被描述的有限状态自动机来实现。该有限状态自
动机的输入元素是0或1,其初始状态是S 0,终止状态是S 0或S 1,S 0表示数字1的个数是偶数,而S 1 表示数字1的个数是奇数。该有限状态自动机的所有状态转移规则如图4所示。
图3 实现奇偶校验的有限状态自动机 图4 状态转移规则 Fig3 The automaton for parity checking Fig4 The transition rules
4.3 有限状态自动机的核苷酸编码
有限状态自动机的输入串中有三个字符{0, 1, t}。这些字母的核苷酸编码彼此互不相同。这里,编码采用6个碱基对的DNA 片段表示,输入字符的具体核苷酸编码如图5(a)所示。
为了完成DNA 有限状态自动机的运行,需要两种核酸酶的协作:限制性核酸内切酶和连接酶。这里我们采用内切酶BsmFI 和连接酶T4。BsmFI 的识别位点是 5'- GGGAC-3' ,而其切割位点是 (10,14)。这样符号串经BsmFI 的切割后将产生一个含有4个寡聚核苷酸粘性末端片段。根据BsmFI 切割输入符号的位置的不同,分别表示不同的(状态/符号)组合。这里,如果切割位置在第一个核苷酸之前,则表示状态S 0; 而切割位置在第二个核苷酸之前,则表示状态S 1。
状态转移规则的编码必须含有与输入符号串经BsmFI 切割后形成的粘性末端互补的4-核苷酸粘性末端。这样,在T4 连接酶的作用下,两个互补粘性末端才会杂交,从而形成代表新的状态的符号串。所有状态转移规则的核苷酸编码如图5(b) 所示。
经过一系列的剪切、连接循环后,有限状态自动机将停止运行。在每一个循环,将有一个合适的转移分子其粘性末端与输入串经BsmFI 切割后形成的粘性末端互补,在连接酶T4的作用下将产生新的符号串。形成的新符号串将在下一个循坏中重新被 BsmFI 切割,产生新的粘性末端。设计好的转移分子确保6bps 的输入符号 0 和 1 只在两个不同的位置被 BsmFI 切割,在最左边切割代表状态S 1,在左边第二个位置切割代表状态S 0。 内切酶BsmFI 在输入串的下一个切割位置以及表示的有限状态自动机的状态取决于有限状态自动机的当前状态以及转移分子粘性末端前面的碱基对数目。如果没有合适的转移分子其粘性末端与内切酶BsmFI 切割输入符号串形成的粘性末端互补或者内切酶BsmFI 切割到终结符号,有限状态自动机将停止运行。为了检测有限状态自动机停止运行时的终止状态,我们需要设计相应的检测分子。对应于两种终止状态的检测分子如图5(c) 所示。
图5 有限状态自动机的核苷酸编码 (a) 输入符号的编码 (b) 转移分子的编码 (c) 检测分子的编码 Fig5 The nucleotide encoding for finite state automata. (a) Encodings for input alphabets. (b) Encodings for
transition rules. (c) Encodings for detectors.
5. 仿真
为了证明本文工作的可行性,我们以 S 0=01011 为例,给出DNA 计算机上奇偶校验的实现方法。
根据上面4.3节中提到的有限状态自动机的核苷酸编码,合成的初始输入符号串如图6所示。图中从左边起第三个方框中的数字10确保自动机的初始状态是S 0。右边第一个方框中的数字300是为了在用电泳检测最终状态时更清晰。
有限状态自动机的模拟运行如图7所示。首先,初始输入符号串被BsmFI 切割后形成一4-核苷酸粘性末端的片段。然后,在T4连接酶的作用下,将有唯一一个含有互补粘性末端的转移分子与该片段连接。经由一系列切割、连接循环后形成报告分子,经由电泳等检测手段可识别自动机的最终状态。
图6 初始输入符号串
Fig6 the initial input string
6. 结论
本文我们提出了DNA 计算机中奇偶校验的实现算法。通过核苷酸编码和自动机运行的模拟仿真,证明了该算法的可行性。DNA 计算机中奇偶校验的实现能帮助纠正DNA 计算中发生的错误,提高DNA 计算的可信度。
参考文献
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DNA Simulation of Parity Checking
Li Wanggen 1, 2, Ding Yongsheng 1, Zhu Ying 1, Shao Shihuang 1
1 College of Information Sciences and Technology, Donghua University, Shanghai,
China (201620)
2 College of Mathematics and Computer Sciences, Anhui Normal University, Wuhu,
China (241000)
Abstract
There are all kinds of error that would happen in DNA computing, such as mutation. How to discover and correct these errors is very important to DNA computing. Parity checking is a simple and widely used method in the communication of computer, which causes a minimum increase of distance of the binary transmission system. This paper studies the implementation of parity checking in DNA computer, which can help to improve the reliability of DNA computing. We propose an algorithm of parity checking based on DNA computer. The simulation result demonstrates the feasibility of our algorithm.
Keywords: Parity Check, DNA Computing, Finite State Automaton
作者简介:
李汪根(1973-),男,安徽太湖人,博士研究生,从事DNA 计算和生物信息学等研究;丁永生(1967-),男,安徽怀宁人,博士,教授,博士生导师,从事智能系统、网络智能、DNA 计算、人工免疫系统、生物网络结构、生物信息学、数字化纺织服装、智能决策与分析等研究;
邵世煌(1938-),男,江苏苏州人,教授,博士生导师,从事智能控制、网络智能、DNA 计算、生物信息学、数字化纺织服装等研究。
图7 有限状态自动机的仿真
Fig7 the simulation for initial input string
范文二:低密度奇偶校验码及其译码算法实现
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第l卷 8
第2 期
苏州市 职业 大学学报
J u n lo u h u Vo ain lUnv ri o r a fS zo c t a iest o y
20 07年 5月
V0.8 No2 11 . Ma .2 0 y 07
低密度奇偶校验码及其译码算法实现
张 培
( 州市 职业 大学 电子信息工程系 , 苏 江苏 苏州 2 5 0 ) 1 14 摘 要 :根 据 L P D C码的构造 、 编码 、 译码原理 , 重点论述 了在 Ma Wok 公 司推 出的 M t b上的 L P t rs h al a D C编译码 器
的算法 实现 , 并给 出其 与 T ro 的简单性能对比 , 出 L P 码 的发展 前景。 ub 码 指 DC 关键词 :L P D C码 ;编码 ;译码 ;Ma a ;算 法 tb l 中图分 类号 : T 9 95 文献标识码 : A 文章编号 l 0 8 5 7 ( 0 7 0 _ 0 3 o P2 . 10 — 4 5 20 )2 0 7 一 3
0 引言
阵可以采用最大长度线性 同余序列( aia Lnt M x l eg m — h
Lna C nr n a Sqec) i r og et eune产生。 e u i l 如上所述一个(√ 训拘正则 L P 凡, D C码 由它的校
低 密 度 奇 偶 校 验 码 (D C o — esy L P :Lw D ni t
PryC ek C ds) G lgr最早 于 16 年 提 ai— hc oe 是 a ae t l 92
出的一种具有稀疏校验 矩阵 的分组 纠错码 ,亦称 G le l g aa r码。 之后 , T ro码研究巨大成功的带动 在 ub 下 ,Maky等人 重新 研 究 了 L P 码 , 现 它是 一 ca DC 发 种逼近香农限的新一代高性能纠错码。 LP D C码的特点是易实现, 并且系统复杂度低, 应用于采用正交频分复用技术的无线局域 网及高速
验矩阵 H来定义 , 中j kk n 其 / () 5 中止条件
复杂度之间达到更好的平衡 ,又出现了简化的和积 译码算法 : 最小和算法 ( n S m A g i m) Mi u l rh 。和积 ot 译码算法是一种迭代概率译码算法 ,
每一轮迭代都 需要对码字中各个比特关于接收码字和信道参数的 后验概率进行估算, 因此准确地说和积译码算法是
种逐 比特最大后验概率(A 簿 法。 M P 本文采用 的是 Lg o 域的 M 算法 , P 是一种基于对 数似然比测度的和积译码算法, 该算法的关键是迭代 运算部分的迭代计算后验概率( P ) A P 步骤。 对数似然 比测度下的和积译码算法的复杂度为码长的线性函 数, 由于引入了对数似然 比, 乘法运算转化 为加法运 算 ,降低 了每轮迭代的计算复杂度和硬件实现难度 , 在硬件中的并行实现能够极大地提高译码速度, 因此 对数似然比和积译码算法得到广泛认可。 该算法适合
一
伴随式 c 0 H 或到达最大迭代次数。
3 MA L T AB实现
M TA A L B是 18 94年 由美 国 M tWo s 司推 a h r 公 k 出 的荣 誉 产 品 。早 在 二 十 世 纪 八 十 年 代 中期 M TA A L B就曾在我国出现 , 但真正大规模流行是九 十年代 中期 以后 的事 。现在 , A L B已被从事科 M TA
学研究 、工程计算的广大科技工作者确认为必须掌 握的计算工具 , 是可信赖的科技资源之一。 因此本文
采用该软件实现 L P D C编解码。 限于篇幅 , 仅以部分
用 M TA A L B实现 , 解码性能较好 , 复杂度适 中。
解码算法为例。 LP D C码 的译码 时除 了 中( 函数 的计算 外, x ) 主 要是加法 ( 2 ) 模 加 运算 , 以下是校验点更新部分 的
代码 :
frj 1 o = : M
具体的译码算法可 以分为如下两个步骤 : 第一, 初始化。 对于高斯噪声信道 , 初始化比特点
L / Q= 仃
其 中 L 表示 比特更 新值 ,/ Q Y表示接受 到的信
息 比特 , 表示噪声方差 。
b = n ( (: = ) i f dHj) 0; ti ,一 o = : nt bt fril e g (i l h ) tm bt n (i = ii) e = if dbt bt); ( i  ̄ ()
第二 , 迭代运算。 定义 L :o P( F0/ ) , P c / ) () l c= g( C ) ( F 1 )
=
a apo(g(qje ); l = rds nL (tm) f i , )
%
.
(1 ‘ / )p
bt= t hpo(n(b(qje )2); ea2 a n (rdt has (tm.)) a a L , / )
其 中p (F )= 1e F pc 1 (+
时发送是 1的概率 。 ( )校验点更新 1
) 表示接受为
b t= l ( n ( m(l ( n ( s qj e ) ea -o t hs -o t ha ( (tm) ga u ga b L , .
/)/) =) ) ! 2; ) L(b ()a a bt; r,ii=l e j t) f a
ed n ed n
定义 Lq, r i )=l () () o g( O I)为校验 的
更新值 , 传递给 比特 b 。 记函数 )一ot h l =z ( )e ) = l a / g n 2 e / 1) ) 1 (
令 a s nL ( )  ̄ i (q i )是( qi)的符号 .g = j L( ) j
( : 校验点的数 目) 注 M: 以下是比特点更新部分的代码 :
o i : f r =lN
 ̄. b(q i) oasL ( )是(qi )的绝对值 = i L( ) j L( ) ( 刍 [ ri n j= - ) ∑ 合, i 】 E \) ), 0 i
c e k n ( (i = ) h c - dH :) o;  ̄ ,一
表示与第 个 cek hc 节点相连 的比特节点 的集
E \ 表示该集合中不包含第 i i 个比特节点 的其它元素 。 ( )比特点更新 2
L (= QO sm(r hc,) Q1 L (+u L( eki; ) c )
ed n
4 D C码与 T ro码的性能比较 L P u b
L ( )=Lc + ∑ r i qi j ( ) ( , , ),( \ ) JE t c
式 中 C表示与第 i b 节点相连 的 cek节 个 i t hc
T ro 又叫做并行 级联卷积码 ,由 CB r u u 码 b .e o r 等人在 19 年首次提 出。T ro 93 u b 码编码器通过交织 器 把两个递 归系统卷积码 ( S ) R C 并行 级联 , 对校验 位 采 取不 同的删 除方 式 来得 到各种 不 同速率 的
点的集合 E A『 - c 表示该 集合中不含第 个 cek hc
— —
7 — 4 —
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20 年第 2 07 期
张培 : 低密度奇偶校验码及其译码算法实现
T ro ;解码部分 由两个软输入 软输 出的子译码 ub 码 器(IO 采用多级级联结构组 成。T ro 通过对 SS ) ub 码 子码的伪随机交织实现大约长度 的编码 ,具有接近
的突发误码情况下 ,D C L P 码有更优 良的性能; 在编码 器和译码器 中不需要交织等等。因此可以说 ,D C LP 码是迄今为止纠错码理论界所发现的编解码复杂度 可接收的性能最好的纠错码之一。
5 结论
随机编码的特性 ,同时采用迭代算法使译码复杂度
达到中等水平 。T r 码
在低信噪 比条件下性能非 uo b
常优越, 但是在高信噪 比情况下性能却有所下降 , 原
因是它的码字间的最小欧式距离较小 ,误码 率曲线
随着译码算法的性能越接近香农限,它的改进 难度也越来越大 , 在未来 的研究 中, 如何提高 L P CC 码译码性能 , 如何降低译码复杂度 , 以及如何在这两 者 间找 到更好 的平衡点 将是研究 的方 向。 目前 , L P 码 已成为第 四代移动通 信编码技术 中 的首 DC
选, 使用通用 D P 实现 L P S来 D C的编码 、 译码也是
一
在误码率低于某个值 的时候斜率突然减小 ,出现所 谓 的 “ 板效 应 ” 地 。 T r 码 的提出为编码 研究带来 了新 的曙光 , ub o 突破 了传统码 的约束 , 真正挖掘 了级联码的潜力 。 在
T ro码 出现 以后 ,D C码 也 被 重 新 提 出 ,它 和 ub LP
个高效可行 的方法。
T ro码 有 着 相 似 的构 成 原 则 ,同 样 具 有 接 近 ub S ann容量极 限的性能 , h no 并且可 以实现并行译码 。 LP D C码在性 能和复杂度方 面被认 为是 T r ub o 码强有力的竞争者 , 二者基于相 同的思想: 约束随机码 参考文献 :
[】G L A E .1 d ni ai - hc cd sM . 1 ALG R R G o w- es y pry cek oe [ 】 t t
Ca r g , s : T P e s ,9 3 mb i eMa s MI r s 1 6 . d
集合和迭代解码算法。 最近对 L P D C码设计的改进和
硬件的实现 , 使其在性能和复杂度方面都能与 T r ub o 码媲美, 甚至超越 T ro码。现已经证明当分组长度 ub
[】MA K Y D JC G o r rC r c n o e ae n 2 C A . od Er or t g C dsB sd o o ei Ve S a e Ma i s 【.I E Tas n n r t n r p r t r e J E E rn o If ma o y s c 】 o i
T er, 9 ,5 2 3 9 4 1 h o 1 9 ( ): - 3 . y 9 4 9
[ T MA J Rcado a d R dgr L U b ne 3 HO S . ihrsn n a i . ra k . 】 e
E f in E cdn f L w - n i P rt - e k d e f ce t n o ig o o De st a y- i y i Ch c Co a
的限制条件为无穷大时, 码率 为 1 / 2的 L P 码的 DC 性能可在香农限 0 0 5 B以内可靠通信若分组长度
. 4d 0 为 1 0 该码的性能在离香农限 0 d . B以内其误码率 4 0 为 1 。而 L P O D C码迭代解码算法 的复杂度远低于 Tr ub o码并且现以证 明 L P 码编码器的复杂度低 DC 于解码器的复杂度。 此外 L P D C码优于 T ro ub 码的其
它特点是 :D C L P 码可以方便的任意改变码率和改变 码长进行编解码 不必 向T ro ub 码那样采用打孑方法 L 改变码率牺牲 了性能 ;D C没有不 可检测错误 , LP 也
[ .I E Ta s n no a o T er,2 0 ,7( ) J E E r o I r t n ho 】 n fm i y 0 14 2 :
39 4 1 9 - 3.
[ 4 】张志 涌 , 彦琴 , . T A 徐 等 MA L B教程一 于 6X版本 [ . 基 . M】 北 京: 空航天 大学 出版社 ,0 3 航 20 . [】高晟 , 5 杜百 川.L P D C码 研究及其 应用田. 电视技 术 , 现代
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[ 袁 东风,张海霞 , 宽带移 动通信 中的先进信道 编码技 6 】 等.
术[ . M】 北京: 邮电大学 出版社 ,0 4 20 .
就是说不存在错误平层 ,ub T ro却不然 ;D C码的吞 LP 吐量大, 更适合高码率应用 ; 在干扰 、 衰落等原因引发
( 责任编辑: 洁) 杜
Lo d n i rt c e k Co e n t c d n g rt m w- e st Pa i - h c d s a d Is De o i g Al o i y  ̄ h
ZHANG P i e
(uhu V ct nlU ie i,Szo 1 4C ia S zo oai a nvrt uhu 250 ,hn) o sy 1
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c dn a d d c dn , t e d s r e h w o i lme t i ag rtm o Malb F n l , i ie te o ig n e o ig h n e c b s o t mp e n t i s lo h i n t . ial a y t vs h g p r r n e c mp rsn b t e te DP a d he T r o c d s An e b la t ft r o e DP i e oma c o aio ewe n h
L C n t u b o e . f d t rl n uu e f t L C s h i i h
p it d o t on e u .
K e r s L C Co ig De o ig y wo d : DP ; dn ; c dn ;Malb Alo tm t ; a g rh i
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7 — 5
范文三:基于加权图的准循环低密度奇偶校验码构造算法
2008年10月第35卷
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